MÜZİK, REZONANS VE TELEOLOJİ

Eğer evrenin sırlarını bulmak istiyorsanız, enerji,  frekans ve titreşim bakımından tefekkür edin ” Nicola Tesla

Reklamlar

HÜCRE İÇİNDE DNA’DAN ELDE EDİLMİŞ BİR TRANSİSTÖR

 

BİYOLOJİK BİLGİSAYARA DOĞRU..YOKSA ZATEN ORADA MI?

 Shaunacy FERRO

Çev. Mustafa Ajlan ABUDAK

Eğer mantıksal işlemleri hesaplaya biliyorsa, veri depoluyor ve bilgiyi aktarıyorsa hemen her şey bir bilgisayar olabilir, hatta canlı hücre bile. Stanford Üniversitesinden bir takım hücreleri çalışan bilgisayarlara dönüştürmek için gerekli olan nihai süreçlerden birini başarı ile gerçekleştirmiş. Transkriptör adını verdikleri, mantıksal işlemlere cevap veren elektronlar yerine DNA ve RNA’yı kullanan biyolojik transistör meydana getirdiler.

Biyolojik mühendislik yardımcı doçenti Drew Endy daha önce biyolojik bilişime hayati bir katkıda bulunmuştu. Geçen sene laboratuvarı biyolojik internet adı verilen, DNA için genetik bilgiyi hücreler arasında aktaran ve aynı zamanda yeniden yazılabilir veri depolama sistemi geliştirdi.

Biyokimyasal bilgiden doğru- yanlış cevaplarını hesaplayabilen mantık kapılarına sahip bir sistem inşa etmek biyolojik bilgisayar oluşturmadaki üçüncü parçadır. Çalışma detaylıca Science çevrim içindedir.

Bir kablo boyunca elektronları düzenlemek yerine, transkriptör DNA boyunca RNA polimeraz akışını (RNA üreten enzim) kontrol eder. Çok çeşitli organizmalarda işlev görebilecek bir biyolojik bilgisayar oluşturmak için, araştırmacılar hayvanlarda, bitkilerde, bakteriler ve mantarlarda işleyen bir enzim kullandılar. Tıpkı elektirik sinyallerini çoğaltarak onların daha uzağa gitmesine olanak sağlayan transistör gibi, transkriptör genetik mantığı çoğaltabilir, enzim etkiliğinde küçük değişimlere izin ederek, gen ifadesinde daha büyük değişimleri tetikler.

Okumaya devam et

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

EVRİMSEL EKONOMİK KRİZ

Mustafa Ajlan ABUDAK

Ekonomistler genelde istatistiklere deterministçe tapan bir topluluktur. Biyologlar da verilerden daha çok verilerin teoriye ne kadar uyduğuna bakan zihinlere sahiptir. Konumuz öncelikli olarak evrimsel ekonomi olduğuna göre ilk önce kısa bir durum tespiti ile başlamak yararlı olacaktır. Eski dünyanın falcıları, müneccimleri ve matematikçileri yıldız namelere nasıl bakıp geleceği okumaya çalışıyorsa, bugünün ekonomistleri de serbest piyasa sanılan bir alandan gelen verileri analiz ederek gelecekte ne olacağını bulmaya çalışıyorlar. Tabi bu yaptıkları bir anlamda serbest piyasa dedikleri meta-ekolojik alanın öyle pek serbest bir alan olmadığını da göstermekte. Sistemin esas paradoksu zaten ‘geleceğin öngörülebilmesi’ mümkün olsa serbest bir piyasadan bahsedemeyecek olmamız. Fakat asıl sorun ekonomiyi istatistikler, rakamlar ve analizlerden ibaret gören, onun hayatla olan içkin bağını unutan, insanları denklemdeki değişkenler olarak algılayan zihin yapısı. Ekonomiyi oluşturan insanlardır ve insanları da oluşturan duygular, düşünceler ve inançlardır. Bunları sayısallaştıramazsınız. Sayılar zihninizin dış dünyayı kendine anlamlı kılmak için ”uydurduğu” sembollerdir. Bu ideografik sembollerin doğayı tercüme etmesi, sizin bu metni İngilizce diline tercüme etmenize benzer yani tamamıyla anlam aktaramaz sadece kapsar, fikir verir.

