TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

Reklamlar

YAN İŞLEV VE İNDİRGENEMEZ KARMAŞIKLIK

Mustafa Ajlan ABUDAK

Darwinizm taraftarlarının indirgenemez karmaşıklıklıkla ilgili çözümlerinin aslında gerçek bir çözüm oluşturamadığına dair bir  görseli açıklama için ekliyoruz.  İngilizce bilmeyen ilgililer için konu hakkında kısa bir özet yapmam gerekiyor. Yan işlev mekanizmlar akademik bilim savunucuları tarafından indirgenemez karmaşıklık için olası tek çözüm yolu olarak ortaya çıkmıştır. Araştırmalar ( Nick Maztke ) göstermiştir ki, bu mekanzimalar gerçekten homolog yapılar olarak belirli indirgenememez yapıları (bakterinin kamçısı) şeklen indirgeyebilmiştir.

== Yan İşlev (Co-Option) ve İndirgenemez Karmaşıklık ==

Türlerin Kökeni‘nde Darwin;

Eğer her hangi bir karmaşık bir organın, küçük, başarılı ve sayısız değişiklikle oluşamayacağı gösterilirse, teorim kesinlikle geçersiz olacaktır.”demektedir .(1)

Darwin’in kriterini karşılayan şey indirgenemez karmaşıklık sistemidir. İndirgenemez karmaşıklıkla söylemek isteilen birçok etkileşimli parçadan oluşan, temel bir görevi yerine getiren yâda katkıda bulunan tek bir sistemdir. Bu tür bir sistem, tedricen, küçük, başarılı öncü değişikliklerle üretilemez. Çünkü doğal seçilim işleyen bir görevi seçmeye dayanır. Bir indirgenemez karmaşık sistemin, eğer böyle bir şey varsa, doğal seçilim için tam bir bütün olarak çalışır halde aniden oluşması gereklidir.

İlk önce İndirgenemezlik kavramı nedir kısaca ona bakalım. Kavramın sahibi Michael Behe ;

İndirgenemez karmaşıklıkla kastettiğim birçok tam uyumlu parçadan oluşan tek bir sistemin-ki bu etkileşimli parçalardan her biri temel bir göreve katkı yapar-içersinden herhangi bir parçanın çıkarılmasıyla sistemin kesin olarak işlevinin durmasıdır. (2)

[[http://www.nature.com/nrmicro/journal/v4/n10/full/nrmicro1493.html]]Matzke’nin değerli araştırması bize indirgenemez gibi görünen bir mekanzimanın pekala şeklen indirgenebildiğini göstermiştir. Peki, bu indirgeme ile Darwinizm indirgenemez lafzını bertaraf edip sonuçta var olan tasarımsal argümanı tamamen çürütebilmiş midir ? Yoksa ;
Maztke ve arkadaşı Pallen’in çalışmaları ortaya koyduğu şuydu;

40′tan fazla “olmazsa olmaz” protein olduğunu iddia etmektedir. Halbuki Pallen ve Matzke’nin araştırmaları sonucunda vardıkları sayı 23′dir. Yani incelenen birçok bakteri kamçısının tamamında olan 23 adet farklı protein vardır. Geri kalan proteinlerin bazıları farklı bakteri türlerinin kamçılarında bazıları daha farklı bakteri türlerinin kamçılarında bulunmaktadır fakat tüm kamçılı bakteri türlerinin kamçılarında olan toplam 23 protein vardır. Bu proteinlerin bulunduğu bir listeye buradan da ulaşabilirsiniz.

Bu bilgi elbette Behe gibi diğer tüm akıllı tasarım savunucuları tarafından da kullanılmaktaydı ve yanlış olduğu ortaya çıktı. Ayrıca akıllı tasarım savunucuları 40 adet vazgeçilmez (olmazsa olmaz) proteinin 30 tanesinin hiç homologu olmadığını iddia ediyorlardı. Pallen ve Matzke yaptıkları incelemelerde farklı bakteri kamçılarında toplam 42 farklı protein buldular ve bunların 15 tanesinin bilinen bir homologu yok. Ama yukarda da belirttiğim gibi bakteri kamçısında vazgeçilmez 23 protein var ve bunların sadece 2 tanesinin homologu yok. Yani Behe, Dembski, Minnich, Meyer ve Luskin gibi en önemli AT savunucuları kitaplarında ve yazılarında 30 adet homologu olmayan proteinin bakteri kamçısı için vazgeçilmez olduğunu ve bu sebeple başka bir yapıdan evrimleşmiş olmasının mümkün olmadığını savunmaktaydı. Fakat bu bilginin dramatik bir şekilde yanlış olduğu ortaya çıktı.

