MOLEKÜLER MAKİNELER

Akıllı Tasarım-Moleküler Makineler-Tasarım çıkarımı için deneysel kanıtlar

Prof. Michael J.Behe: Lehigh Üniversitesi Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

Çeviri-Mustafa Ajlan Abudak

Bu makalemiz modern Akıllı Tasarım teorisinin fikir babası sayılan Michale Behe’nin AT için temel argümanları aktardığı önemli bir çalışmasıdır.Çeviri oldukça uzun ve teknik olduğundan rastlayacağınız çeviri hatalarını lütfen belirtin.Bu makalenin AT’nin detaylı şekilde anlanmasına katkıda bulunacağını düşünüyorum.Çevirimi adımı ve orjinal metnin linkini vererek çalışmalarınızda kullanabilirsiniz.

Gözlerin Yapısı

Nasıl görürüz? 19.yüzyılda, dış dünyanın bizlere tam bir resmini sunan gözün hassas yapısı, onlarla haşır neşir olan herkesi hayran bırakıyordu ve gözün anatomisi üzerine detaylı bir bilgiye sahip olunmuştu. 19.yüzyılda bilim insanları, şunu kesinlikle doğru olarak gözlemlemişlerdi; eğer, bir insan gözünün birçok mekanizmasından herhangi birisini çok talihsizce yitirirse, örneğin bu lensler, iris yâda oraküler kaslardan biri olabilir, kaçınılmaz sonuç, görme yetisinin ciddi bir şekilde kaybı yâda tamamen körlüktür. Böylece gözün sadece bütünüyle eksiksiz olduğunda işlevini gerçekleştirebileceği sonucuna varılmıştır.

Charles Darwin, Türlerin Kökeni adlı kitabında da “karmaşık ve aşırı mükemmel organlar” adlı bölümünde göz problemini ele alarak doğal seçilimle oluşan kendi evrim teorisine gelebilecek olası itirazların farkına varmaktaydı. Şunun da farkına varmıştır ki, göz gibi karmaşık ve mükemmel bir organın parçalarından birisi bile bir nesilde birdenbire ortaya çıksaydı, tamamen mucizeye eşdeğer bir olay olurdu. Bir şekilde Darwinci evrimin ikna edici olabilmesi için, karmaşık organlar hakkında giderek artan bilgileri halkın gözü önünde ortaya konmadan, kaldırılmak zorunda kaldı.

Darwin evrimin gözün oluşturulmasında kullanmış olabileceğini düşündüğü gerçek yolları tanımlayarak teorisini anlatmamıştı. Daha ziyade birçok hayvanın farklı göz yapısına sahip olduğu ve bunların tek hücreli ışığa duyarlı yapılardan karmaşık omurgalı kamera göze değin insan gözünün oluşumda ara formlar olarak yer aldığını önererek, dâhice bir şekilde teorisini savunmada hayranlık uyandırıcı bir şekilde başarılı olmuştu.

Fakat hala sorumuz ortada durmaktadır. Nasıl görürüz ?

Her ne kadar Darwin dünyanın genelini, modern gözün tedricen birikimli olarak gelişen basitçe bir yapıdan oluşturulabileceği hususunda ikna etmede başarılı olmuşsa da, bu tek hücreli ışığa duyarlı yapının nasıl olup ta bunu gerçekleştirdiği açıklamaya çalışmamıştır bile.

Konu gözün nihai karmaşık yapısına geldiğinde Darwin bunu düşünmemeyi yeğlemişti. Bir sinirin nasıl olup ta ışığa duyarlı hale geldiği bizi hayatın kendisinin nasıl oluştuğu sorusundan çok daha az ilgilendirmektedir. (1) Darwin’in bu soruya cevap vermeyişinin mükemmel bir nedeni vardı.19.yüzyıl bilimi, konunun vardığı yeri inceleyecek durumda değildi. Gözün nasıl işlediği sorusu-bir fotonun ışık demetinin retinaya düşmesi-en basit olarak o zamanda yanıtlayamazdı. Hayvan kasları nasıl harekete neden olur? Fotosentez nasıl işler? Enerji nasıl yiyeceklerden temin edilir? İnsan bedeni hastalıklara karşı nasıl savaşmaktaydı? O zamanlar kimse bunları bilmiyordu.

