BENCİLLİK EVRİMSEL OLARAK SÜRDÜRÜLEBİLİR DEĞİL

Darwinci eğilimlerin tersine, evrim önceden zannedildiği gibi köpek köpeği yer dünyası benzeri bir süreç olmayabilir. (Richard Dawkins gibi ateistlerce popülerleştirilen Gen Bencildir kanısı) Bencil canlı bir süre hayatta kalmayı başarabilir, fakat yeni oyun teorisi araştırmasına göre, uzun vadeli hayatta kalma işbirliği gerektirmekte. (Bunu birkaç makalemde dolaylı olarak dile getirmiştim. En altta bağlantıları vereceğim.)

Oyun teorisyenleri  geçen yıl Ulusal Bilimler Akademisi Tutanağında yer alan oyun teorisinin klasik bir durumu olan, iki hükümlünün daha az ceza almak için birbirleriyle iş birliği yapmak yada birbirlerine ihanet etme fırsatını konu edinen, ekonomi, psikoloji ve evrimsel biyolojide geniş çaplı olarak araştırılan Tutsak İkilemi oyunu hakkında yeni bir taktik bakış içeren makale yayınlandığında, bilindik Darwinci eğilimleri terk ettiler.

Sıfır belirleyici  yada SB adı verilen bir taktik kullanarak, ( matematiksel modelde belirleyici olarak anılan değerin sıfır olarak düzenlenmesi.) makale  bencil oyuncuların işbirliği yapan oyuncuları yenilebileceğini gösteren, ”ödüllerin tek taraflı adil olmayan  paylaşımını” yürürlüğe koyan iddiayı tartışmaya açtı. Tutsak İkilemi biyolojik fenomenleri açıklamakta kullanıldığından beri, şu soru ortaya çıkmıştı. Evrim bencilleri mi kayırıyor?

Bencillik evrimsel olarak sürdürülebilir değildir. Michigan State Üniversitesi mikrobiyoloji ve genetik profesörü Christoph  Adami ve onun araştırma ortağı Arend Hintze, akabinde SB taktiklerinin evrimin işbirlikçilere göre bencilleri kayırdığını kanıtladığına dair şüphelere sahiplerdi. Nature Communications‘ta bugün yayınlanan bir makalede, çalışmalarında oluşturdukları simülasyona göre, SB taktikleri evrimsel olarak kararlı değiller ve sonuç olarak, bencil oyuncular hayatta kalmak istiyorlarsa işbirlikçi olmalılar.

” Adami basın açıklamasında : eğer cimri ve bencilseniz, evrimin sizi cezalandıracağını bulduk. Kısa bir süre için belirli bir rakip dizgesi karşısında, bazı bencil organizmalar başarı gösterebilir. Fakat bu durum sürdürülebilir değildir.”

Okumaya devam et

ZİHİN VE KOZMOZ

       Mustafa Ajlan ABUDAK

    ATEİST BİR PROFESÖR DARWIN KARŞITI NASIL OLUR?

Thomas NAGEL‘ın son kitabı Zihin ve Kozmoz (Mind & Cosmos) ABD bilim çevresinde ses getirmeyi başardı. Kendisi indirgemeci görüşe olan karşıtlığı ile tanınan bir hukuk profesörü. Bu kitabıyla bilincin ortaya çıkması husunda bilim dünyasındaki hakim paradigma olan Neo-Darwinci görüşlere karşı bir argüman oluşturmakta. Tanınan bir ateist olması ise, kitabının mahiyeti ile ilgili ayrıca merak uyandırmakta.

Bir bilim insanının felsefi ya da dini tercihinin yaptığı çalışmaların değerlendirilmesinde önemli olmaması gerektiğini düşünüyorum. Fakat dünya birçok düşünsel ve fikirsel kamplara ayrılmış durumda ve sanki bir fikrin ve düşüncenin çekirdeğindeki önermenin savunulması, onu savunan kişiyi de facto olarak o düşünceyi taşıyan ister felsefi, ister siyasi, ister dini, ister ekonomik olsun, tüm alt grupların savunucusu ve destekçisi olarak kabul edilmesine yol açıyor.

Toptancılık eğilimi maalesef kendini eğitimli ve elit gören akademik dünyanın genelinde görülen bir metastaz. Bu, akademinin Plato’dan beri ilk kez tamamıyla elitlerin elinden alındığı bir bilgi devrimin içinde yaşadığımız halde, akademik olarak eğitim almayanlara düşünce hakkı bile vermek istemeyen bir tür otokratik refleks. Belki de bu sebeple doğal olarak bir düşüncenin sahibi olmasını beklediğimiz kişilerden ” ezber bozan yaklaşımlar ” duymak, hem şaşırtıcı hemde bu ezberi taşıyanlar için yapı sökücü bir nitelik içeriyor. Bu bakımdan da fikri destekleyen açıklamalardan daha fazla, bu fikri savunan veya eleştirenlerin ilgi alanına girebiliyor. Buda onu daha geniş bir perspektifte değerlendirilmesi için bir fırsat sunuyor.