Kapitalizmin iki temel direği vardır. İlki krizdir. Krizler kapitalizm için DNA’ daki mutasyonlara benzemektedir. Kimi zaman yıkıcı etkileri olur, kimi zaman sistemin işleyişine doğrudan etkide bulunmaz. Fakat kimi zamanda krizler, bunlardan yararlanılabilecek ortamda olan sistem parçalarına inanılmaz fırsatlar sağlar; onların seçkin bir konuma gelmesine yardımcı olur. İkinci önemli dayanak noktası ise simülasyondur. Geleceği yani kimseye ait olmayan olası zaman-mekânı bugünden satarak gelecekten yaptığı enerji transferi ile yine bugünü inşa etmeye çalışır. Tıpkı cuma gecesi alkol alan ve enerji patlaması yaşayan birinin aslında cumartesi gününden enerji çalmasına benzeyen bir durumdur. Yapılan görece sabit olan (haftalık) enerji akışını alkol alarak hızlandırmaktır yani cumartesi sabahı enerjisini cuma gecesine likit olarak aktarırsınız.  Antik metinlerde faiz ve alkolün sürekli yasaklanması ve bunlara dikkat edilmesi gerektiğinin ısrarla belirtilmesi boşuna değildir. 1

Matematik soyut bir yapay dil olarak somut dünyayı bu denli etkilediğinden beri, doğadaki her şeyi bu dile tercüme ederek akıl etmeye çalışan insanlık, en büyük hayal kırıklıklarını bu tercüme esnasında yaşaya gelmektedir. Ekonominin ve hayatın sadece Darwinist bir şekilde güçlü olan kazanır ilkesi ile işleyeceğini sananlar, bugün sosyal Darwinizmin çocuğu olan kapitalizmin kendi kendini imha etmesi (kanser olması) karşısında çaresiz gözükmektedir. Ekolojiyi iyi incelenmeyen, hayata ve doğaya bütüncül (holistik) değil,  güçlünün, ayakta kalanın ve sözde seçilmişin tarafından bakan zihin şeması, elbette doğanın kayırdığını düşündüğü ırkları diğerlerinden üstün tutacaktır. Doğada teleolojik yani gayesel ve içkin bir amaç varmış ki böyle olmuş derseniz de, o zamanda bunu ideolojik olarak reddedeceklerdir. Farkı oluşturanın coğrafi farklılıklar olduğunu anlamamız için Magellan’a kadar beklememiz gerekmişti. Kısaca modern yapılandırılmış zihin setine göre serbest piyasa ve orman kanunsuzdur, kuralları yaşam mücadelesi ( ya da daha güçlü olan) belirler.

Bu yaşam mücadelesinde eğer Dünyayı tek bir canlı organizma olarak görürsek, ve içindeki tüm diğer ekolojik canlılığı da vazgeçilmez parçalar olarak algılarsak ne olur? Yaşam mücadelesini, her bir üyenin ekolojide içerisinde ve döngüdeki görevini yerine getirmesi  olarak algılar, bunu sağlayan tüm unsurların toplamının da yaşam olduğunu düşünürsek, mücadele ile işbirliği kümeleri ne derece kesişir? Birinin varlığının diğerine bağlı olduğu bu büyük ortak yaşam alanı bize ekonomik alanda da bir şeyler fısıldamıyor mu?

Okumaya devam et

MOLEKÜLER MAKİNELER NEYİ ANLATIYOR?

Hücrelerimizin içinde şuanda yaşanılan süreçlere tanık olabilirsiniz. Tüm bu büyücü işi makinelerin birer ” amacının ” olduğunu da görebilirsiniz. İngilizce bilmeniz, anlatılanları duyup anlamanız da çok gerekli değil. Bilseniz çok daha iyi olur tabi. Fakat bazen var olsa da işe yaramayabilir bilgi.  Ya da göremeyeceğiniz tek şey belki de görmek istemedikleriniz olur bazen.. Kim bilir?

BİR BAŞKA DAWKINS YALANI: GENETİK KODUN EVRENSELLİĞİ

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

En azından en son yayınladığı Kör Saatçi’den   (1986) beri, Richard Dawkins genetik kodun yeryüzündeki tüm canlılarda ortak olduğunu iddia etmektedir. Bu, Dawkins’in yazdığına göre Darwin’in evrensel hayat ağacının temellerini oluşturan gezegendeki her canlının ‘ortak bir atadan geldiğinin ’ ( 1986, sayfa 270) neredeyse kesin bir kanıtıdır.

Daha güncel olarak, Dawkins bu iddiasını 2009’da yayınladığı en iyi satan listelerine girmiş kitabı Yeryüzündeki En Büyük Gösteri’de tekrarlamıştır. ( s. 409) :

… Genetik kod evrenseldir, tüm hayvanlarda, bitkilerde, mantarlarda, bakterilerde, virüsler de benzerdir. 64 harfli sözlükten oluşan,  üç harfli DNA’nın  20 amino aside tercüme edildiği ve ‘burada başla’ ‘burada bitir’ anlamına gelen bir noktalama işaretinin kullanıldığı, yaşam krallığının neresine bakarsanız bakın aynı 64 harfli sözlüğü görebileceğiniz  yegane kod. ( bu genellemeyi bozmayacak birkaç çok küçük istisna dışında)

Bu son vurgulanan istisna kısmına geleceğiz ama daha önce Dawkins’in genetik kodun neden evrensel olduğunu düşündüğüne bir göz atalım.

