BENCİLLİK EVRİMSEL OLARAK SÜRDÜRÜLEBİLİR DEĞİL

Darwinci eğilimlerin tersine, evrim önceden zannedildiği gibi köpek köpeği yer dünyası benzeri bir süreç olmayabilir. (Richard Dawkins gibi ateistlerce popülerleştirilen Gen Bencildir kanısı) Bencil canlı bir süre hayatta kalmayı başarabilir, fakat yeni oyun teorisi araştırmasına göre, uzun vadeli hayatta kalma işbirliği gerektirmekte. (Bunu birkaç makalemde dolaylı olarak dile getirmiştim. En altta bağlantıları vereceğim.)

Oyun teorisyenleri  geçen yıl Ulusal Bilimler Akademisi Tutanağında yer alan oyun teorisinin klasik bir durumu olan, iki hükümlünün daha az ceza almak için birbirleriyle iş birliği yapmak yada birbirlerine ihanet etme fırsatını konu edinen, ekonomi, psikoloji ve evrimsel biyolojide geniş çaplı olarak araştırılan Tutsak İkilemi oyunu hakkında yeni bir taktik bakış içeren makale yayınlandığında, bilindik Darwinci eğilimleri terk ettiler.

Sıfır belirleyici  yada SB adı verilen bir taktik kullanarak, ( matematiksel modelde belirleyici olarak anılan değerin sıfır olarak düzenlenmesi.) makale  bencil oyuncuların işbirliği yapan oyuncuları yenilebileceğini gösteren, ”ödüllerin tek taraflı adil olmayan  paylaşımını” yürürlüğe koyan iddiayı tartışmaya açtı. Tutsak İkilemi biyolojik fenomenleri açıklamakta kullanıldığından beri, şu soru ortaya çıkmıştı. Evrim bencilleri mi kayırıyor?

Bencillik evrimsel olarak sürdürülebilir değildir. Michigan State Üniversitesi mikrobiyoloji ve genetik profesörü Christoph  Adami ve onun araştırma ortağı Arend Hintze, akabinde SB taktiklerinin evrimin işbirlikçilere göre bencilleri kayırdığını kanıtladığına dair şüphelere sahiplerdi. Nature Communications‘ta bugün yayınlanan bir makalede, çalışmalarında oluşturdukları simülasyona göre, SB taktikleri evrimsel olarak kararlı değiller ve sonuç olarak, bencil oyuncular hayatta kalmak istiyorlarsa işbirlikçi olmalılar.

” Adami basın açıklamasında : eğer cimri ve bencilseniz, evrimin sizi cezalandıracağını bulduk. Kısa bir süre için belirli bir rakip dizgesi karşısında, bazı bencil organizmalar başarı gösterebilir. Fakat bu durum sürdürülebilir değildir.”

Okumaya devam et

EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

SIRADA 4D ÇIKTI MI VAR?

 JENNIFER 8. LEE 26 Şubat, 2013 Bits- New York Times

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

 Bugünlerde 3D yazıcıların vaatleri ulusal gündemimize oturmuş bulunmakta, araştırmacılar 4D çıktısı ile bahisleri artırmak istiyor. Hayır, bu yazıcılar hiperküpler filan oluşturmayacak. Bunun yerine, bilim insanları “dördüncü boyutu ”zamanın temsil ettiğini-tıpkı matematikçi Hermann Minkowski‘nin 20. yy başlarında uzay-zaman tanımladığı gibi- iddia ediyorlar. 4D yapılar ilk olarak 3d yazıcılardan elde edilir fakat daha sonra aktivasyon enerjisi verildiğinde değişim geçirirler.

  Stratasys, adlı İsrailli bir 3D baskı şirketiyle ortaklaşa proje yürüten M.I.T. araştırmacısı Skylar Tibbits‘in açıkladığı üzere:

 Bu çıktı almada tamamıyle yeni bir fikir, durağan nesneler yerine, başka şeylere dönüşen şeyler yazdırmaktasınız.

Tibbits’sin araştırmaları oyuncaktan mobilyaya değin uzanan kendi kendine birleşme teknolojileri üzerine odaklanmış durumda.

Araştırması geçen salı günü Long Beach Kaliforniya’da gerçekleşen TED konferansında kendi kendine katlanan origami sunumuyla tanıtıldı.