Kalvenizm

İnsan zihninin karakteristik yapısı olarak şimdilerde gözükmektedir ki, bir sürecin mekanizmalarının bilgisinden yoksun olunduğunda insan zihni, rahatlıkla, işlemeyen, etkisiz yapı basamaklarının, kusursuzca işleyen yapılara dönüşebileceğini hayal edecektir. Buna en güzel örnek komedi dizisi Kalvin ve Hobbes’tir. Kalvin yakın arkadaşı Hobbes ile beraber küçük bir kutunun içersine atlayarak zamanda yolculuk yapan yâda oyuncak bir silah yardımıyla kendilerini çeşitli hayvan şekillerine dönüştüren yâda bir çoğaltıcı kullanarak kendi kopyalarını üretip dünyasal kuvvetler olan anne ve öğretmenlerinle uğrasan macera tutkunu küçük bir oğlandır. Kalvin gibi küçük bir çocuk çok kolaylıkla bir kutunun bir boeing uçağı gibi uçabileceğini hayal edebilir, çünkü Kalvin’in uçağın nasıl çalıştığı ile ilgili bir bilgisi yoktur.

Kompleks değişikliklerin nesiller içersinde kendiliğinden oluştuğu inancı biyoloji dünyasının Kalvin benzeri bir rüyasıdır. Doğal süreçte karmaşık gelişimlerin kendiliğinden oluştuğunu öne süren evrim teorisinin belli baslı savunucularında biride 19.yüzyıl ortalarına değin Ernest Haeckel olmuştur. Kendisi Darwinin büyük hayranlarından ve teorisinin gönüllü savunucularından biriydi.19.yüzyıl mikroskoplarının sağladığı kısıtlı görüş, Haeckel’i bir insan hücresinin “karbon çorbasından oluşmuş küçük bir lamba” olduğuna inandırmıştı,(2)Yani bir çeşit mikroskobik jel. Böylece Haeckel’e, bu tip basit bir yasamın rahatlıkla cansız materyallerden oluşturulabileceğini mantıklı görmüştü.1859’da, yani Türlerin Kökeni’nin yayın tarihinde, bir deniz kâşifi olan, H.M.S Cyclops, deniz tabanında garip görünümlü az miktarda çamur çıkardı. Sonuç olarak Haeckel çamuru incelemek üzere geldi. Bu çamuru incelediğinde, içersinde bazı hücre yapılarını bulacağını düşünmüştü.

Heyecanla bu çamuru Thomas Henry Huxley dikkatine sundu, Sir Huxley de bizzat Darwinin büyük dostu ve hayranıydı. Huxley’in bizzat kendiside şuna inandı ki, bu çamur Urschleim (bu protoplazmadır) yapısıydı, hayatın kendisinden oluştuğu şeydi ve Huxley bu çamura Bathybius Haeckelii ismini verdi.

Çamur büyümedi! Takip eden yıllarda, gelişen yeni biyokimyasal teknikler ve mikroskoplarla, hücrenin karmaşıklığı açığa çıkarıldı. Bu basit karbon yığınının, binlerce farklı molekül çeşidi, protein ve nükleik asidler, birçok hücre altı yapıya, belirli görevler için özelleşmiş parçalar ve aşırı derecede karmaşık bir mühendisliğe sahip olduğu gözlemlendi. Bizim zamanımızın perspektifinden bakılınca, Bathybius Haeckelii’nin hikâyesi aptalca ve gerçektende can sıkıcı görünür. Ama öyle olmamalı, Haeckel ve Huxley doğal olarak bu hikâyeye inanıyorlardı, tıpkı Kalvin gibi: Hücrenin bu karmaşıklığından haberdar olmadıkları için bu hücrenin zaman içinde basit bir çamurdan oluşabileceği onlara inanması kolay bir hikâye olarak gelmişti.

