EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

İMTİYAZLI GEZEGEN

Mustafa Ajlan ABUDAK

İmtiyazlı Gezegen belgeselini bundan yaklaşık 5 sene önce İstanbul’dan şahsıma gelen teklif üzerine çevirdim. Belgeseli 4 sene önce oldukça güzel bir şekilde çeviriyi gözden geçirip yayına koymuşlar. Bu harika belgeselin konusu ne? İmtiyazlı Gezegen kitabı hakemli dergilerde yayınlanmış araştırma verileriyle ve  astro-fizik dünyasından aldığı geniş kabulle, dünyamızın nasıl olup da Güneş Sisteminde ve hatta Samanyolu’nda ayrıcalıklı bir yere sahip olduğunu ortaya koyuyordu. Salt determinist paradigmalara göre; Dünya, Güneş sistemi ve tüm hayat alelade bir konumdaydı. Konumumuz herhangi bir ayrıcalık taşımıyordu.Buna Kopernik Prensi adını verdiler.

Samanyolu’nda ve Güneş sisteminde, Güneş sisteminin Samanyolu’nda ki mevkisinde bir ayrıcalık olması son derece saçma bir görüştü. Ve… bu kitap ve yapımdan sonra saçma olan görüş diğer hakim görüşü yerinden etmiş oldu. Bunu gene bilimin bize sağladığı verilerle gerçekleştirdi. Tüm bu veriler gezegenimizin ve Güneş sistemimizin son derece imtiyazlı konumlara sahip oldukları ve tüm bu değerlerin canlılık için gerekli değerleri de kapsadığını gösterdi. Hatta daha da ileri giderek toplamda tüm bu imtiyazlı değerlerin ”bilimsel keşfin akıllı canlılar tarafından yapılması‘‘ için gerekli olan tüm koşulları da içerdiğini kanıtladı.

İlk çeviri metnim ve ilgili makalem:

https://akillitasarim.wordpress.com/2008/09/01/imtiyazli-gezegen-belgeseli-tam-metni/

http://vimeo.com/4115328

EVRİM KARŞITLARINA DERSLER: ARA FORM BULUNDU

Çizim: Radikal Gazetesi

Habere geçmeden önce Darwin’in evrim teorisinin evrim kelimesindeki kastedilen anlam, bizim bugün kullandığımız evrim evolution Latince evolvere-volvere kelimesinden türeyen anlam kesinlikle değildir. Evrim kelimesinin anlamı ‘açılmak, serilmek, ilerlemek, gelişmek’ gibi anlamlar içerir ve genelde bu kavramları içeren olay ve olgular için kullanılır. Bu haberde de açıkça bu şekile kullanılmış, ilkelden daha gelişmiş yapıya doğru açık bir ” ilerleme ” den bahsediliyor. Evrim teleolojik anlayışa göre ilerleme ve gelişmedir. Darwin evrimi ise bu tip bir kullanıma yani basitten karmaşığa tedrici bir ilerlemeyi öngörmez. Bu açıklamaya baştan karşı çıkar. Darwin tüm evrimi rastlantının kutlu doğasının doğal seçilim sayesinde ortaya çıkardığı sonuçlar olarak görür. (Temel nedeni ” ilerleme ve gelişmenin” teleoloji-teolojiye kapı açması ve bu yapıların telenomi ile naturalist ideoloji ile açıklanamaması) Organizmanın bir amacı varsa bile o sadece hayatta kalma olabilir. Buda zorunlu olarak daha gelişmiş, daha üst taksonomik bir yapı inşa etmez. Zaten hayat ağacı metaforu, Lamarck’tan aldığı teolojik bir metafordur. Kısaca Darwinci Evrim daha düşük canlılardan daha yüksek olanlara doğru bir ilerleme değildir ve zorunlu olarak karmaşıklığın yükselmesi ile sonuçlanmazBir popülasyon daha basit bir forma, daha küçük bir genoma doğruda evirilebilir fakat tersine evrim yanlış bir kullanımdır. 1-2

  1. ^“Is the human race evolving or devolving?”Scientific American. July 20, 1998. see also biological devolution.
  1. ^ Moran, Nancy A. (2002). “Microbial MinimalismGenome Reduction in Bacterial Pathogens”. Cell 108 (5): 583–6.

