EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

Reklamlar

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM BU DEĞİLSE NEDİR?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Bu kısa yazıda yeni bir araştırma (26 Kasım 2010) sonucunu sizlerle paylaşacağım. Başlıktaki sorum aslında artık bunu da inkar edecekseniz neyi kabul edebileceksiniz? şeklinde olmalıydı. Şimdi araştırmanın ne ile ilgili olduğuna bakalım. Bağlantısını aşağıda vereceğim bilimsel araştırmayı İngilizceye vakıf olanlar okuyup iyice belleyebilirler. Biz konuyla ilgilinen ortalama okuyucu için işin özünü açıklayalım.

Efendim bilim insanları oksijen atmosfer içeriğinde bulunmazken, en basit canlılardan biri olarak kabul edilen Trichoplax adhaerens‘in DNA’sında  HIF adı verilen bir gen setinin atmosferde oluşan oksijen seviyesindeki yükselmeler gibi hayvan yaşamındaki metabolik meydan okumaları yanıtlamasını sağlayacak  şekilde önceden orada olduğunu ortaya çıkarmış. Kısaca oksijen daha ortada yokken oksijen için bir sistem var. Hımmmmmmmmmm….teleolojik bir evrim düşüncesi git gide bilimsel delillerle doğru olma olasılığını arttırıyor.

Elbette bana inanmayın. Lütfen bilimsel verilere inanın;

NATURE-The hypoxia-inducible transcription factor pathway regulates oxygen sensing in the simplest animal,Trichoplax adhaerens

2010’NUN EN ÖNEMLİ 10 MAKALESİ: EVRİMİ TASARLAMAK

Mike GENE

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

2010 yılı içerisinde en önemli bulduğum 10 makaleyi listelemeye karar verdim. Geriye bakmak, önden yüklemeli evrim hipotezinin sadece akla uygun ve ikna edici (henüz bunun zıddını ispatlayabilen olmadı) olmakla kalmayıp aynı zaman da başarılı ve üretken bir hipotez olduğunu da göstererek, şüphelerimi gidermeme yardım ediyor. Bu 10 makale herhangi bir kritere göre sıralanmadı. Daha çok kronolojik bir sıra takip etmektedir.

Evet işte makaleler….

1.Metazoanlarda organ işlevini ve kas çekilme ve büzülmelerini kontrol eden iki ana sinir aktarıcı (neurotransmitter) tek hücrelilerde de benzer rol oynuyorlar. Yakında bu konuyu daha derinlemesine inceleyeceğim.

Sinir aktarıcı alet çantası

2. Birkaç makale önden yükleme ve uyum arasında giderek büyüyen ilişki örüntüsünün daha önceleri bunun benzer seçim baskıları sonucu oluştuğu yönündeki anlayışın tersine, uyumda bazı belirli parçaların hayatın içkin mimarisinden ödünç alındığını göstermekte.

a. Prestin: Önuyumun bir işlevi olarak  yakınsama -konverjans

b. VEGF reseptörleri: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

c. Oksijen taşıyan hemoglobinler: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

d. Hipotezim kabul gördü : Uyuma dönük yatırım

Okumaya devam et

DARWIN’İN İSPİNOZLARI HESAP YAPMAYI BİLİYOR MUYDU?

Barry CIPRA 17 Şubat 2010 ScienceMag

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim yeni türler ortaya çıkarırken doğrusal cebir mi kullanıyor? Evrimsel biyologlarve uygulamalı matematikçilerden oluşan bir takım araştırmacının gerçekleştirdiği analizler durumun bu olabileceğini gösteriyor. En azından evrimin en önemli sembollerinden biri için:  ispinozların gagaları.

Charles Darwin 1895 yılında Galapagos adalarına gerçekleştirdiği ziyaretinde, ispinozların gagalarındaki çeşitlilik onu şaşırtmış ve merakını tetiklenmişti. Darwin ispinozların gagalarının yediklerine göre ince bir şekilde ayarlanmış gibi olduklarını fark etmişti: küçük ve noktalı gagalar böcek yemeye eğilimliydi, örneğin,  kalın ve sağlam gagalara sahip olanlar ise bitkisel besleniyorlardı. Bu buluş onun doğal seçilim yoluyla evrim teorisini formüle etmesine yardım etmişti.

Bu uyum sergilemelerin (adaptasyonların) arkasında bir matematiksel örüntü olup olmadığını merak eden doktora öğrencisi Otger Campàs ve yüksek lisans öğrencisi Ricardo Mallarino bulunduğu Harvardlı bir grup,   genus Geospiza içindeki 6 tür ve genus Camarhynchus içerisindeki 3 türünde dahil olduğu Darwin ispinozlarından 13’ünün gaga yapılarını analiz etti. Araştırmacılar, Harvard Karşılaştırmalı Zooloji Müzesinde yer alan itinayla dijitalleştirilmiş profil örneklerini kullanarak, geometrik objelere etki eden en basit matematiksel islevler olarak da bilinen doğrusal dönüşümlerin, ispinozların üst gagalarını temsil eden iki boyutlu egrileri ortak bir forma ne ölçüde indirgeyebilecegini anlamaya çalıştılar.

Matematiksel olarak, herhangi iki eğri bir çeşit dönüşümle birbirleriyle ilişkilendirilmiştir. Fakat doğrusallık çetin bazı sınırlamalar oluşturur. Doğrusallık iki boyutlu bir düzlemde, şekillerin sadece ölçekleme ve kırpılma ile şekillendirilmesine olanak tanır. Kabaca tanımlarsak, ölçeklendirme dönüşümleri, iki dikey aksı açıp sıkıştıran fakat onları yine dikey tutan bir işlemdir. İki gruplandırılmış küme , kırpılma yoluyla tek bir grup haline gelirler. Araştırma ekibi bunu Proceedings of the National Academy of Sciences ‘ta bir rapor halinde yayımlamışlardır.