Sebep ilginçtir. Genetik koddaki herhangi bir mutasyon (içerdiği genlerdeki mutasyonlara kıyasla) sadece bir yerde değil tüm organizmada ani yıkıcı etkilere sahip olabilir. Eğer bu 64 harfli sözlükteki herhangi bir kelimenin anlamı değiştirilecek olursa, bu değişen harf farklı bir amino asit üretecek, buda vücuttaki tüm proteinlerin değişmesi anlamına gelecektir. Sıradan bir mutasyondan farklı olarak bu bir felaketi ifade eder. (2009, s. 409-10)

Şimdi de Dawkins iddiasındaki evrenselliği ve kod niçin evrensel olmalı argümanını akılda tutun ve daha sonra buraya bir göz atın;

The Genetic  Codes

Basit bir sayma sorusu: ‘bir ya da iki’ 17’ye eşit midir? Bu sayı bilinen değişik genetik kodların sayısı olarak Ulusal Biyoteknoloji Veri Merkezince (NCBI) derlenmiştir. Herhangi bir ölçüme göre, Dawkins elde edilen sayının onda birine bile yaklaşamamış durumdadır.

‘Bir ya da iki’ bu yüzden bir yalan, sadece doğru değil demek ‘

‘Bir, İki, ya da On yedi, Kimin umurunda- Bunlar sadece küçük farklar! ‘

Okumaya devam et

TEORİNİN SONU: VERİ MADENCİLİĞİ BİLİMSEL METODU GEÇERSİZ KILDIĞINDA

Chris ANDERSON– Wired baş editörü

Çeviren: Mustafa Ajlan ABUDAK

” Tüm modeller yanlıştır, fakat bazıları yararlıdır. “

İstatistikçi George Box tarafından 30 yıl önce ilan edilmişti ve haklıydı. Fakat ne gibi bir seçeneğimiz vardı? Sadece modeller, kozmolojik denklemlerden insan davranışı teorilerine varıncaya değin çevremizi saran dünyayı, her ne kadar mükemmel olmasa da sürekli açıklayabilir görünüyordu. Şimdiden sonra, devasa bollukta veri çağında büyüyen Google gibi şirketler, yanlış modellere yetinmek zorunda değildir. Gerçekten de, bu şirketler modellerle asla yetinmek zorunda değiller.

60 yıl önce, dijital bilgisayarlar bilgiyi okunabilir kıldı. 20 yıl önce, internet bu bilgiyi erişilebilir hale getirdi. 10 yıl önce, ilk arama motoru zincirleri bu bilgiyi tek bir veri tabanı yaptı. Şimdi Google ve benzer şirketler tarihte en çok ölçümün yapıldığı bir çağda, bu devasa gövdeye insan âleminin bir laboratuvarı şeklinde davranıyorlar. Onlar Petabayt Çağının çocukları.

Petabayt Çağı farklı çünkü daha fazlası farklı. Kilobaytlar disketlerde saklanırdı. Megabaytlar ise sabit disklerde. Terabaytlar disk dizilerinde saklandı. Petabaytlar ise bulutta saklanıyor. İlerleme boyunca hareket ettiğimizde, klasör analojisinden dosya dolapları analojisine oradan da kütüphaneye gittik. Petabaytlara geldiğimizde ise örgütsel analojilerimiz tükendi.

Petabayt boyutunda, bilgi üç ya da dört boyutlu bir sınıflandırılmış hiyerarşinin konusu değildir.  Boyutsal olarak bilinemez bir istatistik yapı sergiler. Bu tamamen farklı bir yaklaşımı gerekli kılar, bilginin bütünlüğünü tahayyül edebilen bir bilgi sınırının kaybını bizden talep eder. Bizleri veriyi matematiksel olarak öncelemek ve bağlamını daha sonra oluşturmaya zorlar. Örneğin, Google reklam dünyasını uygulamalı matematikten başka bir şey yapmayarak fethetti. Google bunu yaparken reklamcılığın gelenekleri ve kültürüyle alakalı bir şey biliyormuş gibi davranmadı. Sadece daha iyi verinin, daha iyi analiz araçlarıyla günün galibi olacağını varsaydı. Ve Google haklıydı.

Okumaya devam et