Aslında bakteri kamçısı hakkında pek de birşey bilmedikleri gün yüzüne çıktı. Bakteri kamçısının diğer biyolojik yapılarda bulunmayan 30 proteine gereksinim duyduğunu düşünüyorlardı ama bu sayı bir anda “2“ye düştü. Bu da akıllı tasarımcıların bu kadar ateşli bir şekilde savundukları bir konuda bile ne kadar bilgisiz olduklarını göstermesi açısından oldukça önemli diye düşünüyorum. (3)

Ortada apaçık duran gerçek ister 40 proteinden ya da çok daha azından oluşan karmaşık yapı olsun bunların yapılarının varlığının ve öncüllerinden daha fazla karmaşık olduklarının tartışmaya mahal vermeyecek denli kesinleşmiş olmasıdır. Bu yapı ya da herhangi bir başka taksonomik yapı eninde sonunda 10-15-20-25 … proteinli işleyen bir şekilde ( kamçının) Darwinizm için gerekli olduğudur. Her basamak bir sonrakini müjdelemektedir. Sanki bir sonrakinin ortaya çıkacağını bilerek genom içersinden ona uygun olarak çözüm üretmektedir.

Peki, 10 proteinden misal 30 ya da 40 proteine giden bir yapı aynı zamanda gayesel bir şekilde doğal seçilim tarafından seçilerek daha optimize bir motor/yapı oluşturmuş olmuyor mu? Eğer oluşturuyorsa ki, Matzke’nin değerli çalışmasıyla bu ortadadır, evrim için gayesel ve doğrusal olan bu çıktıyı Darwinizm içinde nereye koyabiliriz ? Daha yetkin bir mekanizma oluşturmak doğanın içkin bir özelliği midir ?

Sorular artıkça Darwinizm temel kaideleri derinden sarsılmaktadır. Stephen Jay Gould bu temel kaideleri harkulade bir şekilde özetlemiştir;

Eğer doğal seçilim yaratıcıysa, ilk önermemize iki ek kısıtlama getirmemiz gerekir.

Değişiklikler rasgele olmalıya da en azından, tercihlili biçimde uyuma dönük olmalıdır.

İkinci olarak, değişiklikler, yeni türlerin ortaya çıkışındaki evrimsel değişimlere oranla küçük olmalıdır. Çünkü yeni türler birdenbire oıtaya çıkıyor olsaydı, doğal seçilimin yaptığı tek şey kendisinin üretmediği bir gelişimin yolunu açmak için önceki bireyleri ortadan kaldırmak olurdu. Kısacası, Darwin in basit görünen kuramı bazı inceliklerden ve ek koşullardan yoksun değildir. Yine de, bence kuramın kabul görmesinin önündeki engel bilimsel bir zorlukla değil. Darwin’in iletisinin felsefi içeriğiyle henüz terk etmeye hazır olmadığımız bir dizi kökleşmiş Batı düşüncesine meydan okumasıyla ilgilidir.

Birincisi, Darwin evrimin amacı olmadığını ileri sürmüştür. Bireyler genlerinin gelecek kuşaklarda temsil edilmesi için mücadele ederler o kadar. Dünya bir ahenk ve düzen sergiliyorsa, bu yalnızca bireylerin kendi çıkarlarını gözetmelerinin rastlantısal bir sonucudur – Adam Smith’in ekonomisinin doğaya uyarlanmış biçimi.

İkincisi, Darwin evrimin belirli bir yönü olmadığını savunmuştur: evrim mutlaka daha yüce varlıklara doğru ilerlemez.

Üçüncüsü, Darwin doğa açıklamasına tutarlı bir maddecilik felsefesi uygulamıştır. Madde tüm var oluşun zeminidir; akıl, ruh ve hatta Tanrı, sinirsel karmaşıklığın muhteşem sonuçlarına verilen adlardan başka şeyler değildir. (4)

Yan işlev mekanizmaları, protein yapıları ile karmaşıklık oluşturdukları için daha az karmaşıklıktan daha çok karmaşıklığa giden ‘‘ilerlemeci” yolda halihazırda Darwnizm için büyük sorun oluşturmaktadırlar. Bir başka açıdan bakarsak, bu mekanizmaların niçin giderek karmaşıklaşan yapıların oluşumunda kendi asli görevlerinin sürekli dışına çıkıp hiç bir amaç taşımaksızın organisazyon ve ilerlemeyi sağladığını sormak gereklidir? Niçin çevrenin oluşan mutasyonları seçilim baskısıyla organizasyona yöneltmesi tamamıyla rastlantısal olarak ilerlemeyi sağlar? Bunun bir evrimsel ilerleme olarak kabul edilmesi niçin tehlikelidir?