İşte Thomas NAGEL’ın kitabı  Zihin ve Kozmoz yukarıda bahsettiğimiz niteliğe sahip bir yayın gibi durmakta. Bu sebeple kitabı okumuş ve incelemiş birinden (Casey LUSKIN-Discovery Institute) profesörün ID yani Akıllı Tasarım (Teleolojik Evrim) hakkındaki düşüncelerini kitaptan yapılan alıntılarla incelemek faydalı olabilir.

Okumaya devam et

EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

BAZI BİLİM İNSANLARI ‘ÇÖP DNA’ YA SALDIRDI

Encode bulgularını destekleyen Dr Ewan Birney  Fotoğraf: Antonio Zazueta Olmos/Antonio Olmos

Robin McKie 24 Şubat 2013

Çeviren: Mustafa Ajlan Abudak

BAZI BİLİM İNSANLARI ”ÇÖP DNA”NIN HAYAT İÇİN ZARURİ OLDUĞU İDDİASINA SALDIRDI

2012’nin bilimsel süprizi buydu. Araştırmacılar daha önce “çöp” diye nitelendirilen fakat aslında vücutlarımızın çalışmasında gerekli olan insan DNA’sının uzun kısımlarını bulmuşlardı. Hücrelerimizin sadece birkaç gen tarafından kontrol edildiği varsayımı yanlıştı.

İnsan genomunu araştıran uluslararası kurum olan Encode projesindeki bilim insanları DNA’mızın büyük kısmının işlevi olduğunu savunuyordu.

Fakat bu fikir, şimdilerde Encode’dun “absürd” fikirlerinin evrimsel biyoloji hakkında hiçbir şey bilmeyenlerin çalışması olduğunu söyleyen diğer bilim insanları tarafından şaşılacak derecede iğneleyici saldırıların hedefi durumunda.

“Çöp DNA’nın ölümü ile ilgili haberler oldukça abartılmış ” diye ısrar etmekteler.

Bilim insnalarını bölen tartışma temel olarak soruların en temlinden kaynaklı – DNA büyük kısmı amaçtan yoksun mu ya da bu kısım hücrelerimiz içinde etkin bir rol oynuyor mu? Tartışma Genom Biyolojisi ve Evrim adlı yayında yer alan çarpıcı bir dile sahip eleştiri ile tetiklendi.

Encode iddialarının hepsi yanlıştır. Başlangıç olarak söylemek gerekirse, istatistikleri korkunç ” makalenin ana yazarı Profesör Dan Graur,Houston Üniversitesi, Texas, Observerer şu açıklamaları

 Bu bilim insanlarının çalışması değil. Bu berbat şekilde eğitilmiş bir grup teknisyenin çalışması.

Çalışmaları Nature,Science, Genom Biyolojisi ve diğer bilim dergilerinde 30 dan fazla makale ile geçen Eylül yayınlanmış Encode bilim insanları eleştirileri red etmekteler.

 Cambridge yakınlarındaki Avrupa Bioinformatik Enstitüsün’den 5 yıllık araştırmanın müdürü Dr Ewan Birney:

 Bize karşı gerçekleştirilen saldırıların doğası oldukça haksız ve yakışıksız, çalışmamız hastalık duyarlılığını anlamakta çok önemli bir role sahip.

2000 yılında insan genomu dizildiğinde, sadece 26,000 gen protein yapımında ve büyüme kontrolünü yönetiyor gözüküyordu, ve DNA’mızın %98’i silinmişti.

Okumaya devam et

ÖNGÖRÜLEBİLİR EVRİM MUTASYONLARIN RASTLANTISALLIĞINA KARŞI

zafer kazanır…

Lucas Laursen and Nature magazine
Çeviren Mustafa Ajlan Abudak

Escherichia coli gibi bakteriler değişen bir çevreye uyum göstermek için öngörülebilir mutasyonlar elde edebilmekte.

Her ne kadar evrimin sürücüsü olan mutasyonlar rastlantısal olarak oluşsa da, Escherichia coli adlı bakteri üzerine yapılan bir çalışma doğanın sıklıkla aynı problem için aynı çözümü defalarca kez bulduğunu göstermekte. Zamanla, rastlantısal mutasyonlar organizmalara uyum sağlama ve çeşitlenme olanağı sunsa da, sıklıkla aynı türün coğrafi olarak ayrı kalmış grupları, kendi yerel çevrelerine daha iyi bir uyum sergiler ve diğer grubun üyelerine daha az benzer.