Darwinizmin tarihi boyunca, buna benzer sayısız örnek vardı. Bu genelde bilimsel bir bulmacanın o zamanın bilimsel yetisi ve bilgisinin üzerinde olmasında kaynaklanır. Bilimde, bir makine, bir yapı yâda sürecin bir eylem yapması fakat bunu gerçekleştiren mekanizmaların bilinmemesinden ötürü “Kara Kutu “adlı garip bir terim vardır. Darwinin zamanında hemen hemen tüm biyoloji bir kara kutuydu, sadece hücre yâda göz değil sindirim ve bağışıklık sistemleri gibi birçok konuda böyleydi Çünkü nihai olarak hiç kimse biyolojik sürecin nasıl oluştuğunu açıklayabilecek durumda değildi.

Yeni Darwinci Hareketin önderlerinden olan ünlü tarihçi ve biyolog Ernst Mayr bu gerçeğe şu şekilde değinmiştir. (3)

Herhangi bir bilimsel devrim tüm çeşitleriyle Kara Kutuları kabul etmek zorundadır, bunun için eğer birileri tüm kara kutuların açılmasına kadar beklemek zorundaysa, bu kişinin zihinsel gelişmeler göstermesi asla mümkün olamayacaktır.

Bu doğrudur. Fakat daha önceki günlerde tüm kara kutular nihayet açıldığında bilim ve bazen de tüm dünya değişmeye başlamıştı. Biyoloji Darwin’in ileri sürdüğü modele kıyasla olağanüstü gelişme gösterdi. Şimdi Darwin’in kabul ettiği Kara Kutular teker teker açıldı ve dünya görüşümüzde temelinden sarsıldı.

Proteinler

Hayatın moleküler temelini anlamak için, protein adı verilen şeylerin nasıl çalıştığını anlamak zorunludur. Her ne kadar çoğu kişi “proteinlerin” yenilecek bir şey olarak düşünse de, proteinler vücuda (hayvan ve bitki proteinleri olarak) değişik amaçlarla hizmet ederler. Proteinler, esasen yaşayan dokuların makineleri olarak gerekli yapıları inşa eder ve hayat için zorunlu olan kimyasal reaksiyonları gerçekleştirirler. Örneğin, şekerin biyolojik olarak kullanılabilecek yapıya dönüştürülebilmesi için gerekli birçok basamak “Hexokinase” adlı bir proteince yapılır. Deri, ‘‘Collagen’’ adı verilen proteinden yüksek miktarda içermektedir. Işık gözünüzde retinaya düştüğünde ‘‘Rhadopsin’’ adlı proteinle ilişkiye geçer. Burada ki kısıtlı sayıdaki örnekte görüldüğü gibi proteinler birçok farklı işlevi gerçekleştirirler. Bununla beraber, genelde yukarıda verilen her bir protein bir yâda birkaç işlevi gerçekleştirebilir: Ama Rhadopsin deri üretmede kullanılamayacağı gibi Collagen de ışık ile ilgili isleri gerçekleştiremez. Bu yüzden tipik bir hücrede binlerce ve binlerce değişik yapıda ve sayıda hayat için gerekli birbirinden farklı birçok görevi yerine getiren protein bulunur. Tıpkı bir marangozun çeşitli marangozluk işleri için kendisine gerekli değişik aletlere sahip olması gibi.

