EVRİM KARŞITLARINA DERSLER: ARA FORM BULUNDU

Çizim: Radikal Gazetesi

Habere geçmeden önce Darwin’in evrim teorisinin evrim kelimesindeki kastedilen anlam, bizim bugün kullandığımız evrim evolution Latince evolvere-volvere kelimesinden türeyen anlam kesinlikle değildir. Evrim kelimesinin anlamı ‘açılmak, serilmek, ilerlemek, gelişmek’ gibi anlamlar içerir ve genelde bu kavramları içeren olay ve olgular için kullanılır. Bu haberde de açıkça bu şekile kullanılmış, ilkelden daha gelişmiş yapıya doğru açık bir ” ilerleme ” den bahsediliyor. Evrim teleolojik anlayışa göre ilerleme ve gelişmedir. Darwin evrimi ise bu tip bir kullanıma yani basitten karmaşığa tedrici bir ilerlemeyi öngörmez. Bu açıklamaya baştan karşı çıkar. Darwin tüm evrimi rastlantının kutlu doğasının doğal seçilim sayesinde ortaya çıkardığı sonuçlar olarak görür. (Temel nedeni ” ilerleme ve gelişmenin” teleoloji-teolojiye kapı açması ve bu yapıların telenomi ile naturalist ideoloji ile açıklanamaması) Organizmanın bir amacı varsa bile o sadece hayatta kalma olabilir. Buda zorunlu olarak daha gelişmiş, daha üst taksonomik bir yapı inşa etmez. Zaten hayat ağacı metaforu, Lamarck’tan aldığı teolojik bir metafordur. Kısaca Darwinci Evrim daha düşük canlılardan daha yüksek olanlara doğru bir ilerleme değildir ve zorunlu olarak karmaşıklığın yükselmesi ile sonuçlanmazBir popülasyon daha basit bir forma, daha küçük bir genoma doğruda evirilebilir fakat tersine evrim yanlış bir kullanımdır. 1-2

  1. ^“Is the human race evolving or devolving?”Scientific American. July 20, 1998. see also biological devolution.
  1. ^ Moran, Nancy A. (2002). “Microbial MinimalismGenome Reduction in Bacterial Pathogens”. Cell 108 (5): 583–6.

Şimdi habere geçmeden iki makalemin okunması faydalı olur diye düşünüyorum.

https://akillitasarim.wordpress.com/2012/08/04/evrim-bilgisizlik-ve-hurafeler/

https://akillitasarim.wordpress.com/neden-teleolojik-evrim/

Radikal Gazetesi haber metni;

Güney Afrika’da bulunan ve insan türünün muhtemelen atalarından birine ait kemikler üzerinden tasarlanan en bütünlüklü model insan ve maymunlara dair özellikleri birlikte barındırıyor.
Daha önce bilinmeyen insan benzeri bir türe ait iki milyon yıllık kemik kalıntıları 2008 yılında Johannesburg yakınlarında bulunmuştu.

Yeni değerlendirmeler, Australopithecus sediba (Au. sediba) adlı bu türün, insanlarınki gibi leğen kemiği, el ve dişleri ve şempanzeninkine benzer ayakları olduğunu ortaya koyuyor. MH1 olarak anılan gençlik çağındaki erkek iskeleti, MH2 olarak bilinen kadın iskeleti ve MH4 olarak bilinen kaval kemiği anatomisi ile ilgili altı ayrı araştırma raporu yayımlandı.

Bulgular Science adlı dergide yayımlandı.

Kemikler, Johannesburg’un kuzeydoğusundaki İnsanlığın Beşiği Dünya Mirası alanında bulundu. İskeletlerin, erozyonla çatısı çöken bir mağaranın zemininde bulunduğu belirtiliyor. Bilim adamları, kadın ve erkek iskeletlerinin anne ve çocuğa ait olabileceğini söylüyor. Trajik bir kaza sonucu mağaraya düşerek öldükleri ya da arada sıkıştıkları tahmin ediliyor.  Ölümden sonra cesetlerin bir havuzda yıkandığı ve iskeletlerin başka hayvanların iskeletleriyle birlikte betonlaştığı belirtiliyor. Çukurda, bazı kedi türlerine, sırtlanlara, antiloplara, kuşlara ve farelere ait kemikler de bulunuyor. Malapa’daki bu bireyler, australopithesin olarak bilinen, dik yürüyen, insana benzeyen türe ait olarak değerlendiriyorlar. Bu türün, Afrika’da 4 milyon yıldan iki milyon yıla kadar olan dönemde yürüdükleri biliniyor.