Şimdi habere geçmeden iki makalemin okunması faydalı olur diye düşünüyorum.

https://akillitasarim.wordpress.com/2012/08/04/evrim-bilgisizlik-ve-hurafeler/

https://akillitasarim.wordpress.com/neden-teleolojik-evrim/

Radikal Gazetesi haber metni;

Güney Afrika’da bulunan ve insan türünün muhtemelen atalarından birine ait kemikler üzerinden tasarlanan en bütünlüklü model insan ve maymunlara dair özellikleri birlikte barındırıyor.
Daha önce bilinmeyen insan benzeri bir türe ait iki milyon yıllık kemik kalıntıları 2008 yılında Johannesburg yakınlarında bulunmuştu.

Yeni değerlendirmeler, Australopithecus sediba (Au. sediba) adlı bu türün, insanlarınki gibi leğen kemiği, el ve dişleri ve şempanzeninkine benzer ayakları olduğunu ortaya koyuyor. MH1 olarak anılan gençlik çağındaki erkek iskeleti, MH2 olarak bilinen kadın iskeleti ve MH4 olarak bilinen kaval kemiği anatomisi ile ilgili altı ayrı araştırma raporu yayımlandı.

Bulgular Science adlı dergide yayımlandı.

Kemikler, Johannesburg’un kuzeydoğusundaki İnsanlığın Beşiği Dünya Mirası alanında bulundu. İskeletlerin, erozyonla çatısı çöken bir mağaranın zemininde bulunduğu belirtiliyor. Bilim adamları, kadın ve erkek iskeletlerinin anne ve çocuğa ait olabileceğini söylüyor. Trajik bir kaza sonucu mağaraya düşerek öldükleri ya da arada sıkıştıkları tahmin ediliyor.  Ölümden sonra cesetlerin bir havuzda yıkandığı ve iskeletlerin başka hayvanların iskeletleriyle birlikte betonlaştığı belirtiliyor. Çukurda, bazı kedi türlerine, sırtlanlara, antiloplara, kuşlara ve farelere ait kemikler de bulunuyor. Malapa’daki bu bireyler, australopithesin olarak bilinen, dik yürüyen, insana benzeyen türe ait olarak değerlendiriyorlar. Bu türün, Afrika’da 4 milyon yıldan iki milyon yıla kadar olan dönemde yürüdükleri biliniyor.

Au. sediba’nın bacak anatomisi konusunda antropolog Jeremy DeSilva tarafından yapılan analizde, bu türün kendilerine has bir şekilde yürüdüğü sonucuna varıldı. Bu türün küçük topuklarının insandan çok şempanzeye benzediği, bu nedenle de içe doğru bir açıyla yürüdüğü ve ayaklarının kısmen bükülmüş şekilde yürüdüğü belirtiliyor. Bu anatomi ve ilkel yürüme biçimi, bu türe hem dik yürüme, hem de ağaçlara tırmanmak için uygun özellikler sağlıyor. Araştırmacılar, Au. sediba’nın diğer australopithesinlere oranla, ağaçlara tırmanmaya daha elverişli bir anatomiye sahip olduğunu da belirtiyor.

Okumaya devam et

HÜCRE İÇİNDE DNA’DAN ELDE EDİLMİŞ BİR TRANSİSTÖR

 

BİYOLOJİK BİLGİSAYARA DOĞRU..YOKSA ZATEN ORADA MI?

 Shaunacy FERRO

Çev. Mustafa Ajlan ABUDAK

Eğer mantıksal işlemleri hesaplaya biliyorsa, veri depoluyor ve bilgiyi aktarıyorsa hemen her şey bir bilgisayar olabilir, hatta canlı hücre bile. Stanford Üniversitesinden bir takım hücreleri çalışan bilgisayarlara dönüştürmek için gerekli olan nihai süreçlerden birini başarı ile gerçekleştirmiş. Transkriptör adını verdikleri, mantıksal işlemlere cevap veren elektronlar yerine DNA ve RNA’yı kullanan biyolojik transistör meydana getirdiler.

Biyolojik mühendislik yardımcı doçenti Drew Endy daha önce biyolojik bilişime hayati bir katkıda bulunmuştu. Geçen sene laboratuvarı biyolojik internet adı verilen, DNA için genetik bilgiyi hücreler arasında aktaran ve aynı zamanda yeniden yazılabilir veri depolama sistemi geliştirdi.

Biyokimyasal bilgiden doğru- yanlış cevaplarını hesaplayabilen mantık kapılarına sahip bir sistem inşa etmek biyolojik bilgisayar oluşturmadaki üçüncü parçadır. Çalışma detaylıca Science çevrim içindedir.

