MÜZİK, REZONANS VE TELEOLOJİ

Eğer evrenin sırlarını bulmak istiyorsanız, enerji,  frekans ve titreşim bakımından tefekkür edin ” Nicola Tesla

ORGANİK BİLGİSAYARLARA (DNA) VERİ DEPOLAMA

Görsel

Bilim adamları DNA’ya veri depoladı >> Organik bilgisayarlar ve annesinin hafızasıyla doğan bebekler ne zaman?

khosann.com Jan 31st 2013

Kozan DEMİRCAN

Sabit disk sürücülerini ve DVD’leri unutun! Dijital dünyada veri depolama ihtiyacı öyle hızlı artıyor ki tek çare, bütün bu veriyi, genetik bilgilerimizi içeren DNA moleküllerine kaydetmek…
Harvard Üniversitesi, geçen yaz, 1 gram DNA’da 770 terabayt veri depolamayı başardı.  Ocak ayında ise Cambridge Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü bir ilke imza attı… Ve Shakespeare’in soneleri ile Amerika’nın 1968’te suikasta kurban giden ünlü insan hakları savunucusu Martin Luther King’in “Bir hayalim var” adlı konuşmasını insan DNA’sına kaydetti!

DNA’nın veri depolama açısından iki büyük avantajı var: Birincisi, mikroskobik yapısıyla ofiste hiç yer kaplamıyor. İkincisi ise büyük miktarda veriyi çok küçük ölçeklerde saklayabiliyor.

DNA bu özelliği çifte sarmal yapısına borçlu: Otellerdeki döner merdivenleri andıran “çifte sarmal” yapısıyla kendi üzerine katlanan ve makaradaki iplik gibi defalarca sarılan DNA molekülü, aslında dünyanın en küçük depolama birimlerinden biri!

İş veri depolamaya gelince kimse DNA’nın eline su dökemez…

Bizi biz yapan fiziksel özellikler ve kişilik yapımızı etkileyen bazı faktörler, DNA olarak adlandırdığımız organik moleküllerde “genetik talimatlar” halinde kodlanıyor. DNA dizileri genleri ve gen dizileri de bir bütün halinde insan genomunu oluşturuyor (genetik haritamız).

İnsan genomu derken, 46 kromozomda yaklaşık 3 milyar DNA baz çiftini kast ediyoruz. Bu da her bir hücre çekirdeğinde, DNA moleküllerinden oluşan 3 milyar genetik komut satırı olduğu anlamına geliyor. Vücudumuzun trilyonlarca hücreden oluştuğunu düşündüğümüzde, insan DNA’nın internette üretilen Büyük Veriyi depolamanın en verimli ve ucuz yolu olduğunu anlıyoruz.

Üstelik son derece de kalıcı bir depolama ortamı. Özellikle derin dondurucuda saklandığında binlerce, on binlerce yıl boyunca kayıtlı bilgileri saklayabiliyor DNA… Sibirya buzullarında açığa çıkarılan mamut fosilleri ve insan cesetleri bunun kanıtı.

Okumaya devam et

HOLİSTİK DÜŞÜNCE NEDİR?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Derin karanlığın içinde irili ufaklı, uzaklı yakınlı yıldızlar, bulutsu alanlar…Sınırsızlığıyla büyüleyen bir evren. Evrenin o görkemli büyüklüğü karşısında küçücük hissetmişizdir kendimizi. Ama bununla çelişen başka bir duygumuz daha vardır: Bu muazzam bütünün bir parçası olduğumuz hissi. 1

Piaget, insanların doğuştan getirdikleri iki temel eğilim olduğu düşüncesindedir: Örgütleme ve uyum sağlama.