Bu çok yönlü alet edevatın görünümü nasıl? Proteinlerin temel yapısı oldukça basittir. Proteinler, amino asid adı verilen alt yapıların birbirine bağlanmasıyla oluşur. Her ne kadar protein zinciri 50 ile 100 amino asid bağlantısıyla oluşabilse de, her pozisyon yirmi değişik amino grup asitten birini içerebilir. Bu şekilde proteinler kelimeler çok benzer, Kelimeler çeşitli uzunluklara sadece 26 harfin oluşturduğu harfleri kullanarak ulaşabilir. Şimdi bir protein, yumuşak bir zincir gibi yüzemez, bunun yerine oldukça farklı türdeki proteinler için tamamıyla değişik belirli yapılar oluşturur. İki farklı amino asid dizilimi yani iki farklı proteinden 3–8 inç arası birbirlerinden farklı ve ayrı olarak özelleşmiş zincir şeklinde yapılar oluşabilir. Aynen ev araç gereçleri gibi, eğer proteinlerin şekillerinde belirgin kırılmalar ve bozukluklar olursa, diğerleri de işlevlerini yerine getiremez.

İnsanın Görme Yeteneği

Genelde, moleküler seviyede biyolojik süreç protein ağlarınca gerçekleştirilir. Her bir üye zincirde özel bir görevi yerine getirir.

Tekrar nasıl görürüz? Sorusuna geri dönelim. Her ne kadar Darwinin görme olayı üzerindeki açıklamaları kara kutu olsa da, birçok biyokimyacının hâlihazırdaki görme yeteneği sorusuna cevap bulma çabasındadır.(4) Işık retinaya çarptığında,11-cis-retinal adı verilen organik bir molekül tarafından foton emilir ve saliseler içersinde trans-retinal tarafından düzenlenmesi sağlanır. Retinal güçlerin şeklinin değişimi, rhadopsin proteinini, yapısını değiştirmeye zorlayarak sıkıca bağlanmasını sağlar. Protein başkalaşımlarının sonucu olarak, protein davranışları özel olarak farklılaşır. Değişen protein şimdi transducin adı verilen proteinle ilişkiye girebilir. Rhadopsinle etkileşimden önce transducin, GDP adlı küçük bir organik moleküle sıkıca bağlanır, fakat transducin, rhadopsinle bağlandığı anda GDP kendisini transducinden ayırır. Bu moleküle de GDP ye çok benzeyen GTP adı verilir ama transducinle bağlanan GDP den belirgin biçimde farklıdır.

GDP’nin GTP’ye transducinrhodopsin bileşkesi içinde dönüşümü GTP’nin davranışını değiştirir. GTP-transducinrhodopsin phosohodiesterase adlı bir protein vasıtasıyla hücrenin iç duvarına yerleşip bağlanır. GTP-transducinrhodopsinle bağlanınca, phosohodiesterase cGMP adlı molekül yardımıyla kimyasal bölebilme yeteneği kazanır. Fakat phosohodiesterasemsin etkileşimi cGMp’nin yoğunluğunu azaltır.

Phosohodiesterase proteinin etkileşime girişi suyun seviyesini azaltmak için banyo küvetinin tıpasını çekmeye benzetilebilir. cGMp’le bağlanan ikinci zar proteinine, iyon kanalı adı verilir, hücre içersinde sodyum iyonlarının sayısının düzenlenmesinde görevli özel bir kanaldır. Normal olarak iyon kanalı, sodyum iyonlarını hücre içersine akmasını sağlar, aynı anda başka bir proteinde onları dışarı püskürtür. İyon kanalı içersindeki bu ikili etkileşimin sonucu olarak hücre içersindeki sodyum iyonlarının seviyesi dar bir aralıkta seyreder. cGMp yoğunluğu normal değerinden Phosohodiesterase tarafından parçalanarak düşürüldüğünde, birçok kanal kapanır ve bu artı yüklü sodyum iyonlarının hücresel yoğunluğunun azalmasıyla sonuçlanır. Bu hücre zarı üzerinde, elektriksel yüklerin dengesizliğine yol açarak sonunda retinaya düsen il ışığın optik sinirler vasıtasıyla beyne taşınmasına sebep olu. Beyin de analiz edilen nihai sonuç görüntüdür.

