HÜCRENİN KARGO GÖREVLİSİ

TED konuşmasında bahsedilen motor proteinlerinin (Kinesin) nasıl yürüdüğünü bulan Sakarya doğumlu bilim insanı Arif Yıldız’dır. Bu çalışması sayesinde prestijli bilim dergisi Science tarafından ‘2005 Yılının Genç Bilim Adamı’ seçildi ve dergiye kapak oldu. Bu ödülü alan ilk Türk olarak tarihe geçmiştir.

ZİHİN VE KOZMOZ

       Mustafa Ajlan ABUDAK

    ATEİST BİR PROFESÖR DARWIN KARŞITI NASIL OLUR?

Thomas NAGEL‘ın son kitabı Zihin ve Kozmoz (Mind & Cosmos) ABD bilim çevresinde ses getirmeyi başardı. Kendisi indirgemeci görüşe olan karşıtlığı ile tanınan bir hukuk profesörü. Bu kitabıyla bilincin ortaya çıkması husunda bilim dünyasındaki hakim paradigma olan Neo-Darwinci görüşlere karşı bir argüman oluşturmakta. Tanınan bir ateist olması ise, kitabının mahiyeti ile ilgili ayrıca merak uyandırmakta.

Bir bilim insanının felsefi ya da dini tercihinin yaptığı çalışmaların değerlendirilmesinde önemli olmaması gerektiğini düşünüyorum. Fakat dünya birçok düşünsel ve fikirsel kamplara ayrılmış durumda ve sanki bir fikrin ve düşüncenin çekirdeğindeki önermenin savunulması, onu savunan kişiyi de facto olarak o düşünceyi taşıyan ister felsefi, ister siyasi, ister dini, ister ekonomik olsun, tüm alt grupların savunucusu ve destekçisi olarak kabul edilmesine yol açıyor.

Toptancılık eğilimi maalesef kendini eğitimli ve elit gören akademik dünyanın genelinde görülen bir metastaz. Bu, akademinin Plato’dan beri ilk kez tamamıyla elitlerin elinden alındığı bir bilgi devrimin içinde yaşadığımız halde, akademik olarak eğitim almayanlara düşünce hakkı bile vermek istemeyen bir tür otokratik refleks. Belki de bu sebeple doğal olarak bir düşüncenin sahibi olmasını beklediğimiz kişilerden ” ezber bozan yaklaşımlar ” duymak, hem şaşırtıcı hemde bu ezberi taşıyanlar için yapı sökücü bir nitelik içeriyor. Bu bakımdan da fikri destekleyen açıklamalardan daha fazla, bu fikri savunan veya eleştirenlerin ilgi alanına girebiliyor. Buda onu daha geniş bir perspektifte değerlendirilmesi için bir fırsat sunuyor.

İşte Thomas NAGEL’ın kitabı  Zihin ve Kozmoz yukarıda bahsettiğimiz niteliğe sahip bir yayın gibi durmakta. Bu sebeple kitabı okumuş ve incelemiş birinden (Casey LUSKIN-Discovery Institute) profesörün ID yani Akıllı Tasarım (Teleolojik Evrim) hakkındaki düşüncelerini kitaptan yapılan alıntılarla incelemek faydalı olabilir.

Okumaya devam et

EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

ORGANİK BİLGİSAYARLARA (DNA) VERİ DEPOLAMA

Görsel

Bilim adamları DNA’ya veri depoladı >> Organik bilgisayarlar ve annesinin hafızasıyla doğan bebekler ne zaman?

khosann.com Jan 31st 2013

Kozan DEMİRCAN

Sabit disk sürücülerini ve DVD’leri unutun! Dijital dünyada veri depolama ihtiyacı öyle hızlı artıyor ki tek çare, bütün bu veriyi, genetik bilgilerimizi içeren DNA moleküllerine kaydetmek…
Harvard Üniversitesi, geçen yaz, 1 gram DNA’da 770 terabayt veri depolamayı başardı.  Ocak ayında ise Cambridge Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü bir ilke imza attı… Ve Shakespeare’in soneleri ile Amerika’nın 1968’te suikasta kurban giden ünlü insan hakları savunucusu Martin Luther King’in “Bir hayalim var” adlı konuşmasını insan DNA’sına kaydetti!

DNA’nın veri depolama açısından iki büyük avantajı var: Birincisi, mikroskobik yapısıyla ofiste hiç yer kaplamıyor. İkincisi ise büyük miktarda veriyi çok küçük ölçeklerde saklayabiliyor.

DNA bu özelliği çifte sarmal yapısına borçlu: Otellerdeki döner merdivenleri andıran “çifte sarmal” yapısıyla kendi üzerine katlanan ve makaradaki iplik gibi defalarca sarılan DNA molekülü, aslında dünyanın en küçük depolama birimlerinden biri!

İş veri depolamaya gelince kimse DNA’nın eline su dökemez…

Bizi biz yapan fiziksel özellikler ve kişilik yapımızı etkileyen bazı faktörler, DNA olarak adlandırdığımız organik moleküllerde “genetik talimatlar” halinde kodlanıyor. DNA dizileri genleri ve gen dizileri de bir bütün halinde insan genomunu oluşturuyor (genetik haritamız).

İnsan genomu derken, 46 kromozomda yaklaşık 3 milyar DNA baz çiftini kast ediyoruz. Bu da her bir hücre çekirdeğinde, DNA moleküllerinden oluşan 3 milyar genetik komut satırı olduğu anlamına geliyor. Vücudumuzun trilyonlarca hücreden oluştuğunu düşündüğümüzde, insan DNA’nın internette üretilen Büyük Veriyi depolamanın en verimli ve ucuz yolu olduğunu anlıyoruz.

