HÜCRENİN KARGO GÖREVLİSİ

TED konuşmasında bahsedilen motor proteinlerinin (Kinesin) nasıl yürüdüğünü bulan Sakarya doğumlu bilim insanı Arif Yıldız’dır. Bu çalışması sayesinde prestijli bilim dergisi Science tarafından ‘2005 Yılının Genç Bilim Adamı’ seçildi ve dergiye kapak oldu. Bu ödülü alan ilk Türk olarak tarihe geçmiştir.

Reklamlar

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

TEORİNİN SONU: VERİ MADENCİLİĞİ BİLİMSEL METODU GEÇERSİZ KILDIĞINDA

Chris ANDERSON– Wired baş editörü

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

” Tüm modeller yanlıştır, fakat bazıları yararlıdır. “

İstatistikçi George Box tarafından 30 yıl önce ilan edilmişti ve haklıydı. Fakat ne gibi bir seçeneğimiz vardı? Sadece modeller, kozmolojik denklemlerden insan davranışı teorilerine varıncaya değin çevremizi saran dünyayı, her ne kadar mükemmel olmasa da sürekli açıklayabilir görünüyordu. Şimdiden sonra, devasa bollukta veri çağında büyüyen Google gibi şirketler, yanlış modellere yetinmek zorunda değildir. Gerçekten de, bu şirketler modellerle asla yetinmek zorunda değiller.

60 yıl önce, dijital bilgisayarlar bilgiyi okunabilir kıldı. 20 yıl önce, internet bu bilgiyi erişilebilir hale getirdi. 10 yıl önce, ilk arama motoru zincirleri bu bilgiyi tek bir veri tabanı yaptı. Şimdi Google ve benzer şirketler tarihte en çok ölçümün yapıldığı bir çağda, bu devasa gövdeye insan âleminin bir laboratuvarı şeklinde davranıyorlar. Onlar Petabayt Çağının çocukları.

Petabayt Çağı farklı çünkü daha fazlası farklı. Kilobaytlar disketlerde saklanırdı. Megabaytlar ise sabit disklerde. Terabaytlar disk dizilerinde saklandı. Petabaytlar ise bulutta saklanıyor. İlerleme boyunca hareket ettiğimizde, klasör analojisinden dosya dolapları analojisine oradan da kütüphaneye gittik. Petabaytlara geldiğimizde ise örgütsel analojilerimiz tükendi.

Petabayt boyutunda, bilgi üç ya da dört boyutlu bir sınıflandırılmış hiyerarşinin konusu değildir.  Boyutsal olarak bilinemez bir istatistik yapı sergiler. Bu tamamen farklı bir yaklaşımı gerekli kılar, bilginin bütünlüğünü tahayyül edebilen bir bilgi sınırının kaybını bizden talep eder. Bizleri veriyi matematiksel olarak öncelemek ve bağlamını daha sonra oluşturmaya zorlar. Örneğin, Google reklam dünyasını uygulamalı matematikten başka bir şey yapmayarak fethetti. Google bunu yaparken reklamcılığın gelenekleri ve kültürüyle alakalı bir şey biliyormuş gibi davranmadı. Sadece daha iyi verinin, daha iyi analiz araçlarıyla günün galibi olacağını varsaydı. Ve Google haklıydı.

Okumaya devam et

HÜCRESEL HESAPLAMA

Mike GENE

Shapiro daha önce genom ve sistem mimarisi üzerindeki çalışmadan sonra (ismini tıklanırsa söz konusu çalışmaya ilgili diğer bir makaleye ulaşılabilinir) genomun hücrenin geri kalanıyla etkileşime girip hesaplamaları yerine getirmesi konusuna dikkatini vermiş gözüküyor. Bunu yaparken alışagelmiş lac operonun örneğini kullanarak birkaç genel kaideyi ortaya koymakta;

  • Zayıf etkileşimler, kendine has bağlama (binding)  ve işbirliği hücredeki moleküler hesaplamaların temel birimleridir.
  • DNA’daki ve proteinlerdeki tekrarlamalar, kendine has bölgesel işlemlerin temel devre elemanları vasıtasıyla ortaya çıkması anlamına gelir. (DNA’daki karmaşık düzenleyici bölgeler, protein etki alanları arasındaki iç ve moleküller arası etkileşimler ).
  • Bir mesaj molekülünün farklı bir mesaj molekülü üzerine bağlanması, farklı moleküllerin iletişimlerini ve işlem kabiliyetlerini devralması, hücresel ağ düğümlerinin karmaşık mikro işlemciler gibi davranmasını sağlar. (allostery)
  • Belirsiz ve zayıf etkileşimler bütünleşik hücresel tepkilerin genel keskinliğini sağlar. (hücreler belirsiz (fuzzy) mantık ilkeleri ile işlerler. Zadeh 1975) .