Eğer biyokimyasal görmeyi yukarıdaki gibi kısıtlı reaksiyonlarla özetlersek, hücre 11-cis Retinal ve cGMp depolarını tüketirken aynı zamanda sodyum iyonlarını da tüketmektedir. Böylelikle sistemi için gerekli miktarda sinyalin üretimi ve hücrenin gerekmediğinde ilk haline dönmesi sağlanır. Bunu gerçekleştiren birçok mekanizma vardır. Normal olarak karanlıkta, iyon kanalı, sodyum iyonlarına ek olarak kalsiyum iyonlarının da hücre girmesine izin verir. Kalsiyum dışarıya farklı bir protein yardımıyla atılarak hücresel dengeli bir kalsiyum yoğunluğunun oluşması sağlanır. Bununla birlikte, cGMp seviyesindeki düşüşle iyon kanalının kapanması sonucu sodyum iyonlarının seviyesi azalmadığında, kalsiyum iyonlarının yoğunluğu da azalır. cGMp’yi ortadan kaldıran phosohodiesterase enzimi salınımı düşük kalsiyum yoğunluğunda oldukça yavaşlatılır. Buna ek olarak guanylate cyclase adlı proteinde kalsiyum seviyesi düşmeye başladığında cGMP’yi sentezlemeye başlar. Aynı anda, tüm bunlar devam ederken rhodopsin kinase adlı diğer bir enzim kimyasal olarak metorhodopsin II adlı proteini oluşturur. Bu protein fosfat grubunun yerini alır. İşlenmiş rhodopsin çift arrestin proteinince bağlanır, böylece rhodopsinin traduscinle daha fazla etkileşimde bulunmasını önler. Görüldüğü üzere hücre tek bir foton tarafından tetiklenen güçlendirilmiş sinyali sınırlandıracak mekanizmayı içermektedir.

Trans-retinal neticede rhadopsin molekülünden ayrılmalı ve 11-cis-retianal’e çevrilmelidir. Ve tekrar opsin tarafından bağlanarak diğer bir görme eylemi için rhodopsin yeniden üretilir. Trans-retinal i gerçekleştirmek için ilk olarak transretinol adlı iki ek hidrojen atomu taşıyan bir enzimce güçlendirilir. İkinci enzimde molekülü 11-cis-retinal haline getirir. Son olarak üçüncü bir enzim daha önce eklene iki hidrojen atomunu ayırarak, döngünün tamamlanmasını sağlar.

Hayatı Açıklamak

Her ne kadar görme yetisinin biyokimyasal birçok detayı yukarıda anlatılmasa da, bu kısa özet şunu göstermektedir; bu süreçler görmeyi açıklamamızın ne kadar zor olduğunu anlamamızı sağlar. Biyoloji biliminin vardığı ve hedeflediği açıklama seviyesi de budur. Bir görevin anlaşıldığını söyleyebilmek için, o görevle ilgili her basamağın aydınlatılması gerekir. Bu ilgili basamaklar nihai olarak biyolojik süreç içersinde moleküler seviyede oluşur. Böylece görme, sindirim yâda bağışıklık sistemi gibi biyolojik fenomenleri tatmin edici açıklamaların elde edilebilmesi için moleküler açıklamanın da dâhil edilmesi zorunludur. Yoksa hiçbir zaman yeterli bir açıklama oluşturulamaz, görme yetisinin “Kara Kutusu” artık açılmıştır. Bu yetimizin evrimsel açıklaması, tıpkı 19.yüzyılda Darwinin ve bugün maalesef birçok evrim taraftarının yaptığı gibi, gözün sadece anatomik yapıları çağrıştırır fakat biyolojinin bu seviyesinde anatomi oldukça basit ve güvenilmezdir. Tabi fosil kayıtları da öyledir. Aslında fosil kayıtlarının Darwinci evrim teorisiyle uyumlu olması günlük tecrübelerimizin ve deneyimlerimizin Newton teorisiyle uyumlu olmasının fiziği ilgilendirmesinden önemli değildir. Fosil kayıtları bize, 11-cis-retinal’in rhodopsinle etkileşiminin nasıl olduğu yâda traducin ve phosohodiesteraseden basamak basamak gelişimi hakkında hiçbir şey söylemez. Ne biyo coğrafyanın şablonları ne popülâsyon genetiği nede evrim teorisi ana organlar yada ( kambriyen devrindeki) tür bolluğunun kendisi için bir açıklama getiremez. Ama Darwinci patikaları ironik bir biçimde çürütebilir.