Au. sediba’nın bacak anatomisi konusunda antropolog Jeremy DeSilva tarafından yapılan analizde, bu türün kendilerine has bir şekilde yürüdüğü sonucuna varıldı. Bu türün küçük topuklarının insandan çok şempanzeye benzediği, bu nedenle de içe doğru bir açıyla yürüdüğü ve ayaklarının kısmen bükülmüş şekilde yürüdüğü belirtiliyor. Bu anatomi ve ilkel yürüme biçimi, bu türe hem dik yürüme, hem de ağaçlara tırmanmak için uygun özellikler sağlıyor. Araştırmacılar, Au. sediba’nın diğer australopithesinlere oranla, ağaçlara tırmanmaya daha elverişli bir anatomiye sahip olduğunu da belirtiyor.

Okumaya devam et

Reklamlar

ÖNGÖRÜLEBİLİR EVRİM MUTASYONLARIN RASTLANTISALLIĞINA KARŞI

zafer kazanır…

Lucas Laursen and Nature magazine
Çeviren Mustafa Ajlan Abudak

Escherichia coli gibi bakteriler değişen bir çevreye uyum göstermek için öngörülebilir mutasyonlar elde edebilmekte.

Her ne kadar evrimin sürücüsü olan mutasyonlar rastlantısal olarak oluşsa da, Escherichia coli adlı bakteri üzerine yapılan bir çalışma doğanın sıklıkla aynı problem için aynı çözümü defalarca kez bulduğunu göstermekte. Zamanla, rastlantısal mutasyonlar organizmalara uyum sağlama ve çeşitlenme olanağı sunsa da, sıklıkla aynı türün coğrafi olarak ayrı kalmış grupları, kendi yerel çevrelerine daha iyi bir uyum sergiler ve diğer grubun üyelerine daha az benzer.

Fakat bu genetik çeşitliliğin meydana gelebilmesi için yegane yol değildir. Araştırmacılar aynı yerde yaşamalarına rağmen, mücevher balıkları, palmiyeler ve ispinozlarda farklı ekolojik özelliklere uyum göstererek farklı türlere ayrıldıklarını rapor etmiştir.

2008’de  Vancouver’da bulunan İngiliz Kolombiya Üniversitesi (UBC) evrimsel biyoloğu Michael Doebeli ve çalışma arkadaşları E.colibacteria’ların aynı test tüpünü paylaşmalarına rağmen türleşebildiklerini rapor etmişti.

Bu çalışmada, bakterinin homojen bir popülasyonunu biri kolaylıkla hazmedilebilen glukoz ve daha zor hazmedilen asetat ile beslediler, ve bakteriyi beslenmeye bıraktılar. E.coli her iki gıda arasında geçiş yapabilir, fakat takım her test tüpünde glukoz yada asetat ile beslenmede uzmanlaşmış iki ayrı grubun ortaya çıktığını buldu. Bilmedikleri şey ise, bu grupların hangi genetik patikayı izleyip kendi özelleşmelerini başardıklarıydı.

Evrimi Haritalandırmak

Biyoloji Biliminin Halk Kütüphanesi adlı yayında bugün yayımlanan yeni bir çalışmada, Doebeli ve UBC’deki çalışma arkadaşı Matthew Herron, dondurulmuş 3 test tüpündeki örnekleri incelemeye döndü ve deneyin çeşitli safhalarından elde edilmiş 17 gen örneğini dizilimini incelediler.  DNA, bazı durumlarda her üç test tüpünde de bağımsız olarak, mutasyonların rastlantısal doğasına rağmen, benzer mutasyonlar gösterdi. Çevredeki aynı değişiklikler aynı genetik çözümleri kayırmıştı.

Okumaya devam et

MİLİTAN ATEİZMİN DERİN SORUNLARI

Mustafa Ajlan ABUDAK

Bu güncede yazılarımın büyük çoğunluğu evrim ve onun hayatımıza yansımaları üzerine oluyor. Savunduğum gayesel (teleolojik ) evrim kısaca evrimin ilk canlı hücreden insana değin belirli bir amaç doğrultusunda yönlendirildiğidir. Bu amacı da maddeden akıl edebilen bir canlı var etmek şeklinde kısaca özetleyebilirim.