Örgütleme, süreçleri sistematik ve tutarlı sistemler haline getirme ve bu amaçla birleştirme, koordinasyon sağlama, fikirler ve eylemleri birleştirme eğilimidir. Başka bir ifadeyle karşı karşıya olduğumuz kavram ve olayları birbirleriyle tutarlı bütünler haline getirmeye çalışırız. 2

Biyolojik süreç nasıl homeostasis şeklinde denge kurmaya çalışıyorsa, aynı şekilde zihin de dengelenmeye ulaşmaya çalışmaktadır. Uyum sağlama ise, çevreye uyum sağlamayı ifade eder. İçinde bulunduğumuz çevreye uymaya çalışırız. Piaget, nasıl yiyecek yiyerek yiyeceği bedenimize katmaya çalışıyorsak, çocuğun da aynı şekilde bilgiyi zihnine katmaya çalıştığı düşüncesindedir. Niçin aklımız anlamak için bu şekilde dünyayı örgütler? Bu eğilimlere sahip olmamızın nedeni eğilimleri ve bizi ortaya çıkaran süreçler olmasın?

Soru sormak/sorabilmek insan aklının yegane ayrıcalığı. O zaman bizde holistik düşüncenin  izini sürerken araştırmamıza sorularla başlayalım. Bu örgütleme biçimleri beynimizde nasıl oluştu? Neden bu yollarla algılıyoruz ? Başka algılama/anlamlandırma yolları olamaz mıydı? Evrim sürecimiz bu şekilde gelişerek hem fiziksel hemde zihinsel evrimimizi mi sağladı? Yani süreçler kendilerini anlamlandırabilecek zekayı nasıl ortaya çıkardı? Her şey aklın sınırlarını zorlayan milyonlarca kutlu tesadüfün bileşkesiyle beyni inşa edecek şekilde mi gerçekleşti? Madem dünya ve evren tamamen anlamsız tesadüflerin seçkisi ile beyni ortaya çıkardı, beyin neden anlam arayacak şekilde evrildi?

Holistik düşünce; Var olan her birimin, evrenin bütün bilgilerine sahip bulunduğu gerçeğini açıklar. Evrendeki her şeyin aynı bütünün parçaları olduklarını, birbirlerinden haberdar olarak tek bir sistem şeklinde hareket ettiklerini ve birbirleriyle ilişki, iletişim ve etkileşim içinde bulunduklarını ortaya koyar. Var olan her birim, diğerlerini etkileme, değiştirme ve yönlendirme özelliğine sahiptir. Bu nedenle de, en küçük bir birim bile gereklidir, önemlidir ve değerlidir. Aydın Arıtan

ağ

Okumaya devam et

DNA’NIN MATEMATİĞİ

 

 

book_of_history

 

Perry MARSHALL

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Düşünün ki birisi size bir sayfası yırtılmış gizemli bir roman verse…

Ve birilerinin de size, bu kayıp sayfayı kitabın diğer kısımlarındaki cümleler ve paragraflardan aldığı kısımlarla tamamlayan bir bilgisayar programı ile geldiğini varsaysak. Hayal edin! Bu bilgisayar, bir birçok insan daha kitabın sayfanın kayıp olduğunu anlatamayacak iken, böylesine harikulade bir işi yapıyor olsun.

DNA bunu yapıyor.

1940’larda seçkin bilim insanı Barbara McClintock bir mısırın DNA’sının bir kısmına zarar verdi. Daha sonra şaşkınlık içerisinde bitkinin hasar görmüş kısmını tamir edebildiğini gözlemledi. Bunu DNA dizilimdeki diğer kısımlarını kopyalayıp, hasar gören yere yapıştırarak yapıyordu. Keşfi o zamanlar için oldukça radikal bir şeydi, nerdeyse raporlarına kimse inanmamıştı. (40 yıl sonra bu çalışma sebebiyle Nobel aldı.)

Ve bizler hala meraktayız. Bu denli ince bir hücre bunu yapmayı nasıl biliyor..?