Okumaya devam et

BİR ORGANİZMA OLARAK KÜRESEL EKONOMİNİN EVRİMİ ve METAFİZİKSEL MUTASYONUMUZ OLARAK KRİZ

Mustafa Ajlan ABUDAK

Son zamanlarda küresel ekonomik kriz ile ilgili oldukça fazla şey okuyup, görsel medyada da birçok tartışmayı dinledim. Bu yazımla biraz farklı bir bakış acısı sunmak ve kendimce bir düşünce egzersizi yapmak istedim. Küresel ekonomik kriz ile ilgili şeyler zihnimde biriktikçe, resmin genelini daha iyi görmeye başladım. Özellikle kavramlar arasında bağlar kurduğumda her şey daha bir netleşti. Belki de sadece benim için netleşmişte olabilir… Neydi bu bağlar? Nasıl kurulmuşlardı? Resmin kendisine dair neler anlatıyorlardı? Bir kelebeğin kanat çırpışları mı deriz artık yoksa bir filin ölümümü bilemiyorum. Bildiğim tek şey iktisadi yaşam alanının bundan oldukça etkilendiği.

Kriz , çok öncelere dayanan ve hasıraltı edilen etmenlerin, birden ortaya çıkması gibi görünmektedir. Büyüyen tümör sistemi çökertti. Bunun için kriz Reagan dönemi popülist politikalarla doğdu demek kanımca hiçte yanlış bir tanımlama olmaz. Elbette baba Bush’un klasik ekonomiyi (petrole ve enerjisine dayalı ekonomi) sürekli bir şekilde desteklenmesiyle üretim-tüketim dengesi bilinçli bir şekilde klasik kalıplar içersinde tutulmaya çalışıldı. Tüm sistem petro-kimyaya dayalı iken ve bunun için uzun vadeli yatırımlar yapılmışken, bu durum en akılcı yaklaşım gibi görünmekteydi. Kimse ARPA net’in bir gün şuan ki internet olabileceğini düşündüğünü sanmıyorum. Klasik kapitalist iktisadi sistem (Kapitalizmi ekonomik Darwinizm diye de adlandırırım.) internetin bir fenomen olarak ortaya çıktığı 90’lara kadar oldukça iyi idare etti. Hatta piyasalardaki büyümeler o denli hızlı bir şekilde gerçekleşti ki serbest piyasa ekonomisinde altın yıllar yaşandı.  Peki, 90’lardan sonra ne oldu?

KÜRESEL EKONOMİ 2.0

Gezegenimizin gördüğü en büyük küresel ve sosyal devrim yaşanmaya başladı; İnternet…

Canlılar dünyasınında bu devrimin benzeri Kambriyen çağda yaşanmıştı. Bilgi, kökeni aynı ama içeriği farklı ve karmaşık birçok yeni form üretmişti. (Novel form) Bilginin yeniden bavulunu açması için bu sefer epey uzun zaman geçmesi gerekmiş gibi görünüyor. İnternetle bilinen tüm ekonomik koşullar yeniden tanımlanmaya başlandı. Klasik altyapı daha önce hiç olmadığı kadar hızlı bir şekilde değiştirmeye ve dönüşmeye başladı. Artık bu hızlı değişim Adam Smith’in piyasa ekonomisi söyleminin açıklayamayacağı ve nedenselleştiremeyeceği bir ” yeni ekonomiyi ”ortaya çıkaracaktı. Buna bilgi ekonomisi adı verildi. Bilgi ekonomisinin ilk çocukları olan Microsoft ve Apple gibi şirketler ” temelde bilgi üreterek” klasik ekonominin elde ettiği üretim sürecinden çok daha hızlı bir şekilde değer üretip, kar elde edip, bunu daha hızlı ve etkin bir şekilde pazarlayabiliyorlardı. Artık üretilen tüm analog değerler sayısallaşarak yeryüzünde aynı anda ve her yerde olabilen bir ekonomik değer oluşturabiliyorlardı.