Biliyorsunuz ki, evrim konusu popüler medyada daha çok bazı uzmanların ezbere ve ideolojik tartışmalarına sahne olur. Bu tartışmalarda genelde güzide basınımızda evrimin bir başka kanıtı vs vs. şeklinde yapılagelen haberlerin ardından patlak verir. Sonra bu tartışmalar durulur, herkes dezenformasyonuna devam eder. Bu tür tartışmalar ülkemizde genelde utangaç ateistler ve din soslu yaratılışçılar arasında cereyan eder. Birbirlerinin amansız düşmanı olan bu iki ideolojik kamp, evrimi ideolojilerinin doğrudan ispatı için kullanmaktan asla çekinmez. Pozitivist bir determinizm naaşını kaldıralı çok olsada, ideolojiler hala bilim tarafından takdis edilmedikçe modern paradigmalar haline gelemezler. Bu sebeple bilim bir araç konumundan amaç konumuna indirgenerek temelde sınıfsal çatışmanın çekirdeğini oluşturan bir akide halini alır. Elbette bir kitlesel hipnoz enstrümanı olan medya, gücü o an elinde bulunduran hizibin ( 1900 öncesi ruhbanlar sonrası pozitivistler)  amacına hizmet ederek, beşerin yorumu olan ilahi yasalar ya da doğa yasalarınca tahakküm edilmiş akideleri, toplumun bilinçaltı ve üstüne enjekte etmekle yükümlüdür.

Bu oldukça sadeleştirilmiş giriş kısmından sonra, evrim ile ilgilenenlere bu yukarıdakilerden başka bir algılayışında eldeki verilere göre mümkün olabileceğini göstermek adına bu günceyi oluşturdum. Bu konudaki detaylandırılmış düşüncelerimi Blog Amaç kısmından okuyabilirsiniz.

Gelelim militan ateizm sorunsalına. Güncemde militan ateizmin günümüzdeki en ateşli savunucuları olan Richard Dawkins ve Daniel Dennett düşünceleri ve önemli kabul edilen eserleri hakkında bir makale yayınlamıştım. Ayrıca ateist retoriğinin nasıl bir felsefi patinaj (totoloji)  içerisinde bulunduğunu ileri sürdüğüm diğer bir kısa makale ile ateizm konusuna değinmiştim.

Bu makalelerde yüzeysel kalan bazı imalarımın geçen hafta Radikal gazetesinde Ezgi Başaran Hanımın gerçekleştirdiği bir söyleşi içerisinde İngiliz ateist düşünür Alain de Botton tarafından dürüstçe açıklandığına şahit oldum. Daha önce İngiliz Guardian gazetesinde,  Dawkins ve diğer militan ateizm şövalyelerinin yeniden silahlarını kuşandığı haberi ile bu röportajın bağlamı, bu yazıyı yazmamı sağladı. Şimdi ilk olarak şövalye Dawkins ve arkadaşlarının haykırışlarına kulak kabartalım…

Okumaya devam et

TEORİNİN SONU: VERİ MADENCİLİĞİ BİLİMSEL METODU GEÇERSİZ KILDIĞINDA

Chris ANDERSON– Wired baş editörü

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

” Tüm modeller yanlıştır, fakat bazıları yararlıdır. “

İstatistikçi George Box tarafından 30 yıl önce ilan edilmişti ve haklıydı. Fakat ne gibi bir seçeneğimiz vardı? Sadece modeller, kozmolojik denklemlerden insan davranışı teorilerine varıncaya değin çevremizi saran dünyayı, her ne kadar mükemmel olmasa da sürekli açıklayabilir görünüyordu. Şimdiden sonra, devasa bollukta veri çağında büyüyen Google gibi şirketler, yanlış modellere yetinmek zorunda değildir. Gerçekten de, bu şirketler modellerle asla yetinmek zorunda değiller.

60 yıl önce, dijital bilgisayarlar bilgiyi okunabilir kıldı. 20 yıl önce, internet bu bilgiyi erişilebilir hale getirdi. 10 yıl önce, ilk arama motoru zincirleri bu bilgiyi tek bir veri tabanı yaptı. Şimdi Google ve benzer şirketler tarihte en çok ölçümün yapıldığı bir çağda, bu devasa gövdeye insan âleminin bir laboratuvarı şeklinde davranıyorlar. Onlar Petabayt Çağının çocukları.