Fransız bir HIV virüsü araştırmacısı ve bilgisayar bilimci, bu sorunun cevabının bir kısmını buldu. İpucu; DNA’daki yönergeler sadece dilbilimsel değildir, aynı zamanda harikulade bir matematiğe sahiptirler. DNA’nın yapısına hükmeden bir Evrimsel Matris vardır. Bilgisayarlar veri hatalarını belirlemek için ‘’ sağlama toplamı ’’ adı verilen bir şey kullanırlar. Görünüşe bakılırsa DNA ‘da bu tip bir sağlama (checksum) kullanıyor gözükmektedir. Fakat DNA’nın sağlaması sadece kayıp veriyi belirlemekle kalmaz; bazen de neyin kayıp olduğunu hesap edebilmektedir. Şimdi bunun nasıl çalıştığına bakalım;

İngilizcede E harfi metinler içerisinde 12.7 % yüzde ile görülmektedir. Z harfinin görülme sıklığı ise sadece 0.7% dir. Diğer harflerin görülme sıklığı da bu ikisinin arasında bir yerlere tekabül eder. Böylece İngilizcede sadece harfleri sayarak hata belirlemesi yapabilmek mümkündür.

DNA’da, bazı harfler diğerlerine göre tıpkı İngilizcedeki E gibi daha sık görülmekte, bazıları da daha az sıklıkta görülmektedir. Fakat..İngilizcenin tersine , bu harflerin hangi sıklıklarda görüleceği  genetik koda saklanmış kesin bir matematiksel formülle kontrol edilmektedir.

Hücreler çoğaldığında, DNA dizimindeki tüm harflerin toplam sayısı hesap edilir. Harflerin toplam sayımı kesin bir oranla eşleşmezse, hücre bir hata yapıldığını bilir. Böylece işlemi durdurarak yeni hücreyi öldürür.  Bu sağlama mekanizmasının işlevsizliği yapısal doğum bozuklukları ve kansere neden olur.

Dr. Jean-Claude Perez DNA’daki harfleri saymaya başladı. Keşfettiği şey, bu oranların yüksek bir matematik içerdiği ve Pi ‘Altın Oran sayısı olan 1.618 temelinde gerçekleştiğiydi. Bu bir Pi türevi olan çok özel bir sayıdır. Perez’in bu keşfi Interdisciplinary Sciences/ Computational Life Sciences gibi bilimsel yayınlarda Eylül 2010’da yayımlanmıştır.

Jean Claude Perez DNA içerisinde, altın oranı temel alan 1.618 evrimsel bir matematiksel matris keşfetmiştir. Sizlere bundan bahsetmeden önce, bana genetik kod ile ilgili kısa bir açıklama yapmama izin verin.

DNA’nın dört ana bazı vardır. Sembolleri şu şekildedir;  T (Thymine ) ,C (Cytosine) , A (Adenine) ve G (Guanine). Bu semboller üçlü küme kombinasyonlar şeklinde gruplanırlar. Bunlar 4x4x4 = 64 olası kombinasyona sahiptir. Böylece genetik alfabe 64 harflidir. 64 harf  amino asitleri ve proteinleri meydana getiren yönergeleri yazmakta kullanılır. Perez harfleri sayarken, eğer DNA’daki harfleri T-C-A-G tablosu şeklinde düzenlendiğinde ilginç bir örüntü göründüğünü ortaya koydu. Tabloyu gördüğünüz gibi ortadan 2’ye böldü. İnsan genomunda 1 milyon üçlü kümeye sahip bir DNA dizimini aldı. DNA’daki her üçlü kümenin popülasyonunu saydı ve her bir aralığa yerleştirdi:

Harfleri topladığında, beyaz harflerin toplamı ile siyah harflerin toplamının birbirine oranı 1:1 di. Ve bu öyle kaba taslak olarak ortaya konmamıştı. Bu oran tam anlamıyla binde birlik bir orandan daha bile iyiydi. 1.000:1.000 .

Okumaya devam et

HAYAT NEDİR?