Proteinler optimize yapılar oldukları için ve her birinin 3D şekli kendi görevi ile doğrudan ilişkili olduğudan ötürü, proteinlerin birkaç tanesinin birleşerek daha üst bir karmaşıklığı, yan işlev süreciyle organize etmesi ve kendi asli görevlerinle ilişik olmayan daha karmaşık görevler üstlenmesi, sanki ilk ortaya çıkışlarının bu daha sonraki görevler için baştan optimize şekilde var olduğunu fısıldamaktadır.Yan işlev mekanizmasının ve Darwinizm söyleminin birbirlerine zıt evrimsel içeriğe sahip olduklarını göstermektedir. Görünürde Akıllı Tasarımın en önemli iddlarından birini geçersizleştiren araştırma, aslında doğrudan yönlendirilmiş evrim argümanını desteklemekte ve Darwinizmin açıkça görünen bazı temel gerçeklerle, bunların arkasında yatan daha büyük gerçekleri nasıl maharetle saklayabildiğini ortaya koymaktadır.

Canlıların temel bazı parçalara ya da içeriğe en başından sahip olmadan daha karmaşık üst yapılara doğru ilerleyebilmesi mümkün değildir. Bu yapılar ne kadar indirgenirse aslında Darwinizm temel kaideleri de bir o kadar indirgenmektedir.Darwinizm Evrimin olası tek açıklaması değildir, olamaz. Darwinizm bir bilimsel teori değil kökleri determinist aydınlanmada kalan bir ideolojidir.

Kaynakça;

1. Darwin, sayfa 154

2. M.Behe : http://www.arn.org/docs/behe/mb_mg1darwinianpathways.htm

3. Da Vinci müstear isimli blog yayımcısı ; http://bilimfelsefedin.blogspot.com/2006/10/bakteri-kams-bacterial-flagellum-zerine.html

4. Darwin ve Sonrası – Stephen Jay Gould- Doğa Tarihi Üzerine Düşünceler (İngilizce: Ever Since Darwin: Reflections in Natural History, 1977) Önsöz …

————-

Bu makalemize konu olan yan işlev (co-option) mekanizmalrıyla ilgili söylemimi destekleyen son (2011 yılına ait) iki bilimsel yayınla ilgili makalelerim aşağıdadır;

[[ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM BU DEĞİLSE NEDİR?|https://akillitasarim.wordpress.com/2011/01/27/onden-yuklemeli-evrim-bu-degilse-nedir/]]

Orijinal makale; [[NATURE-The hypoxia-inducible transcription factor pathway regulates oxygen sensing in the simplest animal,Trichoplax adhaerens|http://www.nature.com/embor/journal/v12/n1/full/embor2010170a.html]]

[[SODYUM KANALLARI HAYVAN SİNİR SİSTEMİNDEN ÖNCE EVRİMLEŞMİŞ….|https://akillitasarim.wordpress.com/2011/05/26/sodyum-kanallari-hayvan-sinir-sisteminden-once-evrimlesmis/]]

Orijinal Makale; http://neurosciencenews.com/sodium-channels-evolved-before-animals-nervous-systems-neuroscience-research/

 


TASARIM EŞ BİÇİMİ VE EŞ BİÇİMSEL KARMAŞIKLIK

Joey Campana

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Bu makalemizde bir amaçtan yola çıkarak insanların tasarımları sonucu meydana gelen makinelerle canlı dünyasında bir amaç sergileyen benzer yapıların/biyolojik makinelerin arasındaki analojiye derin bir bakış yapacağız.  Tasarım çıkarımını teknolojik dünyada nasıl gerçekleştiriyoruz ? Neye niçin tasarım yada tasarlanmıştır diyoruz  ? gibi sorularla,   moleküler dünyada benzer tasarım ilkelerinin tersine mühendislik bakış acısıyla uygulanalıp uygulanamayacağını ve  benzer akıl yürütmeleri kullanarak  yine  benzer sonuçlara varılıp varılmayacağını  sorgulayacağız. Bunu yaparken bir önceki makalemiz olan Hücresel Hesaplama ‘da Sayın Shapiro’nun ;

Tüm bunlardan sonra söyleyebileceğim, hiçbir insan yapımı mekanizma canlı hücrenin yeterliliğinde , hassaslığında ya da karmaşıklığında bir işlem gerçekleştiremez. sonuç çıkarımını unutmadan  akıl yoluyla tasarladığımız makinelerin canlı moleküler dünyada ne kadar bu aklı temsil edebildiğini de görme imkanımız olacak.