Petabayt Çağı farklı çünkü daha fazlası farklı. Kilobaytlar disketlerde saklanırdı. Megabaytlar ise sabit disklerde. Terabaytlar disk dizilerinde saklandı. Petabaytlar ise bulutta saklanıyor. İlerleme boyunca hareket ettiğimizde, klasör analojisinden dosya dolapları analojisine oradan da kütüphaneye gittik. Petabaytlara geldiğimizde ise örgütsel analojilerimiz tükendi.

Petabayt boyutunda, bilgi üç ya da dört boyutlu bir sınıflandırılmış hiyerarşinin konusu değildir.  Boyutsal olarak bilinemez bir istatistik yapı sergiler. Bu tamamen farklı bir yaklaşımı gerekli kılar, bilginin bütünlüğünü tahayyül edebilen bir bilgi sınırının kaybını bizden talep eder. Bizleri veriyi matematiksel olarak öncelemek ve bağlamını daha sonra oluşturmaya zorlar. Örneğin, Google reklam dünyasını uygulamalı matematikten başka bir şey yapmayarak fethetti. Google bunu yaparken reklamcılığın gelenekleri ve kültürüyle alakalı bir şey biliyormuş gibi davranmadı. Sadece daha iyi verinin, daha iyi analiz araçlarıyla günün galibi olacağını varsaydı. Ve Google haklıydı.

Okumaya devam et

TEORİNİN ÇEKİRDEĞİNDEKİ ÇELİŞKİ

Videoda bahsi geçen açıklamaların tam metni;

Mustafa Ajlan ABUDAK

Dijital ve Nükleotit Kodların Evrimsel Dinamikleri : Mutasyondan Korunma Perspektifleri

1. Dijital ve nükleotit kodların eşitliği: her ikisi de bir alfabeye dayanır ve semantik yapıdadır.

2. Her iki kod türü de mutasyona karşı içsel koruma mekanizmalarına sahiptir.

Her 8 bit verinin 1 biti mutasyon belirlenmesi için ayrılmıştır. Bunun biyotik karşılığı, geniş bir repertuvarda DNA içerisinde bulunan tamir enzimleridir.

3. Dijital kodların adaptasyonu rastgele süreçlercedir.

Dijital kodlar evrimsel programlama adı verilen teknik vasıtasıyla , daha önceden belirlenmiş parametrelerin belirlenmiş sınırlar çerçevesinde, belirlenmiş program modülleri tarafından derlenip seçilerek,  rastgele süreçlerce adapte edilebilir.

Bir dijital rakamın tam anlamıyla rastgele değişikliğe uğraması, bir veri siciminden rastgele  kopyalanması veya  kodda başka bir yere dahil edilmesi imkansızdır. Çünkü, mutasyon tanımlamakla görevli bit bu şekilde oluşacak hataları, semantik hata yada telaffuz hatası olarak belirleyecektir. Buda yedek kodun devreye girip, hatalı kısmın düzeltilmesine sebep olan içkin mutasyon korumasını devreye sokacaktır.

Okumaya devam et

DARWIN’İN İSPİNOZLARI HESAP YAPMAYI BİLİYOR MUYDU?

Barry CIPRA 17 Şubat 2010 ScienceMag

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim yeni türler ortaya çıkarırken doğrusal cebir mi kullanıyor? Evrimsel biyologlarve uygulamalı matematikçilerden oluşan bir takım araştırmacının gerçekleştirdiği analizler durumun bu olabileceğini gösteriyor. En azından evrimin en önemli sembollerinden biri için:  ispinozların gagaları.

Charles Darwin 1895 yılında Galapagos adalarına gerçekleştirdiği ziyaretinde, ispinozların gagalarındaki çeşitlilik onu şaşırtmış ve merakını tetiklenmişti. Darwin ispinozların gagalarının yediklerine göre ince bir şekilde ayarlanmış gibi olduklarını fark etmişti: küçük ve noktalı gagalar böcek yemeye eğilimliydi, örneğin,  kalın ve sağlam gagalara sahip olanlar ise bitkisel besleniyorlardı. Bu buluş onun doğal seçilim yoluyla evrim teorisini formüle etmesine yardım etmişti.

Bu uyum sergilemelerin (adaptasyonların) arkasında bir matematiksel örüntü olup olmadığını merak eden doktora öğrencisi Otger Campàs ve yüksek lisans öğrencisi Ricardo Mallarino bulunduğu Harvardlı bir grup,   genus Geospiza içindeki 6 tür ve genus Camarhynchus içerisindeki 3 türünde dahil olduğu Darwin ispinozlarından 13’ünün gaga yapılarını analiz etti. Araştırmacılar, Harvard Karşılaştırmalı Zooloji Müzesinde yer alan itinayla dijitalleştirilmiş profil örneklerini kullanarak, geometrik objelere etki eden en basit matematiksel islevler olarak da bilinen doğrusal dönüşümlerin, ispinozların üst gagalarını temsil eden iki boyutlu egrileri ortak bir forma ne ölçüde indirgeyebilecegini anlamaya çalıştılar.