Okumaya devam et

2009’UN EN ÖNEMLİ 10 TASARIM MAKALESİ

Mike GENE

2010 geldiğinden beri, bloğumda 2009’da boyunca yer alan önemli makaleleri bir arada sunmayı düşündüm.  Bu makaleler, 2009 boyunca önden yüklemeli evrim çerçevesindeki en önemli birkaç gelişmeyi içeren makalelerdir.

Her neyse, en önemli 10 makale kendi içersinde 3 kategoriye ayrılmakta. Bunlar…

” Turuncu yazılmış makale isimleri tıklanarak ilgili makaleye ulaşılınabilinir. ”

HAYATIN İÇERSİNDEKİ TASARIM OLGUSUNA YAKLAŞIMLAR

Merkezi Metafor –  Bloğumda savunduğum çerçeveyi anlamak için zorunlu olan kitabımdan küçük bir özeti içeren makale. (Türkçesi için tıklayın..)

Kanıt ve Şüphe –   Bir bilimsel araştırmada rol oynayan şüphelerin, anahtar rolünü tartışan kitabımdan  küçük bir alıntı.

Ökaryotik Hücrelerin En Basiti – Bilim tarihinin görece karanlıkta kalmış önemli bir mesaj içeren kısmını ortaya koyuyoruz. Oldukça fazla miktarda deneysel kanıtla desteklenen bilimsel bir hipotez yanlış olabilir.

Bir Tasarım Çıkarımı Yaklaşımına Doğru Yollar –  Bazı Biyolojik yapıların tasarlanıp tasarlanmadığına dair karar verme aşaması için önerdiğim 4 farklı metodu kapsayan bir çerçeve metin.

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM

Titreşim –  İnsanların önden yüklemeli evrimi daha iyi kavrayabilmesi için hazırladığım güncel bir yardım denemesidir.

SRP, Alu elementleri ve Titreşim –  Ribozmal parçaları uzun ve kapsamlı bir şekilde akıl süzgecinden geçirerek bağlantılar oluşturarak keşfedilmesini içeren, çoğu insan tarafından göz ardı edilen ya da görülemeyen kısımlara dair makalem.

Önden Yüklemeli Evrim ve Sinir Sistemi – Birçok kanıtı ortaya koyarak sinir sisteminin konuyla olan ilişkisini belirten makalem.

Metyhlation – Sitozin Deaminasyonunun Etkilerine Odaklanmak – Kitabımdaki bir tartışmayı genişleterek, genetik koda gömülmüş gizli bir patikanın gösterilmesi.

Okumaya devam et

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM NEDİR…?

Mike GENE & Mustafa Ajlan ABUDAK

Önden yüklemeli evrim, evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia eden evrimsel yaklaşımdır. Canlı genomlarındaki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak genomun içersinden çevre koşullarına uymasını sağlayacak  verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eden yaklaşıma önden yüklemeli evrim adı verilmektedir. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanzimasındaki parçalar olduğunu savunur.

Önden Yüklemeli Evrim teorisini neden savunuyoruz ?  Sorusunun cevabını, bu teorinin dünyadaki en yetkin savunucarından olan Mike Gene‘den çevirdiğim makalelerden derlediğim bir üst çatı makale ile  ortaya koymanın yakında yayınlanacak olan diğer makalelerin anlaşılması ve anlamlandırılması için bir mihenk noktası oluşturacağını düşünüyorum.  Bu sebeple ”  önden yüklemeli evrim nedir ve ne değildir ? ”  sorularına en detaylı yanıtın bu şekilde verilebileceğini düşünüyorum. Bu çabanın bir diğer önemli amacıda akıllı tasarım ve önden yüklemeli evrim algısı hakkında internette yayın yapan ve medyada atıp tutan misyon sahibi şahısların  görevleri gereği yerine getirdikleri  dezenfermasyonun ve çarpık algıların önüne bir nebzede olsa  geçebilmektir.

Üç adımda kısaca evrimde tasarım çıkarımını açıklarsak;

1. Evrim büyük bir benzeşim (homoloji) sergileyecekti. Bunun nedeni homoloji bizlere tasarımı geçmişten bugüne bağlamaya izin verir. Bu eski tasarımlar oldukça uzun zamandır vardılar ve evrim bunların çevresinde şekillendi. 2. Evrim PREPA (the present explains the past) yani bugünün geçmişi açıklamasını ortaya koyacaktı. PREPA eski atalarımızın alışılmadık ya da tuhaf özelliklerinin bugünün içeriğinden bakıldığında daha anlamlı hale gelmesini sağlayan öngörü ipuçlarıdır. PREPA’yı potansiyel olarak somutlaştıran ve sonuç veren genel kavram. Gereksiz Karmaşıklıktır.   3. Evrim belirgin bir şekilde gerçek biyotik özelliklerce yürütülecekti. Mademki tasarımın kendisi biyotik olacaktı, öyleyse evrimde biyolojik bir sürece benzeyecekti, böylece tasarım bu tip bir evrimle daha çok ilişkilendirilebilecekti. Bir başka deyişle, eğer evrim tamamen çevredeki yıkıcı süreçlerin zeminine karşı daha büyük uyum sağlıyor diye oluşmakta olan rastlantısal olayların bir işlevi olsaydı, geleceği bugünden tasarlama kabiliyetini evrimsel kirlilik tarafından süratle önlenecekti. Fakat evrim için güçlü ve temel bir birleşen varsa, tasarımlar bu evrimsel kirliliğe (noise) karşı korunur. Okumaya devam et