Bir kablo boyunca elektronları düzenlemek yerine, transkriptör DNA boyunca RNA polimeraz akışını (RNA üreten enzim) kontrol eder. Çok çeşitli organizmalarda işlev görebilecek bir biyolojik bilgisayar oluşturmak için, araştırmacılar hayvanlarda, bitkilerde, bakteriler ve mantarlarda işleyen bir enzim kullandılar. Tıpkı elektirik sinyallerini çoğaltarak onların daha uzağa gitmesine olanak sağlayan transistör gibi, transkriptör genetik mantığı çoğaltabilir, enzim etkiliğinde küçük değişimlere izin ederek, gen ifadesinde daha büyük değişimleri tetikler.

Okumaya devam et

BAZI BİLİM İNSANLARI ‘ÇÖP DNA’ YA SALDIRDI

Encode bulgularını destekleyen Dr Ewan Birney  Fotoğraf: Antonio Zazueta Olmos/Antonio Olmos

Robin McKie 24 Şubat 2013

Çeviren: Mustafa Ajlan Abudak

BAZI BİLİM İNSANLARI ”ÇÖP DNA”NIN HAYAT İÇİN ZARURİ OLDUĞU İDDİASINA SALDIRDI

2012’nin bilimsel süprizi buydu. Araştırmacılar daha önce “çöp” diye nitelendirilen fakat aslında vücutlarımızın çalışmasında gerekli olan insan DNA’sının uzun kısımlarını bulmuşlardı. Hücrelerimizin sadece birkaç gen tarafından kontrol edildiği varsayımı yanlıştı.

İnsan genomunu araştıran uluslararası kurum olan Encode projesindeki bilim insanları DNA’mızın büyük kısmının işlevi olduğunu savunuyordu.

Fakat bu fikir, şimdilerde Encode’dun “absürd” fikirlerinin evrimsel biyoloji hakkında hiçbir şey bilmeyenlerin çalışması olduğunu söyleyen diğer bilim insanları tarafından şaşılacak derecede iğneleyici saldırıların hedefi durumunda.

“Çöp DNA’nın ölümü ile ilgili haberler oldukça abartılmış ” diye ısrar etmekteler.

Bilim insnalarını bölen tartışma temel olarak soruların en temlinden kaynaklı – DNA büyük kısmı amaçtan yoksun mu ya da bu kısım hücrelerimiz içinde etkin bir rol oynuyor mu? Tartışma Genom Biyolojisi ve Evrim adlı yayında yer alan çarpıcı bir dile sahip eleştiri ile tetiklendi.

Encode iddialarının hepsi yanlıştır. Başlangıç olarak söylemek gerekirse, istatistikleri korkunç ” makalenin ana yazarı Profesör Dan Graur,Houston Üniversitesi, Texas, Observerer şu açıklamaları

 Bu bilim insanlarının çalışması değil. Bu berbat şekilde eğitilmiş bir grup teknisyenin çalışması.

Çalışmaları Nature,Science, Genom Biyolojisi ve diğer bilim dergilerinde 30 dan fazla makale ile geçen Eylül yayınlanmış Encode bilim insanları eleştirileri red etmekteler.

 Cambridge yakınlarındaki Avrupa Bioinformatik Enstitüsün’den 5 yıllık araştırmanın müdürü Dr Ewan Birney:

 Bize karşı gerçekleştirilen saldırıların doğası oldukça haksız ve yakışıksız, çalışmamız hastalık duyarlılığını anlamakta çok önemli bir role sahip.

2000 yılında insan genomu dizildiğinde, sadece 26,000 gen protein yapımında ve büyüme kontrolünü yönetiyor gözüküyordu, ve DNA’mızın %98’i silinmişti.

Okumaya devam et

SIRADA 4D ÇIKTI MI VAR?

 JENNIFER 8. LEE 26 Şubat, 2013 Bits- New York Times

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

 Bugünlerde 3D yazıcıların vaatleri ulusal gündemimize oturmuş bulunmakta, araştırmacılar 4D çıktısı ile bahisleri artırmak istiyor. Hayır, bu yazıcılar hiperküpler filan oluşturmayacak. Bunun yerine, bilim insanları “dördüncü boyutu ”zamanın temsil ettiğini-tıpkı matematikçi Hermann Minkowski‘nin 20. yy başlarında uzay-zaman tanımladığı gibi- iddia ediyorlar. 4D yapılar ilk olarak 3d yazıcılardan elde edilir fakat daha sonra aktivasyon enerjisi verildiğinde değişim geçirirler.