Darwin 19.yüzyılda “Bir sinirin ışığa nasıl duyarlı olduğu bizi hayatın nasıl oluştuğundan çok daha az ilgilendirmektedir” demiştir. Her iki fenomende biyokimyanın ilgisini çekmektedir. Hayatın oluşumu üzerine yapılan araştırmaların felç olusunun hikâyesi oldukça ilgi çekicidir. Hayatın oluşunu inceleyen çalışma alanının her biri güvenilmez, ciddi olarak eksik ve diğer sunulan bazı modellere göre boy ölçülemeyecek denli tutarsızlık içinde tartışmalı modeller olması, bu evrimsel çalışmaların çözülmek üzere olduğunu söylemek için yeterli olacaktır.(5)

Bu çalışmanın asıl amacı hayatın kökeni araştırmalarını kapsayan benzeri problemleri ve art niyetli gayretleri göstermek, herhangi bir biyokimyasal karmaşık sistemin gerçektende nasıl var olduğunu ortaya koymaktır. Biyokimya bütün organizmanın seviyelerine uygulanan, Darwinci Teoriyle açıklanmayı reddeden bir moleküler dünyanın kapılarını bizlere açmıştır. Ne Darwin’in Kara Kutuları, ne hayatın oluşumu, ne diğer karmaşık biyolojik sistemler o görevle ilgili her basamağın aydınlatılması gerektiren bir şekilde Darwinin teorisince açıklanabilir.

İndirgenemez Karmaşıklık

Türlerin Kökeninde Darwin;

Eğer her hangi bir karmaşık bir organın, küçük, başarılı ve sayısız değişiklikle oluşamayacağı gösterilirse, teorim kesinlikle geçersiz olacaktır.”demektedir .(6) Darwin’in kriterini karşılayan şey indirgenemez karmaşıklık sistemidir. İndirgenemez karmaşıklıkla söylemek istediğim birçok etkileşimli parçadan oluşan, temel bir görevi yerine getiren yâda katkıda bulunan tek bir sistemdir. Bu tür bir sistem, tedricen, küçük, başarılı öncü değişikliklerle üretilemez. “Çünkü doğal seçilim işleyen bir görevi seçmeye dayanır. Bir indirgenemez karmaşık sistemin, eğer böyle bir şey varsa, doğal seçilim için tam bir bütün olarak çalışır halde aniden oluşması gereklidi . (7)

Evrensel olarak, Darwinin ön gördüğü tedrici gelişimle böyle ani bir gelişim sıçramasının oluşması arasında uzlaştırılamaz bir boşluk olduğu itiraf edilmiştir. Bu noktada, her ne kadar “indirgenemez karmaşıklık” sadece bir terimse de, asıl gücü kendi tanımlamasından gelmektedir. Artık şunu istemek zorundayız, eğer herhangi bir canlı şey indirgenemez karmaşıklığı içinde barındırıyorsa, o halde bu şeyler indirgenemez karmaşık biyolojik sistemlerdir.

