HÜCRENİN KARGO GÖREVLİSİ

TED konuşmasında bahsedilen motor proteinlerinin (Kinesin) nasıl yürüdüğünü bulan Sakarya doğumlu bilim insanı Arif Yıldız’dır. Bu çalışması sayesinde prestijli bilim dergisi Science tarafından ‘2005 Yılının Genç Bilim Adamı’ seçildi ve dergiye kapak oldu. Bu ödülü alan ilk Türk olarak tarihe geçmiştir.

ORGANİK BİLGİSAYARLARA (DNA) VERİ DEPOLAMA

Görsel

Bilim adamları DNA’ya veri depoladı >> Organik bilgisayarlar ve annesinin hafızasıyla doğan bebekler ne zaman?

khosann.com Jan 31st 2013

Kozan DEMİRCAN

Sabit disk sürücülerini ve DVD’leri unutun! Dijital dünyada veri depolama ihtiyacı öyle hızlı artıyor ki tek çare, bütün bu veriyi, genetik bilgilerimizi içeren DNA moleküllerine kaydetmek…
Harvard Üniversitesi, geçen yaz, 1 gram DNA’da 770 terabayt veri depolamayı başardı.  Ocak ayında ise Cambridge Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü bir ilke imza attı… Ve Shakespeare’in soneleri ile Amerika’nın 1968’te suikasta kurban giden ünlü insan hakları savunucusu Martin Luther King’in “Bir hayalim var” adlı konuşmasını insan DNA’sına kaydetti!

DNA’nın veri depolama açısından iki büyük avantajı var: Birincisi, mikroskobik yapısıyla ofiste hiç yer kaplamıyor. İkincisi ise büyük miktarda veriyi çok küçük ölçeklerde saklayabiliyor.

DNA bu özelliği çifte sarmal yapısına borçlu: Otellerdeki döner merdivenleri andıran “çifte sarmal” yapısıyla kendi üzerine katlanan ve makaradaki iplik gibi defalarca sarılan DNA molekülü, aslında dünyanın en küçük depolama birimlerinden biri!

İş veri depolamaya gelince kimse DNA’nın eline su dökemez…

Bizi biz yapan fiziksel özellikler ve kişilik yapımızı etkileyen bazı faktörler, DNA olarak adlandırdığımız organik moleküllerde “genetik talimatlar” halinde kodlanıyor. DNA dizileri genleri ve gen dizileri de bir bütün halinde insan genomunu oluşturuyor (genetik haritamız).

İnsan genomu derken, 46 kromozomda yaklaşık 3 milyar DNA baz çiftini kast ediyoruz. Bu da her bir hücre çekirdeğinde, DNA moleküllerinden oluşan 3 milyar genetik komut satırı olduğu anlamına geliyor. Vücudumuzun trilyonlarca hücreden oluştuğunu düşündüğümüzde, insan DNA’nın internette üretilen Büyük Veriyi depolamanın en verimli ve ucuz yolu olduğunu anlıyoruz.

Üstelik son derece de kalıcı bir depolama ortamı. Özellikle derin dondurucuda saklandığında binlerce, on binlerce yıl boyunca kayıtlı bilgileri saklayabiliyor DNA… Sibirya buzullarında açığa çıkarılan mamut fosilleri ve insan cesetleri bunun kanıtı.

Okumaya devam et

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM BU DEĞİLSE NEDİR?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Bu kısa yazıda yeni bir araştırma (26 Kasım 2010) sonucunu sizlerle paylaşacağım. Başlıktaki sorum aslında artık bunu da inkar edecekseniz neyi kabul edebileceksiniz? şeklinde olmalıydı. Şimdi araştırmanın ne ile ilgili olduğuna bakalım. Bağlantısını aşağıda vereceğim bilimsel araştırmayı İngilizceye vakıf olanlar okuyup iyice belleyebilirler. Biz konuyla ilgilinen ortalama okuyucu için işin özünü açıklayalım.

