EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

Reklamlar

SIRADA 4D ÇIKTI MI VAR?

 JENNIFER 8. LEE 26 Şubat, 2013 Bits- New York Times

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

 Bugünlerde 3D yazıcıların vaatleri ulusal gündemimize oturmuş bulunmakta, araştırmacılar 4D çıktısı ile bahisleri artırmak istiyor. Hayır, bu yazıcılar hiperküpler filan oluşturmayacak. Bunun yerine, bilim insanları “dördüncü boyutu ”zamanın temsil ettiğini-tıpkı matematikçi Hermann Minkowski‘nin 20. yy başlarında uzay-zaman tanımladığı gibi- iddia ediyorlar. 4D yapılar ilk olarak 3d yazıcılardan elde edilir fakat daha sonra aktivasyon enerjisi verildiğinde değişim geçirirler.

  Stratasys, adlı İsrailli bir 3D baskı şirketiyle ortaklaşa proje yürüten M.I.T. araştırmacısı Skylar Tibbits‘in açıkladığı üzere:

 Bu çıktı almada tamamıyle yeni bir fikir, durağan nesneler yerine, başka şeylere dönüşen şeyler yazdırmaktasınız.

Tibbits’sin araştırmaları oyuncaktan mobilyaya değin uzanan kendi kendine birleşme teknolojileri üzerine odaklanmış durumda.

Araştırması geçen salı günü Long Beach Kaliforniya’da gerçekleşen TED konferansında kendi kendine katlanan origami sunumuyla tanıtıldı.

Bu yapılar dönüşebilmek için dış bir enerji kaynağına ihtiyaç duyar. Halihazırda, Tibbits ve Stratsys şirketinin geliştirdiği erken prototipler bu enerjiyi sağlamak için su kullanıyorlar. Kendi kendine katlanan yapılar ilk olarak iki ana materyalin karışımından- su içerisinde kendi hacminin iki katına çıkabilen sentetik polimer, ve suyun içinde katı kalabilen diğer bir polimer- den elde edilen lifler vasıtasıyla basılıyor. İki materyalin belirli bir tasarım ile dikkatlice birleştirilmesi sonucu, suyu emen maddenin genişlemesi, bağlantı noktalarını harekete geçirir, bu sayede daha önceden belirlenmiş geometrik dönüşüm yaratılır. (çeviren notu – sanki DNA’yı açıklıyor.)

Okumaya devam et

ÖNGÖRÜLEBİLİR EVRİM MUTASYONLARIN RASTLANTISALLIĞINA KARŞI

zafer kazanır…

Lucas Laursen and Nature magazine
Çeviren Mustafa Ajlan Abudak

Escherichia coli gibi bakteriler değişen bir çevreye uyum göstermek için öngörülebilir mutasyonlar elde edebilmekte.

Her ne kadar evrimin sürücüsü olan mutasyonlar rastlantısal olarak oluşsa da, Escherichia coli adlı bakteri üzerine yapılan bir çalışma doğanın sıklıkla aynı problem için aynı çözümü defalarca kez bulduğunu göstermekte. Zamanla, rastlantısal mutasyonlar organizmalara uyum sağlama ve çeşitlenme olanağı sunsa da, sıklıkla aynı türün coğrafi olarak ayrı kalmış grupları, kendi yerel çevrelerine daha iyi bir uyum sergiler ve diğer grubun üyelerine daha az benzer.

Fakat bu genetik çeşitliliğin meydana gelebilmesi için yegane yol değildir. Araştırmacılar aynı yerde yaşamalarına rağmen, mücevher balıkları, palmiyeler ve ispinozlarda farklı ekolojik özelliklere uyum göstererek farklı türlere ayrıldıklarını rapor etmiştir.

2008’de  Vancouver’da bulunan İngiliz Kolombiya Üniversitesi (UBC) evrimsel biyoloğu Michael Doebeli ve çalışma arkadaşları E.colibacteria’ların aynı test tüpünü paylaşmalarına rağmen türleşebildiklerini rapor etmişti.

Bu çalışmada, bakterinin homojen bir popülasyonunu biri kolaylıkla hazmedilebilen glukoz ve daha zor hazmedilen asetat ile beslediler, ve bakteriyi beslenmeye bıraktılar. E.coli her iki gıda arasında geçiş yapabilir, fakat takım her test tüpünde glukoz yada asetat ile beslenmede uzmanlaşmış iki ayrı grubun ortaya çıktığını buldu. Bilmedikleri şey ise, bu grupların hangi genetik patikayı izleyip kendi özelleşmelerini başardıklarıydı.

Evrimi Haritalandırmak

Biyoloji Biliminin Halk Kütüphanesi adlı yayında bugün yayımlanan yeni bir çalışmada, Doebeli ve UBC’deki çalışma arkadaşı Matthew Herron, dondurulmuş 3 test tüpündeki örnekleri incelemeye döndü ve deneyin çeşitli safhalarından elde edilmiş 17 gen örneğini dizilimini incelediler.  DNA, bazı durumlarda her üç test tüpünde de bağımsız olarak, mutasyonların rastlantısal doğasına rağmen, benzer mutasyonlar gösterdi. Çevredeki aynı değişiklikler aynı genetik çözümleri kayırmıştı.

Okumaya devam et

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

500 MİLYON YILLIK GEN VE TERSİNE MÜHENDİSLİK

Teleolojik evrim moleküler biyoloji alanındaki gelişmelerle artık kendini apaçık göstermeye başladı. Craig Venter’in çalışmalarında sonra yeni bir haber daha teleolojik evrimim neden olası açıklamalar arasında evrimi en iyi şekilde anlamamızı sağlayan olduğunu ortaya koyacak gibi gözüküyor. Kaynak makaleden ayrı olarak önemli yerlerin vurgulanması bana aittir.

