2010’NUN EN ÖNEMLİ 10 MAKALESİ: EVRİMİ TASARLAMAK

Mike GENE

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

2010 yılı içerisinde en önemli bulduğum 10 makaleyi listelemeye karar verdim. Geriye bakmak, önden yüklemeli evrim hipotezinin sadece akla uygun ve ikna edici (henüz bunun zıddını ispatlayabilen olmadı) olmakla kalmayıp aynı zaman da başarılı ve üretken bir hipotez olduğunu da göstererek, şüphelerimi gidermeme yardım ediyor. Bu 10 makale herhangi bir kritere göre sıralanmadı. Daha çok kronolojik bir sıra takip etmektedir.

Evet işte makaleler….

1.Metazoanlarda organ işlevini ve kas çekilme ve büzülmelerini kontrol eden iki ana sinir aktarıcı (neurotransmitter) tek hücrelilerde de benzer rol oynuyorlar. Yakında bu konuyu daha derinlemesine inceleyeceğim.

Sinir aktarıcı alet çantası

2. Birkaç makale önden yükleme ve uyum arasında giderek büyüyen ilişki örüntüsünün daha önceleri bunun benzer seçim baskıları sonucu oluştuğu yönündeki anlayışın tersine, uyumda bazı belirli parçaların hayatın içkin mimarisinden ödünç alındığını göstermekte.

a. Prestin: Önuyumun bir işlevi olarak  yakınsama -konverjans

b. VEGF reseptörleri: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

c. Oksijen taşıyan hemoglobinler: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

d. Hipotezim kabul gördü : Uyuma dönük yatırım

Okumaya devam et

Reklamlar

DNA’NIN MATEMATİĞİ

 

 

book_of_history

 

Perry MARSHALL

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Düşünün ki birisi size bir sayfası yırtılmış gizemli bir roman verse…

Ve birilerinin de size, bu kayıp sayfayı kitabın diğer kısımlarındaki cümleler ve paragraflardan aldığı kısımlarla tamamlayan bir bilgisayar programı ile geldiğini varsaysak. Hayal edin! Bu bilgisayar, bir birçok insan daha kitabın sayfanın kayıp olduğunu anlatamayacak iken, böylesine harikulade bir işi yapıyor olsun.

DNA bunu yapıyor.

1940’larda seçkin bilim insanı Barbara McClintock bir mısırın DNA’sının bir kısmına zarar verdi. Daha sonra şaşkınlık içerisinde bitkinin hasar görmüş kısmını tamir edebildiğini gözlemledi. Bunu DNA dizilimdeki diğer kısımlarını kopyalayıp, hasar gören yere yapıştırarak yapıyordu. Keşfi o zamanlar için oldukça radikal bir şeydi, nerdeyse raporlarına kimse inanmamıştı. (40 yıl sonra bu çalışma sebebiyle Nobel aldı.)

Ve bizler hala meraktayız. Bu denli ince bir hücre bunu yapmayı nasıl biliyor..?

Fransız bir HIV virüsü araştırmacısı ve bilgisayar bilimci, bu sorunun cevabının bir kısmını buldu. İpucu; DNA’daki yönergeler sadece dilbilimsel değildir, aynı zamanda harikulade bir matematiğe sahiptirler. DNA’nın yapısına hükmeden bir Evrimsel Matris vardır. Bilgisayarlar veri hatalarını belirlemek için ‘’ sağlama toplamı ’’ adı verilen bir şey kullanırlar. Görünüşe bakılırsa DNA ‘da bu tip bir sağlama (checksum) kullanıyor gözükmektedir. Fakat DNA’nın sağlaması sadece kayıp veriyi belirlemekle kalmaz; bazen de neyin kayıp olduğunu hesap edebilmektedir. Şimdi bunun nasıl çalıştığına bakalım;

İngilizcede E harfi metinler içerisinde 12.7 % yüzde ile görülmektedir. Z harfinin görülme sıklığı ise sadece 0.7% dir. Diğer harflerin görülme sıklığı da bu ikisinin arasında bir yerlere tekabül eder. Böylece İngilizcede sadece harfleri sayarak hata belirlemesi yapabilmek mümkündür.

DNA’da, bazı harfler diğerlerine göre tıpkı İngilizcedeki E gibi daha sık görülmekte, bazıları da daha az sıklıkta görülmektedir. Fakat..İngilizcenin tersine , bu harflerin hangi sıklıklarda görüleceği  genetik koda saklanmış kesin bir matematiksel formülle kontrol edilmektedir.

Hücreler çoğaldığında, DNA dizimindeki tüm harflerin toplam sayısı hesap edilir. Harflerin toplam sayımı kesin bir oranla eşleşmezse, hücre bir hata yapıldığını bilir. Böylece işlemi durdurarak yeni hücreyi öldürür.  Bu sağlama mekanizmasının işlevsizliği yapısal doğum bozuklukları ve kansere neden olur.

Dr. Jean-Claude Perez DNA’daki harfleri saymaya başladı. Keşfettiği şey, bu oranların yüksek bir matematik içerdiği ve Pi ‘Altın Oran sayısı olan 1.618 temelinde gerçekleştiğiydi. Bu bir Pi türevi olan çok özel bir sayıdır. Perez’in bu keşfi Interdisciplinary Sciences/ Computational Life Sciences gibi bilimsel yayınlarda Eylül 2010’da yayımlanmıştır.