Üstelik son derece de kalıcı bir depolama ortamı. Özellikle derin dondurucuda saklandığında binlerce, on binlerce yıl boyunca kayıtlı bilgileri saklayabiliyor DNA… Sibirya buzullarında açığa çıkarılan mamut fosilleri ve insan cesetleri bunun kanıtı.

Okumaya devam et

PAVLOV’UN ZİLİ DARWIN İÇİN ÇALDI

Mustafa Ajlan ABUDAK

Hayat içerisinde ilk bakışta çoğu şey birbiriyle doğrudan alakalı gibi görünmez. Her disiplinin kendini incelediği alanın sınırlarında tutmak zorundaymışçasına dışa kapalı bir jargon üretmeye çalışır. Kendini kategorik olarak diğerlerinden ayrıştırmaya çabalar. Buda tüm disiplinlerin birbirleri arasındaki holistik (bütüncül) bağları örüntüleri görmemizi engelleyen bir algılama tek tipleştirmesidir. Fakat insan beyni holistik çalışır. Çünkü bu şekilde evirilmiştir.

Daha önceki yazılarımı takip edenler evrimi bir öğrenme süreci olarak gördüğümü bilirler. Tıpkı psikososyal evrimimizde olduğu gibi belirli zaman dilimlerinde belirli meydan okumalara karşı örgütleme ve uyum sağalama çerçevesinde bir (Maslow’un bahsettiği kendimizi gerçekleştirme) telos’a (hedef-amaç) ilerliyorsak, tüm canlılarda biyolojik evrimde zaman içerisinde karşılaştıkları meydan okumalara karşı mutagenetik süreçler yoluyla çözüm üreterek en önemli yaşamsal gereklilik olan hayatta kalmayı gerçekleştirebiliyorlar. Biyolojik evrim hususunda bu birey bazında gerçekleşip popülasyon genelinde üreme yoluyla içselleştirilmedikçe, kazanılmış bir özellik haline gelemez. Evrimsel ilerlemeyi sağlamış birey, bunu sağlamamış bireyle biyolojik ya da sosyal etkileşime geçmedikçe bu kazanımı bir sonraki nesile aktarması neredeyse imkânsızdır. Birey çevrenin meydan okumalarına karşı zavallı pasif bir edilgen organizma değil, o çevreden gelen tüm meydan okumalara karşı biyolojik ve psikososyal çözümler üretmeye çalışan aktif bir öğrenendir. Öyleyse şunu sorabiliriz; çevresel meydan okumalara karşı balıklar ve sürüngenlerden insana değin beyin denilen organı sürekli olarak daha karmaşık ve daha etkin hale getirdiyse, bu çevresel meydan okumalar neden-sonuç ilişkisinde beyin gibi bir yapının ortaya çıkmasını sağlayacak şekilde düzenlenmiş olabilir mi? Yoksa hayatı başlatan yazılım en baştan taşıdığı bilgiyi anlamlandıracak bir donanımı inşa etmeye mi çalışmıştır?

Bugüne değin alışageldiğimiz dünyada yukarıdaki son soruya verilebilecek cevap şudur; Bir yazılım asla donanımdan önce var olamaz. Bu naif pozitivist şiar geçen sene J.Craig Venter ve arkadaşları tarafından tarih sahnesine gömüldü. İlk sentetik canlı (PDF) dünyaya geldi; Mycoplasma genitalium. DNA yazılımı derlenerek yeni bir tür meydana geldi. Tamamen laboratuvar ortamında üretilen bir bakteri genomu canlı bir bakteri hücresine verildi ve sonuçta, laboratuvarda sentezlenen yeni genomun yönettiği, kendi kendine çoğalabilen hücreler elde edildi. Kodlanan DNA sentetik olmayan türün DNA’sını değiştirmiş oldu.        Kısaca yazılımı donanımı inşa etti.

Madem bir sentetik hücreyi şu anki teknolojimiz ile gerçekleştirip tasarladık. Biz tasarımcı olsak ne yapardık?

 Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. (1)

Okumaya devam et

ALGLERDEN HATIRA ESKİ BİR SAAT

Mike GENE 28/01/2011

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

İnsandan alglere değin tüm canlıların 24 saatini kontrol eden içsel mekanizma bilim insanlarınca belirlendi.

Bu keşif sadece bozuk iç saatleri yüzünden sağlıkla ilgili sorunlar yaşayan pilotlar ya da vardiya işçileri gibi bireylerin durumuna önemli bir açıklama sağlamakla kalmıyor,  aynı zamanda insan hücresinde bulunan sirkadiyen saatin (dünyanın 24 saatlik dönüşüyle ilgili fizyolojik ritmler)  aynısının yeryüzü üzerindeki öncü yaşam formaları olan Alglerde de mevcut olduğunu gösteriyor.

Araştırmanın baş yayımcısı Cambridge Üniversitesinden Akhilesh Reddy :

Tüm hücrelerimizdeki saatlerin varlığını biliyoruz; bunlar hücreye fiziksel olarak bağlı yapılar. Gün içerisinde saatin bize rehber olmadığı bir gün ne yapardık diye düşünün! İşte günlük aktivitelerimizi düzenlemeyen bir saatimiz olmadığından hücrede aynı durumda olacaktı.

Okumaya devam et