Mike GENE

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Biyologlar, tanımlanması oldukça zor bir şey üzerinde çalışırken, kendilerini rahatsız hissederler. Geleneksek olarak, hayatı tanımlarlarken, hayat için karakteristik hale gelmiş metabolizma, büyüme ve gelişme, dış etkilere yanıt verme ve üreme gibi birkaç özelliği listelerler. Oysa, Daniel Korshland hikayeyi biraz farklı anlatmaktadır:

Hayatın tanımlaması nedir? Bilim insanlarından oluşan seçkin bir topluluğun bir konferansta bu soruya yanıt vermeye çalıştığını hatırlarım. Bir enzim canlı mıdır?  Bir virüs canlı mıdır? Bir hücre canlı mıdır? Saatlerce süren azimli çalışmalar ve bunu izleyen ikna edici düşünsel tartışmalar sonunda bir çözüme varılmış gibiydi  : ‘‘ Üreme yeteneği- hayatın zorunlu bir karakteristiğidir. ’’ dedi bir bilim adamı. Herkes bu tanımın hayat için gerekliğini bir cılız sese çıkana dek başıyla onayladı. ‘‘ Öyleyse bir tavşan öldü. İki tavşan –bir erkek bir dişi- hayattalar fakat her ikisi tek başına kaldığın da ise  bir ölü’’.  İşte o noktada hepimiz herkesin bilmesine rağmen,  hayatın basit bir tanımının olamayacağı konusunda hem fikir olduk. [1]

Koshland’ın kendisi hayatı evrensel ve gerekli 7  özellikle tanımlamaktadır: ‘‘  Program, İrticalen etkinlik gösterebilme, Bölümlere ayrılabilme, Enerji, Üreyebilme, Uyum sağlayabilme, İzolasyon. ( İngilizce baş harfleriyle P-rogram-I-mprovisation-C-ompartmentalization-E-nergy-R-egeneration-Adaptation-S-eclusion PICERAS) bunlar kısaca yaşayan bir sistemin dayandığı temellerdir.’’ [1] Hayat kendisini yeterli ve basit bir tanımlamayla açıklama çabalarına direnç gösterir. Onu bu şekilde açıklamaya gayret gösteren indirgemeciliği bu hususta başarısız kılar.

2001’de Bernard Korzeniewski eğer evrim tasarlanmış bir süreç şeklinde düşünülürse sibernetik yaklaşımı kullanıp oldukça faydalı bir hayat tanımlaması ile ortaya çıktı.

Korzeniewski kendi tanımlamasında şöyle yola çıkar:

Hayat (canlı bir birey) daha üst düzey olası genişleme eğilimli olumlu geri bildirimlere (positive feedback) tabi kılınmış daha alt kademedeki düzenleyici olumsuz geri bildirimlerden (negative feedback) meydana gelen bir ağdır. (Network)  [2]

Okumaya devam et

TANRI ZAR ATAR…


Mustafa Ajlan ABUDAK

Faruk K. rumuzlu yorumcumuzun büyük katkılarıyla..

Bu makaleye olabilecek en uygun başlığı dünyaca tanınan ve takdir edilen bir sitolog ve biyokimyacı olan Christian René de Duve’un veciz bir sözü ile yaptık. İlk duyulduğunda ezber bozan ve alışılagelmişin dışında bir içeriği olduğu anlaşılan bir iddia. Bilindik ezberlere meydan okuyan bu başlık altında olasılık ve tasarıma dair bir düşünce egzersizine başlayalım.

Einstein, ”tanrı zar atmaz” cümlesini söylediğinde atomun içersindeki hareketlerin rassal olamayacağını düşündüğü içindi, evrendeki düzeni açıklamak için mantıklı bir cümle ile kendine ait düşüncesini açıklamıştı. Oysa mantıkla hareket ederek bir sonuç çıkarımında bulunmak genelde zayıf sonuçlar ve aptallığa indirgemekle nihayetlenen bir kolaycılığa götürür. Gerçekten akıl edebilen insanların sadece mantıkla değil muhakemelerini de kullanarak evreni anlamaya çalıştıklarını görürüz. İşte bu tür bir muhakemeyi Christian René de Duve evrendeki düzeni açıklarken kullandığını görüyoruz.  İlk bakışta Einstein’ın  ünlü veciz sözün tam karşıtı gibi algılanabilecek bu veciz söz aslında düzen düşüncesinin teleolojik olarak farklı bir iz düşümünden ibaretti;

Tanrı zar atar, çünkü kazanacağına emindir…

Okumaya devam et