Jean Claude Perez DNA içerisinde, altın oranı temel alan 1.618 evrimsel bir matematiksel matris keşfetmiştir. Sizlere bundan bahsetmeden önce, bana genetik kod ile ilgili kısa bir açıklama yapmama izin verin.

DNA’nın dört ana bazı vardır. Sembolleri şu şekildedir;  T (Thymine ) ,C (Cytosine) , A (Adenine) ve G (Guanine). Bu semboller üçlü küme kombinasyonlar şeklinde gruplanırlar. Bunlar 4x4x4 = 64 olası kombinasyona sahiptir. Böylece genetik alfabe 64 harflidir. 64 harf  amino asitleri ve proteinleri meydana getiren yönergeleri yazmakta kullanılır. Perez harfleri sayarken, eğer DNA’daki harfleri T-C-A-G tablosu şeklinde düzenlendiğinde ilginç bir örüntü göründüğünü ortaya koydu. Tabloyu gördüğünüz gibi ortadan 2’ye böldü. İnsan genomunda 1 milyon üçlü kümeye sahip bir DNA dizimini aldı. DNA’daki her üçlü kümenin popülasyonunu saydı ve her bir aralığa yerleştirdi:

Harfleri topladığında, beyaz harflerin toplamı ile siyah harflerin toplamının birbirine oranı 1:1 di. Ve bu öyle kaba taslak olarak ortaya konmamıştı. Bu oran tam anlamıyla binde birlik bir orandan daha bile iyiydi. 1.000:1.000 .

Okumaya devam et

NEDEN TELEOLOJİK EVRİM ?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Aşağıda teleolojik evrim fikrimi destekleyen 10 nokta üzerinde durmak istiyorum. Bu 10 noktanın hepside oldukça akla uygun açıklamalardır. Fakat burada bunların sadece akla uygun olduğunu değil, teleolojik evrimi ret eden düşünceden (Darwinizm) daha da akla uygun olduğunu iddia etmiş olacağım.

1. Bilimsel olarak elde edilen veriler nesnel gerçekliğin parçalarıdır.  Kanıt ise bu verilerden kotarılan bir yorumdan ibaret olan zihinsel bir yapılanmadır.

2. Evrime karşı gösterilen bir kanıt tasarımı desteklemez.

3. Evrim için önerilen kanıtlar teleolojiye karşı kanıtlar değildir.

4. Evrim ve tasarım birlikte var olabilir ve birbirlerini destekleyen süreçler meydana getirebilir. Teleolojik evrim sadece moleküler alanda değil sosyal ve psikolojik alanlarda hayat içerisinde var olan evrimsel süreçleri anlamamızda daha kapsayıcı cevaplar vermektedir.

5. Sübjektif çıkarımlarımızı bilime yamamak, bunu yapan zihninin giydiği deli gömleğini bilime giydirmeye çalışmaktır.

Okumaya devam et

2009’UN EN ÖNEMLİ 10 TASARIM MAKALESİ

Mike GENE

2010 geldiğinden beri, bloğumda 2009’da boyunca yer alan önemli makaleleri bir arada sunmayı düşündüm.  Bu makaleler, 2009 boyunca önden yüklemeli evrim çerçevesindeki en önemli birkaç gelişmeyi içeren makalelerdir.

Her neyse, en önemli 10 makale kendi içersinde 3 kategoriye ayrılmakta. Bunlar…

” Turuncu yazılmış makale isimleri tıklanarak ilgili makaleye ulaşılınabilinir. ”

HAYATIN İÇERSİNDEKİ TASARIM OLGUSUNA YAKLAŞIMLAR

Merkezi Metafor –  Bloğumda savunduğum çerçeveyi anlamak için zorunlu olan kitabımdan küçük bir özeti içeren makale. (Türkçesi için tıklayın..)

Kanıt ve Şüphe –   Bir bilimsel araştırmada rol oynayan şüphelerin, anahtar rolünü tartışan kitabımdan  küçük bir alıntı.

Ökaryotik Hücrelerin En Basiti – Bilim tarihinin görece karanlıkta kalmış önemli bir mesaj içeren kısmını ortaya koyuyoruz. Oldukça fazla miktarda deneysel kanıtla desteklenen bilimsel bir hipotez yanlış olabilir.

Bir Tasarım Çıkarımı Yaklaşımına Doğru Yollar –  Bazı Biyolojik yapıların tasarlanıp tasarlanmadığına dair karar verme aşaması için önerdiğim 4 farklı metodu kapsayan bir çerçeve metin.

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM

Titreşim –  İnsanların önden yüklemeli evrimi daha iyi kavrayabilmesi için hazırladığım güncel bir yardım denemesidir.

SRP, Alu elementleri ve Titreşim –  Ribozmal parçaları uzun ve kapsamlı bir şekilde akıl süzgecinden geçirerek bağlantılar oluşturarak keşfedilmesini içeren, çoğu insan tarafından göz ardı edilen ya da görülemeyen kısımlara dair makalem.

Önden Yüklemeli Evrim ve Sinir Sistemi – Birçok kanıtı ortaya koyarak sinir sisteminin konuyla olan ilişkisini belirten makalem.

Metyhlation – Sitozin Deaminasyonunun Etkilerine Odaklanmak – Kitabımdaki bir tartışmayı genişleterek, genetik koda gömülmüş gizli bir patikanın gösterilmesi.

Okumaya devam et