Fakat bu genetik çeşitliliğin meydana gelebilmesi için yegane yol değildir. Araştırmacılar aynı yerde yaşamalarına rağmen, mücevher balıkları, palmiyeler ve ispinozlarda farklı ekolojik özelliklere uyum göstererek farklı türlere ayrıldıklarını rapor etmiştir.

2008’de  Vancouver’da bulunan İngiliz Kolombiya Üniversitesi (UBC) evrimsel biyoloğu Michael Doebeli ve çalışma arkadaşları E.colibacteria’ların aynı test tüpünü paylaşmalarına rağmen türleşebildiklerini rapor etmişti.

Bu çalışmada, bakterinin homojen bir popülasyonunu biri kolaylıkla hazmedilebilen glukoz ve daha zor hazmedilen asetat ile beslediler, ve bakteriyi beslenmeye bıraktılar. E.coli her iki gıda arasında geçiş yapabilir, fakat takım her test tüpünde glukoz yada asetat ile beslenmede uzmanlaşmış iki ayrı grubun ortaya çıktığını buldu. Bilmedikleri şey ise, bu grupların hangi genetik patikayı izleyip kendi özelleşmelerini başardıklarıydı.

Evrimi Haritalandırmak

Biyoloji Biliminin Halk Kütüphanesi adlı yayında bugün yayımlanan yeni bir çalışmada, Doebeli ve UBC’deki çalışma arkadaşı Matthew Herron, dondurulmuş 3 test tüpündeki örnekleri incelemeye döndü ve deneyin çeşitli safhalarından elde edilmiş 17 gen örneğini dizilimini incelediler.  DNA, bazı durumlarda her üç test tüpünde de bağımsız olarak, mutasyonların rastlantısal doğasına rağmen, benzer mutasyonlar gösterdi. Çevredeki aynı değişiklikler aynı genetik çözümleri kayırmıştı.

Okumaya devam et

KÖR SAATÇİ İÇİN ”OLASI” TASARIM

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü…

William Paley

500 MİLYON YILLIK GEN VE TERSİNE MÜHENDİSLİK

Teleolojik evrim moleküler biyoloji alanındaki gelişmelerle artık kendini apaçık göstermeye başladı. Craig Venter’in çalışmalarında sonra yeni bir haber daha teleolojik evrimim neden olası açıklamalar arasında evrimi en iyi şekilde anlamamızı sağlayan olduğunu ortaya koyacak gibi gözüküyor. Kaynak makaleden ayrı olarak önemli yerlerin vurgulanması bana aittir.

Bilim insanları, “paleo-deneysel evrim” adı verilen bir yöntem kullanarak, 500 milyon yıllık bir bakteriden alınan geni, canlı bir bakteriye aktardı.

NTVMSNBC  01 Ağustos. 2012 Çarşamba

ABD’nin Georgia Tech Üniversitesi’nde gerçekleştirilen deneyde, bilim insanları yüz milyonlarca yıl öncesine ait ‘antik genleri’ bir bakteri fosilinden alarak Escherichia Coli (E.Coli) bakterisine aktarmayı başardı. Yapılan deneyle, bin nesildir hayatta olan bakterinin milyonlarca yıldır süren evrimi daha kolay bir şekilde gözlemlenebilecek.

Georgia Tech’in NASA (ABD Ulusal Havacılık ve Uzay Dairesi) Ribozomal Orijinler ve Evrim Merkezi’nde görevli olan moleküler biyoloji uzmanı Betül Kaçar,

“Bu deney sayesinde evrim ve moleküler biyoloji hakkında uzun süredir cevaplanamayan soruların karşılık bulacağına inanıyoruz… Bunlar arasında, organizmanın geçmişinin, geleceğini ne kadar kısıtladığı ve evrimin gelecekte birçok soruya cevap verdiği, belirgin bir noktaya ulaşıp ulaşmadığı var” dedi.

Kaçar,

“E. Coli deneyi, hayatın moleküler bir kaset gibi nasıl tekrardan yaşandığı konusunda elde edebileceğimiz en detaylı bilgileri sunacak…Antik bir geni modern bir canlı üzerinde nasıl evrim geçirdiğini gözlemleme şansı, evrim sürecinin kendisini tekrar mı ettiğini yoksa belli bir yola mı yöneldiğini anlamamızı sağlayacak” ifadesini kullandı.

Okumaya devam et