İNSAN, YARIM AKILLI CIVIK MANTARLARDAN NE ÖĞRENEBİLİR?

Reklamlar

SIRADA 4D ÇIKTI MI VAR?

 JENNIFER 8. LEE 26 Şubat, 2013 Bits- New York Times

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

 Bugünlerde 3D yazıcıların vaatleri ulusal gündemimize oturmuş bulunmakta, araştırmacılar 4D çıktısı ile bahisleri artırmak istiyor. Hayır, bu yazıcılar hiperküpler filan oluşturmayacak. Bunun yerine, bilim insanları “dördüncü boyutu ”zamanın temsil ettiğini-tıpkı matematikçi Hermann Minkowski‘nin 20. yy başlarında uzay-zaman tanımladığı gibi- iddia ediyorlar. 4D yapılar ilk olarak 3d yazıcılardan elde edilir fakat daha sonra aktivasyon enerjisi verildiğinde değişim geçirirler.

  Stratasys, adlı İsrailli bir 3D baskı şirketiyle ortaklaşa proje yürüten M.I.T. araştırmacısı Skylar Tibbits‘in açıkladığı üzere:

 Bu çıktı almada tamamıyle yeni bir fikir, durağan nesneler yerine, başka şeylere dönüşen şeyler yazdırmaktasınız.

Tibbits’sin araştırmaları oyuncaktan mobilyaya değin uzanan kendi kendine birleşme teknolojileri üzerine odaklanmış durumda.

Araştırması geçen salı günü Long Beach Kaliforniya’da gerçekleşen TED konferansında kendi kendine katlanan origami sunumuyla tanıtıldı.

Bu yapılar dönüşebilmek için dış bir enerji kaynağına ihtiyaç duyar. Halihazırda, Tibbits ve Stratsys şirketinin geliştirdiği erken prototipler bu enerjiyi sağlamak için su kullanıyorlar. Kendi kendine katlanan yapılar ilk olarak iki ana materyalin karışımından- su içerisinde kendi hacminin iki katına çıkabilen sentetik polimer, ve suyun içinde katı kalabilen diğer bir polimer- den elde edilen lifler vasıtasıyla basılıyor. İki materyalin belirli bir tasarım ile dikkatlice birleştirilmesi sonucu, suyu emen maddenin genişlemesi, bağlantı noktalarını harekete geçirir, bu sayede daha önceden belirlenmiş geometrik dönüşüm yaratılır. (çeviren notu – sanki DNA’yı açıklıyor.)

Okumaya devam et

500 MİLYON YILLIK GEN VE TERSİNE MÜHENDİSLİK

Teleolojik evrim moleküler biyoloji alanındaki gelişmelerle artık kendini apaçık göstermeye başladı. Craig Venter’in çalışmalarında sonra yeni bir haber daha teleolojik evrimim neden olası açıklamalar arasında evrimi en iyi şekilde anlamamızı sağlayan olduğunu ortaya koyacak gibi gözüküyor. Kaynak makaleden ayrı olarak önemli yerlerin vurgulanması bana aittir.

Bilim insanları, “paleo-deneysel evrim” adı verilen bir yöntem kullanarak, 500 milyon yıllık bir bakteriden alınan geni, canlı bir bakteriye aktardı.

NTVMSNBC  01 Ağustos. 2012 Çarşamba

ABD’nin Georgia Tech Üniversitesi’nde gerçekleştirilen deneyde, bilim insanları yüz milyonlarca yıl öncesine ait ‘antik genleri’ bir bakteri fosilinden alarak Escherichia Coli (E.Coli) bakterisine aktarmayı başardı. Yapılan deneyle, bin nesildir hayatta olan bakterinin milyonlarca yıldır süren evrimi daha kolay bir şekilde gözlemlenebilecek.

