EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

BAZI BİLİM İNSANLARI ‘ÇÖP DNA’ YA SALDIRDI

Encode bulgularını destekleyen Dr Ewan Birney  Fotoğraf: Antonio Zazueta Olmos/Antonio Olmos

Robin McKie 24 Şubat 2013

Çeviren: Mustafa Ajlan Abudak

BAZI BİLİM İNSANLARI ”ÇÖP DNA”NIN HAYAT İÇİN ZARURİ OLDUĞU İDDİASINA SALDIRDI

2012’nin bilimsel süprizi buydu. Araştırmacılar daha önce “çöp” diye nitelendirilen fakat aslında vücutlarımızın çalışmasında gerekli olan insan DNA’sının uzun kısımlarını bulmuşlardı. Hücrelerimizin sadece birkaç gen tarafından kontrol edildiği varsayımı yanlıştı.

İnsan genomunu araştıran uluslararası kurum olan Encode projesindeki bilim insanları DNA’mızın büyük kısmının işlevi olduğunu savunuyordu.

Fakat bu fikir, şimdilerde Encode’dun “absürd” fikirlerinin evrimsel biyoloji hakkında hiçbir şey bilmeyenlerin çalışması olduğunu söyleyen diğer bilim insanları tarafından şaşılacak derecede iğneleyici saldırıların hedefi durumunda.

“Çöp DNA’nın ölümü ile ilgili haberler oldukça abartılmış ” diye ısrar etmekteler.

Bilim insnalarını bölen tartışma temel olarak soruların en temlinden kaynaklı – DNA büyük kısmı amaçtan yoksun mu ya da bu kısım hücrelerimiz içinde etkin bir rol oynuyor mu? Tartışma Genom Biyolojisi ve Evrim adlı yayında yer alan çarpıcı bir dile sahip eleştiri ile tetiklendi.

Encode iddialarının hepsi yanlıştır. Başlangıç olarak söylemek gerekirse, istatistikleri korkunç ” makalenin ana yazarı Profesör Dan Graur,Houston Üniversitesi, Texas, Observerer şu açıklamaları

 Bu bilim insanlarının çalışması değil. Bu berbat şekilde eğitilmiş bir grup teknisyenin çalışması.

Çalışmaları Nature,Science, Genom Biyolojisi ve diğer bilim dergilerinde 30 dan fazla makale ile geçen Eylül yayınlanmış Encode bilim insanları eleştirileri red etmekteler.

 Cambridge yakınlarındaki Avrupa Bioinformatik Enstitüsün’den 5 yıllık araştırmanın müdürü Dr Ewan Birney:

 Bize karşı gerçekleştirilen saldırıların doğası oldukça haksız ve yakışıksız, çalışmamız hastalık duyarlılığını anlamakta çok önemli bir role sahip.

2000 yılında insan genomu dizildiğinde, sadece 26,000 gen protein yapımında ve büyüme kontrolünü yönetiyor gözüküyordu, ve DNA’mızın %98’i silinmişti.

Okumaya devam et

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

SODYUM KANALLARI HAYVAN SİNİR SİSTEMİNDEN ÖNCE EVRİMLEŞMİŞ….

Mike GENE & M.Ajlan ABUDAK

Hayvan sinir sitemin gerekli bir parçası olan ” sodyum kanallarının ” bu sistemin evrimleşmesinden daha önce  evrimleşmiş olduğu Texas üniversitesindeki araştırmacılar tarafından keşfedildi.

Nörobiyoloji profesörü Harold Zakon

 Sinir sistemi yaklaşık bundan 600 milyon yıl kadar önce deniz anası benzeri canlılarda görüldü ve sodyum kanallarınında bu zaman diliminde evrildiği düşünülüyordu. Şimdi keşfettiğimiz üzere biliyoruz ki sodyum kanalları sinir sistemi evrilmeden oldukça önce evrilmişti.

Zakon, Hills ve Liebeskind  bu tip  sodyum kanalları için keşfettiği genler herhangi bir nörondan daha az,  çoklu hücrelerden yapılmamış bir organizmanın içerisindeydi. Bu tek hücreli organizma bir choanoflagellate’dı. Bu canlı deniz anası ve insan gibi çok hücreli organizmaların oldukça uzak bir akrabasıydı.

Okumaya devam et

DARWIN’İN BİR FİKRİ DAHA DUMAN OLDU…

Mustafa Ajlan ABUDAK

Darwin’in ılık havuz teorisi test edilir…

Amerika Birleşik Devletlerinin önde gelen araştırmacılarının elde ettiği son bulgulara göre Yeryüzünde hayatın hidro termal göletlerden ya da volkanik kaynaklarından kaynaklanması oldukça olasılık dışı..

Yapılan araştırmalar volkanik havuzlarda hayatın ortaya çıkmasını sağlayacak doğru koşulları sağlanamadığını gösteriyor. Yeryüzünde hayatın nasıl başladığı ile ilgili bulgular Londra Kraliyet Akademisinde iki günlük uluslar arası bir toplantıda tartışıldı.