Efendim bilim insanları oksijen atmosfer içeriğinde bulunmazken, en basit canlılardan biri olarak kabul edilen Trichoplax adhaerens‘in DNA’sında  HIF adı verilen bir gen setinin atmosferde oluşan oksijen seviyesindeki yükselmeler gibi hayvan yaşamındaki metabolik meydan okumaları yanıtlamasını sağlayacak  şekilde önceden orada olduğunu ortaya çıkarmış. Kısaca oksijen daha ortada yokken oksijen için bir sistem var. Hımmmmmmmmmm….teleolojik bir evrim düşüncesi git gide bilimsel delillerle doğru olma olasılığını arttırıyor.

Elbette bana inanmayın. Lütfen bilimsel verilere inanın;

NATURE-The hypoxia-inducible transcription factor pathway regulates oxygen sensing in the simplest animal,Trichoplax adhaerens

2010’NUN EN ÖNEMLİ 10 MAKALESİ: EVRİMİ TASARLAMAK

Mike GENE

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

2010 yılı içerisinde en önemli bulduğum 10 makaleyi listelemeye karar verdim. Geriye bakmak, önden yüklemeli evrim hipotezinin sadece akla uygun ve ikna edici (henüz bunun zıddını ispatlayabilen olmadı) olmakla kalmayıp aynı zaman da başarılı ve üretken bir hipotez olduğunu da göstererek, şüphelerimi gidermeme yardım ediyor. Bu 10 makale herhangi bir kritere göre sıralanmadı. Daha çok kronolojik bir sıra takip etmektedir.

Evet işte makaleler….

1.Metazoanlarda organ işlevini ve kas çekilme ve büzülmelerini kontrol eden iki ana sinir aktarıcı (neurotransmitter) tek hücrelilerde de benzer rol oynuyorlar. Yakında bu konuyu daha derinlemesine inceleyeceğim.

Sinir aktarıcı alet çantası

2. Birkaç makale önden yükleme ve uyum arasında giderek büyüyen ilişki örüntüsünün daha önceleri bunun benzer seçim baskıları sonucu oluştuğu yönündeki anlayışın tersine, uyumda bazı belirli parçaların hayatın içkin mimarisinden ödünç alındığını göstermekte.

a. Prestin: Önuyumun bir işlevi olarak  yakınsama -konverjans

b. VEGF reseptörleri: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

c. Oksijen taşıyan hemoglobinler: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

d. Hipotezim kabul gördü : Uyuma dönük yatırım

Okumaya devam et

HAYAT NEDİR?

Mike GENE

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Biyologlar, tanımlanması oldukça zor bir şey üzerinde çalışırken, kendilerini rahatsız hissederler. Geleneksek olarak, hayatı tanımlarlarken, hayat için karakteristik hale gelmiş metabolizma, büyüme ve gelişme, dış etkilere yanıt verme ve üreme gibi birkaç özelliği listelerler. Oysa, Daniel Korshland hikayeyi biraz farklı anlatmaktadır:

Hayatın tanımlaması nedir? Bilim insanlarından oluşan seçkin bir topluluğun bir konferansta bu soruya yanıt vermeye çalıştığını hatırlarım. Bir enzim canlı mıdır?  Bir virüs canlı mıdır? Bir hücre canlı mıdır? Saatlerce süren azimli çalışmalar ve bunu izleyen ikna edici düşünsel tartışmalar sonunda bir çözüme varılmış gibiydi  : ‘‘ Üreme yeteneği- hayatın zorunlu bir karakteristiğidir. ’’ dedi bir bilim adamı. Herkes bu tanımın hayat için gerekliğini bir cılız sese çıkana dek başıyla onayladı. ‘‘ Öyleyse bir tavşan öldü. İki tavşan –bir erkek bir dişi- hayattalar fakat her ikisi tek başına kaldığın da ise  bir ölü’’.  İşte o noktada hepimiz herkesin bilmesine rağmen,  hayatın basit bir tanımının olamayacağı konusunda hem fikir olduk. [1]

Koshland’ın kendisi hayatı evrensel ve gerekli 7  özellikle tanımlamaktadır: ‘‘  Program, İrticalen etkinlik gösterebilme, Bölümlere ayrılabilme, Enerji, Üreyebilme, Uyum sağlayabilme, İzolasyon. ( İngilizce baş harfleriyle P-rogram-I-mprovisation-C-ompartmentalization-E-nergy-R-egeneration-Adaptation-S-eclusion PICERAS) bunlar kısaca yaşayan bir sistemin dayandığı temellerdir.’’ [1] Hayat kendisini yeterli ve basit bir tanımlamayla açıklama çabalarına direnç gösterir. Onu bu şekilde açıklamaya gayret gösteren indirgemeciliği bu hususta başarısız kılar.