Sayın Joey Campana’nın bu harikulade çalışmasının Türkçe çevirisini sizlere parçalar halinde  sunmanın daha anlamlı olacağını düşünüyorum. Bu sebeple ilk olarak sadece metnin özetinin çevirisini koydum. Bu makaledeki veriler diğer bazı makalelerdeki verilerle tandem şekilde sizlerle buluşmayı sürdürecek. Asıl makaledeki bazı çarpıcı görselleri konunun mahiyetine gönderim olarak ekliyorum.Umarız ki Sayın J.Campana’nın belirtiği gibi bu çalışma sayesinde;

Birileri de gayesel makineler ve organik biyoloji arasındaki bağlantının kökeninde salt rastlantıdan daha büyük başka bir şeyin müdahil olduğu gibi ayrıksı bir izlenim edinebilir.

Okumaya devam et

HÜCRESEL HESAPLAMA

Mike GENE

Shapiro daha önce genom ve sistem mimarisi üzerindeki çalışmadan sonra (ismini tıklanırsa söz konusu çalışmaya ilgili diğer bir makaleye ulaşılabilinir) genomun hücrenin geri kalanıyla etkileşime girip hesaplamaları yerine getirmesi konusuna dikkatini vermiş gözüküyor. Bunu yaparken alışagelmiş lac operonun örneğini kullanarak birkaç genel kaideyi ortaya koymakta;

  • Zayıf etkileşimler, kendine has bağlama (binding)  ve işbirliği hücredeki moleküler hesaplamaların temel birimleridir.
  • DNA’daki ve proteinlerdeki tekrarlamalar, kendine has bölgesel işlemlerin temel devre elemanları vasıtasıyla ortaya çıkması anlamına gelir. (DNA’daki karmaşık düzenleyici bölgeler, protein etki alanları arasındaki iç ve moleküller arası etkileşimler ).
  • Bir mesaj molekülünün farklı bir mesaj molekülü üzerine bağlanması, farklı moleküllerin iletişimlerini ve işlem kabiliyetlerini devralması, hücresel ağ düğümlerinin karmaşık mikro işlemciler gibi davranmasını sağlar. (allostery)
  • Belirsiz ve zayıf etkileşimler bütünleşik hücresel tepkilerin genel keskinliğini sağlar. (hücreler belirsiz (fuzzy) mantık ilkeleri ile işlerler. Zadeh 1975) .

Okumaya devam et

DNA VE TASARIM

Mustafa Ajlan ABUDAK

DNA muhteşem bir tasarımdır. Şimdi neden bu şekilde algıladığıma gelelim. Bunun için ilk olarak ”tasarım” kavramının bize neyi ifade ettiğinden başlamalıyız. Türk Dil Kurumu Sözlüğüne göre tasarım;

1 . Zihinde canlandırılan biçim.

2 . Bir sanat eserinin, yapının veya teknik ürünün ilk taslağı, desen, tasar çizim, dizayn.

3 . Bir araştırma sürecinin çeşitli dönemlerinde izlenecek yol ve işlemleri tasarlayan çerçeve, tasar çizim, dizayn.

4 . felsefe Daha önce algılanmış olan bir nesne veya olayın bilinçte sonradan ortaya çıkan kopyası.

Demek ki bir şeye tasarım dememiz için onun önceden var olan bir ”planı” yada o planın gerçekleşmesini sağlayan bir işlevi olması gerekli.Yani kısaca bir ”amacı” olmalı. Bu amaçsal yaklaşım kendini ”teleolojik” düşüncede gösterir. Doğal olarak bu düşüncenin tersi diyebileceğimiz materyalizmde tasarıma kendince bir açıklama getirebilir.Birlikte olası açıklamalardan hangisinin insan aklına daha iyi hitap etmektedir, inceleyelim.

DNA hem hatalara karşı kırılgan, dayanıksız hem mümkün olan en küçük hacimde mümkün olan en büyük bilgi saklama kapasitesine sahip, birde ek olarak bilgiyi derleyen ve organize eden bir yapıdır. Wikideki tanımıyla kısaca ;

Deoksiribonükleik asit ya da kısaca DNA, tüm hücreli canlıların ve bazı virüslerin biyolojik gelişimleri için gerekli genetik bilgiyi taşıyan nükleik asittir. DNA, canlının özelliklerinin soydan soya geçmesini sağladığı için bazen kalıtım molekülü olarak da adlandırılır.Bakterilerde ve diğer basit hücreli canlılarda DNA hücrenin içinde dağınık biçimde bulunur. Hayvanları ve bitkileri oluşturan daha karmaşık hücrelerde ise DNA’nın çoğu hücre çekirdeğindeki kromozomlarda bulunur. Enerji üreten kloroplast ve mitokondri organellerinde ve pek çok virüste de bir miktar DNA bulunur.Bazen “kalıtım molekülü” olarak adlandırılsa da, DNA aslında tek bir molekül değil, bir çift moleküldür. Bu çift molekül, bir sarmaşığın dalları gibi birbiri çevresinde dönerek bir sarmal oluştururlar.

Okumaya devam et