Georgia Tech’in NASA (ABD Ulusal Havacılık ve Uzay Dairesi) Ribozomal Orijinler ve Evrim Merkezi’nde görevli olan moleküler biyoloji uzmanı Betül Kaçar,

“Bu deney sayesinde evrim ve moleküler biyoloji hakkında uzun süredir cevaplanamayan soruların karşılık bulacağına inanıyoruz… Bunlar arasında, organizmanın geçmişinin, geleceğini ne kadar kısıtladığı ve evrimin gelecekte birçok soruya cevap verdiği, belirgin bir noktaya ulaşıp ulaşmadığı var” dedi.

Kaçar,

“E. Coli deneyi, hayatın moleküler bir kaset gibi nasıl tekrardan yaşandığı konusunda elde edebileceğimiz en detaylı bilgileri sunacak…Antik bir geni modern bir canlı üzerinde nasıl evrim geçirdiğini gözlemleme şansı, evrim sürecinin kendisini tekrar mı ettiğini yoksa belli bir yola mı yöneldiğini anlamamızı sağlayacak” ifadesini kullandı.

Okumaya devam et

GERÇEKÇİ BİR EVRİM TEORİSİNİN ANAHTARI NEDİR?

James A. SHAPIRO

Çev.Mustafa Ajlan ABUDAK

Doğal Seçilim Yoluyla Türlerin Kökeninde Charles Darwin,  bir hayat şeklinin diğerine nasıl hayat verdiğini şöyle açıklamayı önerdi. Kitabın alt başlığını ‘Hayat Mücadelesinde Kayrılmış Irkların Korunumu’ koydu. Üreme başarısında birbirini takip eden küçük gelişmelerin tedricen büyük değişikliklere yol açacağını ve bir türü diğerinden ayıracağını iddia ediyordu. Bu tedricilik hipotezi, onun jeoloji profesörü olan Charles Lyell’dan öğrendiği Tek biçimcilik prensibini izledi. ( Bugün geçmişin anahtarıdır. Her alandaki her gelişme tedrici bir yapıdadır.)

1859’dan beri, Darwin’in takipçileri bugün ‘uygunluk’ olarak anılan üreme başarısının optimizasyonuna odaklandılar. Onlar için, doğa seçilim uygunluğu artırıyor ve böylece son derece karmaşık adaptasyonlarını içeren yeni hayat şekilleri meydana çıkarıyordu.

Darwin kitabının 6. Bölümünde bunu ortaya koydu:

Eğer birbirini takip eden sayısız, başarılı, küçük değişikliklerle bir organın oluşamayacağı ortaya konursa, teorim kesinlikle çöker. Fakat böyle bir durum bulamıyorum.

Uygunluğun artması için doğal seçilimin ve tesadüfi değişimin zaman içerisindeki biyolojik evrimi gerçekten açıklayabileceği hususu daima bir ihtilaf konusu olagelmiştir. Bugün Darwin’in teorisine gen dizilim verisini uygulayabiliyoruz. Buda tedricilik hakkında açıkça cevaplar vermekte.

Evrimin ana safhalarındaki birçok genom değişimi ne küçük nede tedrici olagelmiş. Örneğin, bitki üreticisi ani türleşmeye aşinadır. Yapay olarak yeni bir tür bitki üretmek istesek, seçilimi kullanmayız. Hibridleri değişik türleri eşleyerek elde ederiz.  1951’deki iyi bir Scientific American makalesinde (!) bu konu ‘Afet Evrimi’ adıyla un buğdayının birden melezleşme ile nasıl evirildiğini açıklayan 20.yy seçkin evrimcilerinden G.Ledyard Stebbins tarafından kaleme alındı.

Melezleşme sıklıkla ‘bütün genomu katlama’ denilen bir sürece yönelir. Genomu katlama (veriyi iki misline çıkarma) bir nesil sürer ve potansiyel olarak tüm kalıtsal özellikleri etkiler. Özgün karakteristik özellikler sergileyen yeni türlerin melez üretiminin, doğal seçilimin üretken bir tepki göstermesi için oldukça hızlı kaldığını da dikkate alın.