Bilim insanları, “paleo-deneysel evrim” adı verilen bir yöntem kullanarak, 500 milyon yıllık bir bakteriden alınan geni, canlı bir bakteriye aktardı.

NTVMSNBC  01 Ağustos. 2012 Çarşamba

ABD’nin Georgia Tech Üniversitesi’nde gerçekleştirilen deneyde, bilim insanları yüz milyonlarca yıl öncesine ait ‘antik genleri’ bir bakteri fosilinden alarak Escherichia Coli (E.Coli) bakterisine aktarmayı başardı. Yapılan deneyle, bin nesildir hayatta olan bakterinin milyonlarca yıldır süren evrimi daha kolay bir şekilde gözlemlenebilecek.

Georgia Tech’in NASA (ABD Ulusal Havacılık ve Uzay Dairesi) Ribozomal Orijinler ve Evrim Merkezi’nde görevli olan moleküler biyoloji uzmanı Betül Kaçar,

“Bu deney sayesinde evrim ve moleküler biyoloji hakkında uzun süredir cevaplanamayan soruların karşılık bulacağına inanıyoruz… Bunlar arasında, organizmanın geçmişinin, geleceğini ne kadar kısıtladığı ve evrimin gelecekte birçok soruya cevap verdiği, belirgin bir noktaya ulaşıp ulaşmadığı var” dedi.

Kaçar,

“E. Coli deneyi, hayatın moleküler bir kaset gibi nasıl tekrardan yaşandığı konusunda elde edebileceğimiz en detaylı bilgileri sunacak…Antik bir geni modern bir canlı üzerinde nasıl evrim geçirdiğini gözlemleme şansı, evrim sürecinin kendisini tekrar mı ettiğini yoksa belli bir yola mı yöneldiğini anlamamızı sağlayacak” ifadesini kullandı.

Okumaya devam et

MOLEKÜLER MAKİNELER NEYİ ANLATIYOR?

Hücrelerimizin içinde şuanda yaşanılan süreçlere tanık olabilirsiniz. Tüm bu büyücü işi makinelerin birer ” amacının ” olduğunu da görebilirsiniz. İngilizce bilmeniz, anlatılanları duyup anlamanız da çok gerekli değil. Bilseniz çok daha iyi olur tabi. Fakat bazen var olsa da işe yaramayabilir bilgi.  Ya da göremeyeceğiniz tek şey belki de görmek istemedikleriniz olur bazen.. Kim bilir?

BİR BAŞKA DAWKINS YALANI: GENETİK KODUN EVRENSELLİĞİ

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

En azından en son yayınladığı Kör Saatçi’den   (1986) beri, Richard Dawkins genetik kodun yeryüzündeki tüm canlılarda ortak olduğunu iddia etmektedir. Bu, Dawkins’in yazdığına göre Darwin’in evrensel hayat ağacının temellerini oluşturan gezegendeki her canlının ‘ortak bir atadan geldiğinin ’ ( 1986, sayfa 270) neredeyse kesin bir kanıtıdır.

Daha güncel olarak, Dawkins bu iddiasını 2009’da yayınladığı en iyi satan listelerine girmiş kitabı Yeryüzündeki En Büyük Gösteri’de tekrarlamıştır. ( s. 409) :

… Genetik kod evrenseldir, tüm hayvanlarda, bitkilerde, mantarlarda, bakterilerde, virüsler de benzerdir. 64 harfli sözlükten oluşan,  üç harfli DNA’nın  20 amino aside tercüme edildiği ve ‘burada başla’ ‘burada bitir’ anlamına gelen bir noktalama işaretinin kullanıldığı, yaşam krallığının neresine bakarsanız bakın aynı 64 harfli sözlüğü görebileceğiniz  yegane kod. ( bu genellemeyi bozmayacak birkaç çok küçük istisna dışında)

Bu son vurgulanan istisna kısmına geleceğiz ama daha önce Dawkins’in genetik kodun neden evrensel olduğunu düşündüğüne bir göz atalım.

Sebep ilginçtir. Genetik koddaki herhangi bir mutasyon (içerdiği genlerdeki mutasyonlara kıyasla) sadece bir yerde değil tüm organizmada ani yıkıcı etkilere sahip olabilir. Eğer bu 64 harfli sözlükteki herhangi bir kelimenin anlamı değiştirilecek olursa, bu değişen harf farklı bir amino asit üretecek, buda vücuttaki tüm proteinlerin değişmesi anlamına gelecektir. Sıradan bir mutasyondan farklı olarak bu bir felaketi ifade eder. (2009, s. 409-10)

Şimdi de Dawkins iddiasındaki evrenselliği ve kod niçin evrensel olmalı argümanını akılda tutun ve daha sonra buraya bir göz atın;

The Genetic  Codes

Basit bir sayma sorusu: ‘bir ya da iki’ 17’ye eşit midir? Bu sayı bilinen değişik genetik kodların sayısı olarak Ulusal Biyoteknoloji Veri Merkezince (NCBI) derlenmiştir. Herhangi bir ölçüme göre, Dawkins elde edilen sayının onda birine bile yaklaşamamış durumdadır.

‘Bir ya da iki’ bu yüzden bir yalan, sadece doğru değil demek ‘

‘Bir, İki, ya da On yedi, Kimin umurunda- Bunlar sadece küçük farklar! ‘

Okumaya devam et