Fare kapanları evimize gelen davetsiz misafirlerle mücadelede kullanılır, birkaç parçadan oluşurlar. Bunlar(1)tahta bir platform,(2)esas görevi farenin isini bitirmek olan metal çekiç,(3)platform üzerinde, kurulunca çekice gerilme kuvveti veren tel yay,(4)üzerine basınç uygulandığında yayı serbest bırakan tutma kolu,(5)tutma koluna bağlı olan ve çekici kaldırarak tuzağın islemesini sağlayan metal boru. Eğer fare kapanının bileşenlerinden (taban, çekiç, yay, tutma kolu, metal boru)herhangi birisi sistemden çıkarılırsa, tuzak görevini yapamaz. Diğer bir değişle, küçük basit fare kapanı üzerinde kendini oluşturan tüm ayrı parçalar sistemli bir şekilde birleştirilmez ise, bu sistemin fare yakalamak için hiçbir yetisi olamayacaktır. Çünkü fare kapanı, birçok parçanın bilinçli birleşimiyle oluşması gereklidir, yani indirgenemez karmaşıklıktadır. Sonuç olarak bu sistemler her yerde vardır.
Moleküler Makineler

Şimdi şunu ele alalım, herhangi bir biyolojik sistem indirgenemez karmaşıklıkta mıdır? Evet, gözüken birçoğunun indirgenemez karmaşıklık da olduğudur. Daha önce proteinleri inceledik. Birçok biyolojik yapıda proteinler daha büyük moleküler makinelerin basit yapılarıdır.Tıpkı televizyon gibi, kablolar, metal mandallar, vidalar bir televizyonu oluşturması gibi, birçok protein gerçekten tüm bileşenlerin bir arada isler bulunduğunda sadece görev yapan yapıların parçalarıdır. Buna güzel bir örnek cilium dur.

Cilialar bitki hücreleri ve birçok hayvanın yüzeyinde bulunan, sıvının hücre yüzeyinde taşınmasına yâda teli hücrelerin sıvı yoluyla itilmesinde görevli saç benzerin organ ellerdir. İnsanda, örneğin nefes alma borusu boyunca uzanan epithelial hücrelerin her birin de ortalama 200 cilia eşgüdümlü olarak mukusu gırtlağa doğru, mikropları elemesi için şiddetli bir şekilde itmektedir. Bir cilium fiber kablolar yumağını oluşturan ve adına axomene denen yapılardan oluşur. Bir axomene, iki merkezi tekli microtüb’ün çevrelediği 9 çiftli mikrotübler dizinini içerir. Her dış çift 13 filamentli(ince tel) (subfiberA) dizini,10 filamentli (subfiber B) birleşimi ile kaynaşır. Mikrotüblerin filamentleri alpha ve beta tubulin adı verilen iki proteince oluşturulur. Bir axomene oluşturan 11 mikrotüb, üç farklı birleştirici tarafından tutulur. Alt teller (subfibers) merkezi mikrotüblerle merkezden çıkan tellerce birleştirilir.(radyal spokes);bitişik dış çiftler nexin adlı yüksek esnekliğe sahip proteince oluşturulan bağlar tarafından merkezi birleştirici bir köprü tarafından bağlanır. Son olarak her alt filament(subfiber A),iç ve dış el adlı dyenin içeren iki el meydana getirir.
Fakat cilium nasıl çalışır? Deneyler şunu göstermektedir ki ciliar hareket bir mikrotüb üzerindeki kolların kimyasal “güçle” yürümesi yani bu mikrotübün komşu alt filamenttin (subfiber B)ikinci mikrotübüne bağlanarak, bu şekilde iki mikrotübün birbirlerinin berisine kayması sonucunda oluşur. Bununla beraber, bütün bir cilium içersinde, mikrotüblerin arasındaki çapraz bağlar, küçük bir mesafe dışında, birbirlerini sürgülemesini önler. Bu çapraz bağlar, bundan dolayı dyenin ‘in neden olduğu sürgülü kayma hareketini tam olarak bir axomene (bükme) hareketine dönüştürür.