Bu yapılar dönüşebilmek için dış bir enerji kaynağına ihtiyaç duyar. Halihazırda, Tibbits ve Stratsys şirketinin geliştirdiği erken prototipler bu enerjiyi sağlamak için su kullanıyorlar. Kendi kendine katlanan yapılar ilk olarak iki ana materyalin karışımından- su içerisinde kendi hacminin iki katına çıkabilen sentetik polimer, ve suyun içinde katı kalabilen diğer bir polimer- den elde edilen lifler vasıtasıyla basılıyor. İki materyalin belirli bir tasarım ile dikkatlice birleştirilmesi sonucu, suyu emen maddenin genişlemesi, bağlantı noktalarını harekete geçirir, bu sayede daha önceden belirlenmiş geometrik dönüşüm yaratılır. (çeviren notu – sanki DNA’yı açıklıyor.)

Okumaya devam et

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

BİR BAŞKA DAWKINS YALANI: GENETİK KODUN EVRENSELLİĞİ

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

En azından en son yayınladığı Kör Saatçi’den   (1986) beri, Richard Dawkins genetik kodun yeryüzündeki tüm canlılarda ortak olduğunu iddia etmektedir. Bu, Dawkins’in yazdığına göre Darwin’in evrensel hayat ağacının temellerini oluşturan gezegendeki her canlının ‘ortak bir atadan geldiğinin ’ ( 1986, sayfa 270) neredeyse kesin bir kanıtıdır.

Daha güncel olarak, Dawkins bu iddiasını 2009’da yayınladığı en iyi satan listelerine girmiş kitabı Yeryüzündeki En Büyük Gösteri’de tekrarlamıştır. ( s. 409) :

… Genetik kod evrenseldir, tüm hayvanlarda, bitkilerde, mantarlarda, bakterilerde, virüsler de benzerdir. 64 harfli sözlükten oluşan,  üç harfli DNA’nın  20 amino aside tercüme edildiği ve ‘burada başla’ ‘burada bitir’ anlamına gelen bir noktalama işaretinin kullanıldığı, yaşam krallığının neresine bakarsanız bakın aynı 64 harfli sözlüğü görebileceğiniz  yegane kod. ( bu genellemeyi bozmayacak birkaç çok küçük istisna dışında)

Bu son vurgulanan istisna kısmına geleceğiz ama daha önce Dawkins’in genetik kodun neden evrensel olduğunu düşündüğüne bir göz atalım.

Sebep ilginçtir. Genetik koddaki herhangi bir mutasyon (içerdiği genlerdeki mutasyonlara kıyasla) sadece bir yerde değil tüm organizmada ani yıkıcı etkilere sahip olabilir. Eğer bu 64 harfli sözlükteki herhangi bir kelimenin anlamı değiştirilecek olursa, bu değişen harf farklı bir amino asit üretecek, buda vücuttaki tüm proteinlerin değişmesi anlamına gelecektir. Sıradan bir mutasyondan farklı olarak bu bir felaketi ifade eder. (2009, s. 409-10)

Şimdi de Dawkins iddiasındaki evrenselliği ve kod niçin evrensel olmalı argümanını akılda tutun ve daha sonra buraya bir göz atın;

The Genetic  Codes

Basit bir sayma sorusu: ‘bir ya da iki’ 17’ye eşit midir? Bu sayı bilinen değişik genetik kodların sayısı olarak Ulusal Biyoteknoloji Veri Merkezince (NCBI) derlenmiştir. Herhangi bir ölçüme göre, Dawkins elde edilen sayının onda birine bile yaklaşamamış durumdadır.

‘Bir ya da iki’ bu yüzden bir yalan, sadece doğru değil demek ‘

‘Bir, İki, ya da On yedi, Kimin umurunda- Bunlar sadece küçük farklar! ‘

Okumaya devam et

DARWIN’İN İSPİNOZLARI HESAP YAPMAYI BİLİYOR MUYDU?

Barry CIPRA 17 Şubat 2010 ScienceMag

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim yeni türler ortaya çıkarırken doğrusal cebir mi kullanıyor? Evrimsel biyologlarve uygulamalı matematikçilerden oluşan bir takım araştırmacının gerçekleştirdiği analizler durumun bu olabileceğini gösteriyor. En azından evrimin en önemli sembollerinden biri için:  ispinozların gagaları.

Charles Darwin 1895 yılında Galapagos adalarına gerçekleştirdiği ziyaretinde, ispinozların gagalarındaki çeşitlilik onu şaşırtmış ve merakını tetiklenmişti. Darwin ispinozların gagalarının yediklerine göre ince bir şekilde ayarlanmış gibi olduklarını fark etmişti: küçük ve noktalı gagalar böcek yemeye eğilimliydi, örneğin,  kalın ve sağlam gagalara sahip olanlar ise bitkisel besleniyorlardı. Bu buluş onun doğal seçilim yoluyla evrim teorisini formüle etmesine yardım etmişti.