Daha sonra arama motorları Yahoo ve Google’lında (Hücre içindeki RNA ya benzer görev üstlendiler.) katılımıyla bilgi inanılmaz bir şekilde küre-i arzda üretilmeye, dolaşmaya, el değiştirmeye, dönüşmeye ve en önemlisi gelişmeye başladı. Bilgi sürekli farklı çevrelerde, farklı toplumlarda ve farklı süreçler içinde işleniyordu. Bu sürecin ilk yıllarında fark edilemeyense ”bilginin” gerçek bir ticari metaya dönüşmesi süreciydi. Bu o denli hızlı ve etkin bir süreçti ki, borsalar yeni ekonomiyi olağanüstü bir coşkuyla karşıladılar. ”.com ” uzantılı siteler artık şirketlerin yeni kurumsal kimliğiydi. Dünyaya açılan yeni limanlarıydı… Bilgi üreten ve satan şirketler birden dünyanın en büyükleri ve en değerli şirketleri, sahipleri de dünyanın en zengin iş adamları oluverdiler.

Okumaya devam et

D.N.A VE İLERİ DÜZEY BİLGİSAYARLAR

Paul Elias

Çeviren; Mustafa Ajlan Abudak

San Francisco-Neredeyse doğru olamayacak kadar inanılmaz geliyor fakat çığ gibi büyümekte olan araştırmalar D.N.A ‘nın yani hayatın yapıtaşının, şaşırtıcı bir şekilde yeni nesil ileri düzey bilgisayarların temeli oluşturabileceğini desteklemekte. Eğer bu olursa, devrim belkide Güney Kaliforniya Üniversitesi bilim adamı Leonardo Adelman yatağında yatarken James Watson’un “Genin Moleküler Biyolojisi” adlı kitabı okuduğu on yıl öncesindeki geceye kadar gidebilir.

” Bu müthiş bir şey” demişti karısına Adelman ve sonra bulanık bir kanı onun uykusunu kaçırdı. İnsan hücreleri ve bilgisayarlar bilgiyi hemen aynı şekilde işliyor ve saklıyor. Bilgisayarlar bilgiyi 0 ve 1 dizgilerinde saklarken, yaşayan canlılar bilgiyi A,T,C,G ile simgelenen moleküllerde saklıyor. Adelman yatağından fırladığında fark ettiği daha pek çok ilgi çekici benzerlikler vardı. D.N.A bilgisayarlarının temelleri için taslaklar yapmaya başladı. O gecenin geç saatlerinde yapılan karalamalar, bu zor bilime bir yol açmıştı bile, böylece NASA, Pentagon ve diğer federal kurumlardan gelen yardımlarla desteklenen bir alan oluverdi.

Şimdi Dünyanın her yanında birçok araştırmacı ince yaşam-temelli bilgisayarları hayatın kendi güçlerinden yaralanmayı umarak yapıyorlar. Bu bilim adamları yapıtlarına “makineler” ve aletler adını veriyorlar. Gerçektende bu makineler D.N.A dolu su tüplerinden başka bir şey olmasa da, bu sıvı algoritmik verileri kırarak bilgiyi dışarı iletiyor. Bugün D.N.A bilgisayarlarınca çözülmüş olan problemler en temel ve basit olanlarıdır. Çocuklar bir kalem veya kâğıt yoluyla cevapları daha çabuk bulabilirler. Fakat araştırmalar bu incecik bilgisayarların bir gün insanlara enjekte edilerek virüsleri etkisiz kılacağını, kötüye giden iyi hücreleri onaracağını ve bizleri hastalıklara karşı farklı şekilde sağıklı kılmaya yardımcı olacaklarını umut etmekteler. Hatta araştırmacılar genetik materyalin kendini yeniden kopyalayabildiğini ve çok güçlü işlemciler içersinde büyüyebileceği fikrinin peşindeler. Böylece silikon tabanlı bilgisayarın çözebilmesi için çok karmaşık olan problemleri çözebilecekleri düşüncesindeler. Sonuç olarak, bilim adamları, kendilerini idare edebilecek örneğin, derin uzay yolculuklarında mürettebatın sağlığının korunması ve kontrolünde kullan anılabilecek D.N.A bilgisayarları yapma amacındadırlar.

Okumaya devam et