Belki de bugüne kadar gerçekleşen en önemli evrimsel basamak bundan bir milyar yıl önce, iki ya da daha çok hücrenin birleşip tanımlanmış bir çekirdeğe sahip ilk ‘ökaryotik’ hücreyi üretmesi ile gerçekleşti. Bu çekirdekli hücre açıkça bitki ve hayvanlarında dahil olduğu diğer tüm ‘’yüksek’’ hayat şekillerinin atasıydı. Bu tip hücre birleşmeleri merhum biyolog Lynn Margulis tarafından evrimsel güçlerin şampiyonu olarak anılan ‘simbiyogenez’ olarak bilinir.

Melezleme ve simbiyogenez gibi süreçler on yıllardır iyi bilinmesine rağmen, birçok yeni Darwincinin kararlı bir şekilde evrimsel değişimde tedricilik te ısrar etmesi oldukça dikkat çekicidir. Pozisyonlarına karşın, canlı organizmalar ani değişim için depolarında birçok alete sahiptir.

Huffblog’ta yayınladığım ‘ Süpermikroplardan Evrimsel Dersler ‘ adlı bir önceki makalemde açıkladığım gibi, bakteri ilgisi olmayan organizmalardan DNA bilgisi elde eder. Mikroplar süper mikroplar seviyesine birkaç dakika içerisinde ‘yatay gen transferi’ ile dönüşür. Benzer olaylar mikroplara ve ökaryotik alıcılara sıklıkla çoklu yeni özellikleri bir adımda ihsan eder.

Okumaya devam et

MOLEKÜLER MAKİNELER NEYİ ANLATIYOR?

Hücrelerimizin içinde şuanda yaşanılan süreçlere tanık olabilirsiniz. Tüm bu büyücü işi makinelerin birer ” amacının ” olduğunu da görebilirsiniz. İngilizce bilmeniz, anlatılanları duyup anlamanız da çok gerekli değil. Bilseniz çok daha iyi olur tabi. Fakat bazen var olsa da işe yaramayabilir bilgi.  Ya da göremeyeceğiniz tek şey belki de görmek istemedikleriniz olur bazen.. Kim bilir?

HOLİSTİK DÜŞÜNCE NEDİR?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Derin karanlığın içinde irili ufaklı, uzaklı yakınlı yıldızlar, bulutsu alanlar…Sınırsızlığıyla büyüleyen bir evren. Evrenin o görkemli büyüklüğü karşısında küçücük hissetmişizdir kendimizi. Ama bununla çelişen başka bir duygumuz daha vardır: Bu muazzam bütünün bir parçası olduğumuz hissi. 1

Piaget, insanların doğuştan getirdikleri iki temel eğilim olduğu düşüncesindedir: Örgütleme ve uyum sağlama.

Örgütleme, süreçleri sistematik ve tutarlı sistemler haline getirme ve bu amaçla birleştirme, koordinasyon sağlama, fikirler ve eylemleri birleştirme eğilimidir. Başka bir ifadeyle karşı karşıya olduğumuz kavram ve olayları birbirleriyle tutarlı bütünler haline getirmeye çalışırız. 2

Biyolojik süreç nasıl homeostasis şeklinde denge kurmaya çalışıyorsa, aynı şekilde zihin de dengelenmeye ulaşmaya çalışmaktadır. Uyum sağlama ise, çevreye uyum sağlamayı ifade eder. İçinde bulunduğumuz çevreye uymaya çalışırız. Piaget, nasıl yiyecek yiyerek yiyeceği bedenimize katmaya çalışıyorsak, çocuğun da aynı şekilde bilgiyi zihnine katmaya çalıştığı düşüncesindedir. Niçin aklımız anlamak için bu şekilde dünyayı örgütler? Bu eğilimlere sahip olmamızın nedeni eğilimleri ve bizi ortaya çıkaran süreçler olmasın?