Darwin’in teorisi

Santa Cruz’daki Kaliforniya Üniversitesi’nden Ordinaryus Prof. David Deamer, sunumun başlarında şunu söyledi;

Darwin’in hayatın küçük ılık bir havuzda başlamış olabileceğini söylemesi üzerinden 140 yıl geçti. Şimdi bizler Darwin’in bu fikrini test ediyoruz. Bu küçük sıcak havuzlar Rusya’daki volkanik Kamçatka bölgesi ve Kaliforniya’daki Lassen dağındakilerle ilişkili. Sonuçlar hem şaşırtıcı hem de bazı açılardan rahatsız edici. Kil içeren sıcak asitli volkanik su öyle görülüyor ki,  kimyasalların birleşerek öncü organizmaları oluşturması için doğru koşulları sağlamıyor.

Hayatın yapı taşları olan DNA ve amino asitlerin ve diğer bir zorunlu içerik olan fosfatın volkanik havuzlardaki kil partiküllerinin yüzeyine yapıştılar. Bunun önemi, kilin daha önce hayatın başlangıcına dair ilginç kimyasal reaksiyonları kolaylaştırmasıydı. Fakat deneylerimizde, organik bileşikler kil parçacıklara oldukça güçlü bir şekilde tutarak başka herhangi bir kimyasal reaksiyona girmediler… 1

Okumaya devam et

ALGLERDEN HATIRA ESKİ BİR SAAT

Mike GENE 28/01/2011

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

İnsandan alglere değin tüm canlıların 24 saatini kontrol eden içsel mekanizma bilim insanlarınca belirlendi.

Bu keşif sadece bozuk iç saatleri yüzünden sağlıkla ilgili sorunlar yaşayan pilotlar ya da vardiya işçileri gibi bireylerin durumuna önemli bir açıklama sağlamakla kalmıyor,  aynı zamanda insan hücresinde bulunan sirkadiyen saatin (dünyanın 24 saatlik dönüşüyle ilgili fizyolojik ritmler)  aynısının yeryüzü üzerindeki öncü yaşam formaları olan Alglerde de mevcut olduğunu gösteriyor.

Araştırmanın baş yayımcısı Cambridge Üniversitesinden Akhilesh Reddy :

Tüm hücrelerimizdeki saatlerin varlığını biliyoruz; bunlar hücreye fiziksel olarak bağlı yapılar. Gün içerisinde saatin bize rehber olmadığı bir gün ne yapardık diye düşünün! İşte günlük aktivitelerimizi düzenlemeyen bir saatimiz olmadığından hücrede aynı durumda olacaktı.

Okumaya devam et

DARWIN’İN İSPİNOZLARI HESAP YAPMAYI BİLİYOR MUYDU?

Barry CIPRA 17 Şubat 2010 ScienceMag

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim yeni türler ortaya çıkarırken doğrusal cebir mi kullanıyor? Evrimsel biyologlarve uygulamalı matematikçilerden oluşan bir takım araştırmacının gerçekleştirdiği analizler durumun bu olabileceğini gösteriyor. En azından evrimin en önemli sembollerinden biri için:  ispinozların gagaları.

Charles Darwin 1895 yılında Galapagos adalarına gerçekleştirdiği ziyaretinde, ispinozların gagalarındaki çeşitlilik onu şaşırtmış ve merakını tetiklenmişti. Darwin ispinozların gagalarının yediklerine göre ince bir şekilde ayarlanmış gibi olduklarını fark etmişti: küçük ve noktalı gagalar böcek yemeye eğilimliydi, örneğin,  kalın ve sağlam gagalara sahip olanlar ise bitkisel besleniyorlardı. Bu buluş onun doğal seçilim yoluyla evrim teorisini formüle etmesine yardım etmişti.

Bu uyum sergilemelerin (adaptasyonların) arkasında bir matematiksel örüntü olup olmadığını merak eden doktora öğrencisi Otger Campàs ve yüksek lisans öğrencisi Ricardo Mallarino bulunduğu Harvardlı bir grup,   genus Geospiza içindeki 6 tür ve genus Camarhynchus içerisindeki 3 türünde dahil olduğu Darwin ispinozlarından 13’ünün gaga yapılarını analiz etti. Araştırmacılar, Harvard Karşılaştırmalı Zooloji Müzesinde yer alan itinayla dijitalleştirilmiş profil örneklerini kullanarak, geometrik objelere etki eden en basit matematiksel islevler olarak da bilinen doğrusal dönüşümlerin, ispinozların üst gagalarını temsil eden iki boyutlu egrileri ortak bir forma ne ölçüde indirgeyebilecegini anlamaya çalıştılar.

Matematiksel olarak, herhangi iki eğri bir çeşit dönüşümle birbirleriyle ilişkilendirilmiştir. Fakat doğrusallık çetin bazı sınırlamalar oluşturur. Doğrusallık iki boyutlu bir düzlemde, şekillerin sadece ölçekleme ve kırpılma ile şekillendirilmesine olanak tanır. Kabaca tanımlarsak, ölçeklendirme dönüşümleri, iki dikey aksı açıp sıkıştıran fakat onları yine dikey tutan bir işlemdir. İki gruplandırılmış küme , kırpılma yoluyla tek bir grup haline gelirler. Araştırma ekibi bunu Proceedings of the National Academy of Sciences ‘ta bir rapor halinde yayımlamışlardır.

Okumaya devam et