  Stratasys, adlı İsrailli bir 3D baskı şirketiyle ortaklaşa proje yürüten M.I.T. araştırmacısı Skylar Tibbits‘in açıkladığı üzere:

 Bu çıktı almada tamamıyle yeni bir fikir, durağan nesneler yerine, başka şeylere dönüşen şeyler yazdırmaktasınız.

Tibbits’sin araştırmaları oyuncaktan mobilyaya değin uzanan kendi kendine birleşme teknolojileri üzerine odaklanmış durumda.

Araştırması geçen salı günü Long Beach Kaliforniya’da gerçekleşen TED konferansında kendi kendine katlanan origami sunumuyla tanıtıldı.

Bu yapılar dönüşebilmek için dış bir enerji kaynağına ihtiyaç duyar. Halihazırda, Tibbits ve Stratsys şirketinin geliştirdiği erken prototipler bu enerjiyi sağlamak için su kullanıyorlar. Kendi kendine katlanan yapılar ilk olarak iki ana materyalin karışımından- su içerisinde kendi hacminin iki katına çıkabilen sentetik polimer, ve suyun içinde katı kalabilen diğer bir polimer- den elde edilen lifler vasıtasıyla basılıyor. İki materyalin belirli bir tasarım ile dikkatlice birleştirilmesi sonucu, suyu emen maddenin genişlemesi, bağlantı noktalarını harekete geçirir, bu sayede daha önceden belirlenmiş geometrik dönüşüm yaratılır. (çeviren notu – sanki DNA’yı açıklıyor.)

Okumaya devam et

ÖNGÖRÜLEBİLİR EVRİM MUTASYONLARIN RASTLANTISALLIĞINA KARŞI

zafer kazanır…

Lucas Laursen and Nature magazine
Çeviren Mustafa Ajlan Abudak

Escherichia coli gibi bakteriler değişen bir çevreye uyum göstermek için öngörülebilir mutasyonlar elde edebilmekte.

Her ne kadar evrimin sürücüsü olan mutasyonlar rastlantısal olarak oluşsa da, Escherichia coli adlı bakteri üzerine yapılan bir çalışma doğanın sıklıkla aynı problem için aynı çözümü defalarca kez bulduğunu göstermekte. Zamanla, rastlantısal mutasyonlar organizmalara uyum sağlama ve çeşitlenme olanağı sunsa da, sıklıkla aynı türün coğrafi olarak ayrı kalmış grupları, kendi yerel çevrelerine daha iyi bir uyum sergiler ve diğer grubun üyelerine daha az benzer.

Fakat bu genetik çeşitliliğin meydana gelebilmesi için yegane yol değildir. Araştırmacılar aynı yerde yaşamalarına rağmen, mücevher balıkları, palmiyeler ve ispinozlarda farklı ekolojik özelliklere uyum göstererek farklı türlere ayrıldıklarını rapor etmiştir.

2008’de  Vancouver’da bulunan İngiliz Kolombiya Üniversitesi (UBC) evrimsel biyoloğu Michael Doebeli ve çalışma arkadaşları E.colibacteria’ların aynı test tüpünü paylaşmalarına rağmen türleşebildiklerini rapor etmişti.

Bu çalışmada, bakterinin homojen bir popülasyonunu biri kolaylıkla hazmedilebilen glukoz ve daha zor hazmedilen asetat ile beslediler, ve bakteriyi beslenmeye bıraktılar. E.coli her iki gıda arasında geçiş yapabilir, fakat takım her test tüpünde glukoz yada asetat ile beslenmede uzmanlaşmış iki ayrı grubun ortaya çıktığını buldu. Bilmedikleri şey ise, bu grupların hangi genetik patikayı izleyip kendi özelleşmelerini başardıklarıydı.

Evrimi Haritalandırmak

Biyoloji Biliminin Halk Kütüphanesi adlı yayında bugün yayımlanan yeni bir çalışmada, Doebeli ve UBC’deki çalışma arkadaşı Matthew Herron, dondurulmuş 3 test tüpündeki örnekleri incelemeye döndü ve deneyin çeşitli safhalarından elde edilmiş 17 gen örneğini dizilimini incelediler.  DNA, bazı durumlarda her üç test tüpünde de bağımsız olarak, mutasyonların rastlantısal doğasına rağmen, benzer mutasyonlar gösterdi. Çevredeki aynı değişiklikler aynı genetik çözümleri kayırmıştı.

Okumaya devam et