Soru sormak/sorabilmek insan aklının yegane ayrıcalığı. O zaman bizde holistik düşüncenin  izini sürerken araştırmamıza sorularla başlayalım. Bu örgütleme biçimleri beynimizde nasıl oluştu? Neden bu yollarla algılıyoruz ? Başka algılama/anlamlandırma yolları olamaz mıydı? Evrim sürecimiz bu şekilde gelişerek hem fiziksel hemde zihinsel evrimimizi mi sağladı? Yani süreçler kendilerini anlamlandırabilecek zekayı nasıl ortaya çıkardı? Her şey aklın sınırlarını zorlayan milyonlarca kutlu tesadüfün bileşkesiyle beyni inşa edecek şekilde mi gerçekleşti? Madem dünya ve evren tamamen anlamsız tesadüflerin seçkisi ile beyni ortaya çıkardı, beyin neden anlam arayacak şekilde evrildi?

Holistik düşünce; Var olan her birimin, evrenin bütün bilgilerine sahip bulunduğu gerçeğini açıklar. Evrendeki her şeyin aynı bütünün parçaları olduklarını, birbirlerinden haberdar olarak tek bir sistem şeklinde hareket ettiklerini ve birbirleriyle ilişki, iletişim ve etkileşim içinde bulunduklarını ortaya koyar. Var olan her birim, diğerlerini etkileme, değiştirme ve yönlendirme özelliğine sahiptir. Bu nedenle de, en küçük bir birim bile gereklidir, önemlidir ve değerlidir. Aydın Arıtan

ağ

Okumaya devam et

DARWIN’İN İSPİNOZLARI HESAP YAPMAYI BİLİYOR MUYDU?

Barry CIPRA 17 Şubat 2010 ScienceMag

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim yeni türler ortaya çıkarırken doğrusal cebir mi kullanıyor? Evrimsel biyologlarve uygulamalı matematikçilerden oluşan bir takım araştırmacının gerçekleştirdiği analizler durumun bu olabileceğini gösteriyor. En azından evrimin en önemli sembollerinden biri için:  ispinozların gagaları.

Charles Darwin 1895 yılında Galapagos adalarına gerçekleştirdiği ziyaretinde, ispinozların gagalarındaki çeşitlilik onu şaşırtmış ve merakını tetiklenmişti. Darwin ispinozların gagalarının yediklerine göre ince bir şekilde ayarlanmış gibi olduklarını fark etmişti: küçük ve noktalı gagalar böcek yemeye eğilimliydi, örneğin,  kalın ve sağlam gagalara sahip olanlar ise bitkisel besleniyorlardı. Bu buluş onun doğal seçilim yoluyla evrim teorisini formüle etmesine yardım etmişti.

Bu uyum sergilemelerin (adaptasyonların) arkasında bir matematiksel örüntü olup olmadığını merak eden doktora öğrencisi Otger Campàs ve yüksek lisans öğrencisi Ricardo Mallarino bulunduğu Harvardlı bir grup,   genus Geospiza içindeki 6 tür ve genus Camarhynchus içerisindeki 3 türünde dahil olduğu Darwin ispinozlarından 13’ünün gaga yapılarını analiz etti. Araştırmacılar, Harvard Karşılaştırmalı Zooloji Müzesinde yer alan itinayla dijitalleştirilmiş profil örneklerini kullanarak, geometrik objelere etki eden en basit matematiksel islevler olarak da bilinen doğrusal dönüşümlerin, ispinozların üst gagalarını temsil eden iki boyutlu egrileri ortak bir forma ne ölçüde indirgeyebilecegini anlamaya çalıştılar.

Matematiksel olarak, herhangi iki eğri bir çeşit dönüşümle birbirleriyle ilişkilendirilmiştir. Fakat doğrusallık çetin bazı sınırlamalar oluşturur. Doğrusallık iki boyutlu bir düzlemde, şekillerin sadece ölçekleme ve kırpılma ile şekillendirilmesine olanak tanır. Kabaca tanımlarsak, ölçeklendirme dönüşümleri, iki dikey aksı açıp sıkıştıran fakat onları yine dikey tutan bir işlemdir. İki gruplandırılmış küme , kırpılma yoluyla tek bir grup haline gelirler. Araştırma ekibi bunu Proceedings of the National Academy of Sciences ‘ta bir rapor halinde yayımlamışlardır.

Okumaya devam et