Matematiksel olarak, herhangi iki eğri bir çeşit dönüşümle birbirleriyle ilişkilendirilmiştir. Fakat doğrusallık çetin bazı sınırlamalar oluşturur. Doğrusallık iki boyutlu bir düzlemde, şekillerin sadece ölçekleme ve kırpılma ile şekillendirilmesine olanak tanır. Kabaca tanımlarsak, ölçeklendirme dönüşümleri, iki dikey aksı açıp sıkıştıran fakat onları yine dikey tutan bir işlemdir. İki gruplandırılmış küme , kırpılma yoluyla tek bir grup haline gelirler. Araştırma ekibi bunu Proceedings of the National Academy of Sciences ‘ta bir rapor halinde yayımlamışlardır.

Okumaya devam et

TASARIM TASARIMCISINA İLK TASARIMI FISILDARSA…

 

Mustafa Ajlan ABUDAK

Eminim ki Craig Venter adını daha önce duymuşsunuzdur. Ülkemizin güzide pozitivist basınında sentetik hayat haberleri epey heyecana sebep olmuştu.  Venter ve çalışma arkadaşları sentetik yaşamın ilk örneğini tasarlamayı başardı. Şimdilik bu takımın aslında tüm yaptığı bir bakteri türünden alınan DNA dizilimini kopya edip, sentetik kromozomu alıp, bir verici (donor) hücre alarak bunu kabul etmesini sağlamak oldu.  Sentetik kromozom verici hücrenin içersine bir kez girdiğinde, kısa zamanda girdiği hücre türünü diğer türe çevirdi. Bilim insanları bu sisteme dâhil olabilecek yeni yazılımların peşindeler. Elbette kayda değer  çok önemli bir başarı fakat bizi asıl ilgilendiren bunun doğurduğu bilimsel sonuçlar ve araştırmacılarda ne gibi düşünsel çıkarımlara yol açtığı…

Sonunda tasarım, makine, yazılım , bilgi kelimelerinin neden felsefi sonuçları olduğunu kendimize sorarız umuduyla  konuyla ilgili haberimizi okuyalım.

Sentetik genom hücreyi yeniden başlatıyor…

Yoktan bir genom inşa etmek, özgün organizmalar sentezlemeye doğru bir adımdır.

Jocelyn Rice

15 yılı kapsayan proje sonucu J.Craig Venter Enstitüsü’ndeki bilim insanları sentetik genom tarafından kontrol edilen ilk hücreyi geliştirmeyi başardı.

Projede yer alan San Fransisco California Üniversitesinden Chris Voigt:

Bu ilk kez  bir genom dizilim bilgisinin  hayata geri getirilmesiydi. Bu gerçekten çok önemli.

Kalıtım biliminin öncülerinden Craig Venter liderliğindeki araştırmacılar, 2008’de geliştirilen bir metotla bir milyondan biraz daha fazla DNA temel çiftini içeren mycoplasma mycoides adlı küçük bir bakterinin genomunu sentezlediler. Bir sonraki adım, bu sentetik genomu akraba bir bakteri olan Mycoplasma copricolum nakil edilmesiydi.

Alıcı hücreler, sentetik genom ile birleşir birleşmez bu genom içersine daha önce mükemmelleştirilen kodlanmış olan talimatları uygulamaya geçtiler. Birkaç nesil sonra alıcı türe ait tüm genetik izler yok oldu. Sonuçlar aşağıdaki adreste yayınlandı:

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1190719

Sentetik genomlarını doğal yollarla oluşan versiyondan ayırabilmek için, araştırmacılar sentetik genom içersine bazı işaretler kodladılar. Bu işe, İngiliz alfabesi ile hücre içersine yazmak için noktalama ve sayılar gibi özellikleri de içeren alfabe kodlamakla işe başladılar. Deşifrede ayrıca dizilime dâhil edildi. Daha sonra adlarını, birkaç veciz sözü ve eğer kodu kırmayı başarabilen çıkarsa diye ziyaret edebilmeleri için bir web adresini bile yazdılar.

Okumaya devam et