2001’de Bernard Korzeniewski eğer evrim tasarlanmış bir süreç şeklinde düşünülürse sibernetik yaklaşımı kullanıp oldukça faydalı bir hayat tanımlaması ile ortaya çıktı.

Korzeniewski kendi tanımlamasında şöyle yola çıkar:

Hayat (canlı bir birey) daha üst düzey olası genişleme eğilimli olumlu geri bildirimlere (positive feedback) tabi kılınmış daha alt kademedeki düzenleyici olumsuz geri bildirimlerden (negative feedback) meydana gelen bir ağdır. (Network)  [2]

Okumaya devam et

TASARIM TASARIMCISINA İLK TASARIMI FISILDARSA…

 

Mustafa Ajlan ABUDAK

Eminim ki Craig Venter adını daha önce duymuşsunuzdur. Ülkemizin güzide pozitivist basınında sentetik hayat haberleri epey heyecana sebep olmuştu.  Venter ve çalışma arkadaşları sentetik yaşamın ilk örneğini tasarlamayı başardı. Şimdilik bu takımın aslında tüm yaptığı bir bakteri türünden alınan DNA dizilimini kopya edip, sentetik kromozomu alıp, bir verici (donor) hücre alarak bunu kabul etmesini sağlamak oldu.  Sentetik kromozom verici hücrenin içersine bir kez girdiğinde, kısa zamanda girdiği hücre türünü diğer türe çevirdi. Bilim insanları bu sisteme dâhil olabilecek yeni yazılımların peşindeler. Elbette kayda değer  çok önemli bir başarı fakat bizi asıl ilgilendiren bunun doğurduğu bilimsel sonuçlar ve araştırmacılarda ne gibi düşünsel çıkarımlara yol açtığı…

Sonunda tasarım, makine, yazılım , bilgi kelimelerinin neden felsefi sonuçları olduğunu kendimize sorarız umuduyla  konuyla ilgili haberimizi okuyalım.

Sentetik genom hücreyi yeniden başlatıyor…

Yoktan bir genom inşa etmek, özgün organizmalar sentezlemeye doğru bir adımdır.

Jocelyn Rice

15 yılı kapsayan proje sonucu J.Craig Venter Enstitüsü’ndeki bilim insanları sentetik genom tarafından kontrol edilen ilk hücreyi geliştirmeyi başardı.

Projede yer alan San Fransisco California Üniversitesinden Chris Voigt:

Bu ilk kez  bir genom dizilim bilgisinin  hayata geri getirilmesiydi. Bu gerçekten çok önemli.

Kalıtım biliminin öncülerinden Craig Venter liderliğindeki araştırmacılar, 2008’de geliştirilen bir metotla bir milyondan biraz daha fazla DNA temel çiftini içeren mycoplasma mycoides adlı küçük bir bakterinin genomunu sentezlediler. Bir sonraki adım, bu sentetik genomu akraba bir bakteri olan Mycoplasma copricolum nakil edilmesiydi.

Alıcı hücreler, sentetik genom ile birleşir birleşmez bu genom içersine daha önce mükemmelleştirilen kodlanmış olan talimatları uygulamaya geçtiler. Birkaç nesil sonra alıcı türe ait tüm genetik izler yok oldu. Sonuçlar aşağıdaki adreste yayınlandı:

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1190719

Sentetik genomlarını doğal yollarla oluşan versiyondan ayırabilmek için, araştırmacılar sentetik genom içersine bazı işaretler kodladılar. Bu işe, İngiliz alfabesi ile hücre içersine yazmak için noktalama ve sayılar gibi özellikleri de içeren alfabe kodlamakla işe başladılar. Deşifrede ayrıca dizilime dâhil edildi. Daha sonra adlarını, birkaç veciz sözü ve eğer kodu kırmayı başarabilen çıkarsa diye ziyaret edebilmeleri için bir web adresini bile yazdılar.

Okumaya devam et