Bu uyum sergilemelerin (adaptasyonların) arkasında bir matematiksel örüntü olup olmadığını merak eden doktora öğrencisi Otger Campàs ve yüksek lisans öğrencisi Ricardo Mallarino bulunduğu Harvardlı bir grup,   genus Geospiza içindeki 6 tür ve genus Camarhynchus içerisindeki 3 türünde dahil olduğu Darwin ispinozlarından 13’ünün gaga yapılarını analiz etti. Araştırmacılar, Harvard Karşılaştırmalı Zooloji Müzesinde yer alan itinayla dijitalleştirilmiş profil örneklerini kullanarak, geometrik objelere etki eden en basit matematiksel islevler olarak da bilinen doğrusal dönüşümlerin, ispinozların üst gagalarını temsil eden iki boyutlu egrileri ortak bir forma ne ölçüde indirgeyebilecegini anlamaya çalıştılar.

Matematiksel olarak, herhangi iki eğri bir çeşit dönüşümle birbirleriyle ilişkilendirilmiştir. Fakat doğrusallık çetin bazı sınırlamalar oluşturur. Doğrusallık iki boyutlu bir düzlemde, şekillerin sadece ölçekleme ve kırpılma ile şekillendirilmesine olanak tanır. Kabaca tanımlarsak, ölçeklendirme dönüşümleri, iki dikey aksı açıp sıkıştıran fakat onları yine dikey tutan bir işlemdir. İki gruplandırılmış küme , kırpılma yoluyla tek bir grup haline gelirler. Araştırma ekibi bunu Proceedings of the National Academy of Sciences ‘ta bir rapor halinde yayımlamışlardır.

Okumaya devam et

HAYAT NEDİR?

Mike GENE

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

Biyologlar, tanımlanması oldukça zor bir şey üzerinde çalışırken, kendilerini rahatsız hissederler. Geleneksek olarak, hayatı tanımlarlarken, hayat için karakteristik hale gelmiş metabolizma, büyüme ve gelişme, dış etkilere yanıt verme ve üreme gibi birkaç özelliği listelerler. Oysa, Daniel Korshland hikayeyi biraz farklı anlatmaktadır:

Hayatın tanımlaması nedir? Bilim insanlarından oluşan seçkin bir topluluğun bir konferansta bu soruya yanıt vermeye çalıştığını hatırlarım. Bir enzim canlı mıdır?  Bir virüs canlı mıdır? Bir hücre canlı mıdır? Saatlerce süren azimli çalışmalar ve bunu izleyen ikna edici düşünsel tartışmalar sonunda bir çözüme varılmış gibiydi  : ‘‘ Üreme yeteneği- hayatın zorunlu bir karakteristiğidir. ’’ dedi bir bilim adamı. Herkes bu tanımın hayat için gerekliğini bir cılız sese çıkana dek başıyla onayladı. ‘‘ Öyleyse bir tavşan öldü. İki tavşan –bir erkek bir dişi- hayattalar fakat her ikisi tek başına kaldığın da ise  bir ölü’’.  İşte o noktada hepimiz herkesin bilmesine rağmen,  hayatın basit bir tanımının olamayacağı konusunda hem fikir olduk. [1]

Koshland’ın kendisi hayatı evrensel ve gerekli 7  özellikle tanımlamaktadır: ‘‘  Program, İrticalen etkinlik gösterebilme, Bölümlere ayrılabilme, Enerji, Üreyebilme, Uyum sağlayabilme, İzolasyon. ( İngilizce baş harfleriyle P-rogram-I-mprovisation-C-ompartmentalization-E-nergy-R-egeneration-Adaptation-S-eclusion PICERAS) bunlar kısaca yaşayan bir sistemin dayandığı temellerdir.’’ [1] Hayat kendisini yeterli ve basit bir tanımlamayla açıklama çabalarına direnç gösterir. Onu bu şekilde açıklamaya gayret gösteren indirgemeciliği bu hususta başarısız kılar.

2001’de Bernard Korzeniewski eğer evrim tasarlanmış bir süreç şeklinde düşünülürse sibernetik yaklaşımı kullanıp oldukça faydalı bir hayat tanımlaması ile ortaya çıktı.

Korzeniewski kendi tanımlamasında şöyle yola çıkar:

Hayat (canlı bir birey) daha üst düzey olası genişleme eğilimli olumlu geri bildirimlere (positive feedback) tabi kılınmış daha alt kademedeki düzenleyici olumsuz geri bildirimlerden (negative feedback) meydana gelen bir ağdır. (Network)  [2]

Okumaya devam et