Şimdi, arkamıza bir yaslanalım, cilium çalışmasını ve bunun ne demek olduğunu bir gözden geçirelim. Cilia en az yarım düzine proteinden oluşur; alpha-tubilin, betatubilin, dyenin, nexin, spokes protein ve bir merkezi köprü proteini. Bunlar bir görevi yani ciliar hareketi yerine getirmek için bir aradadır ve tüm bu proteinlerin her biri ciliar hareketin işlemesi için vazgeçilmezdir. Eğer tubulinler eksik olsa, sürülü kayma hareketi filamentler için olmayacaktı, eğer dyenin olmasaydı, cilium katı ve hareketsiz kalacaktı, eğer nexin olmasaydı diğer birleştirme proteinleri, axomene, filamentler kayarken aniden bütünden kopardı. Cilium’um içinde gördüğümüz sadece komplekslik değil moleküler düzeyde indirgenemez karmaşıklıktır. Hatırlarsanız “indirgenemez karmaşıklıkla’’ söylemek istediğimiz birçok farklı birleşenden oluşarak bir bütünün islemesini sağlayan bir organın yapısıdır. Benim fare kapanım bir platforma, çekice, yay, kaldırma koluna ve tuzağa sahiptir. Hepsi aynı anda birlikte bir görevin yerine getirilmesi için çalışmaktadır. Benzer olarak, cilium oluşturduğu üzere kayma filamentlerin, birleştirme proteinlerin ve motor proteinlerin işlevin sürmesi için bir arada olması gereklidir. Birleşenlerden bir tanesinin bile eksik olması, aleti işlemez hale getirmektedir.

Cilianın birleşenleri tek moleküllerden oluşur. Bunun anlamı, artık cilium içinde başka kara kutular aramanın gereksiz olduğudur, ciliumun karmaşıklığı nihaidir, temeldir. Bilim adamları, hücrenin karmaşıklığını öğrenmeye başladıklarında, bunun okyanus çamurunda ufak değişikliklerle rasgele hayatı oluşturduğunu düşünmenin ne kadar ahmakça olduğunun farkına vardılar. Böylece bizde karmaşık cilium yapısının azar azar giderek artan basamaklarla oluşamayacağının farkındayız. Fakat ciliumun indirgenemez karmaşıklığın anlaşıldığından dolayı, ciliumun işleyen bir önceki evrimsel modeli bulunamayacaktır, böylece bir önceki bir nesle sahip olamayan cilium doğal seçilim mekanizmalarınca oluşturulamaz. Çünkü doğal seçilim adı üzerinde seçmek üzere işleyen bir yapının gelecek nesilde nüfusunu sürdürebilmesi için seçilebilmesine dayanır. Doğal seçilim çalışan bir yapı bulunmadığında hiçbir şey ifade edemez. Daha da açık olursak, eğer cilium doğal seçilimle oluşturulamayacak bir yapıysa, cilium tasarlanmıştır.

“Moleküler Evrim” Çalışması

İndirgenemez karmaşıklığın moleküler seviyede sayısız örneğinden, mesela protein taşınması, kan yapımı, kapalı dolanımdı D.N.A yapısı, elektron taşınması, bacterium flagell),hücrenin hayatını uzatan telomeres yapıları, fotosentez, kopyalama sistemi ve daha birçokları…

İndirgenemez karmaşıklığın örnekleri biyokimya ders kitaplarının hepsinde bulunabilir. Fakat bu yapıların hiçbiri Darwinci evrim sürecince açıklanamaz. Peki, geçen kırk yılda bu fenomeni bilim dünyası nasıl kabul etmişti?

Buna verilebilecek güzel bir cevap Moleküler Evrim Gazetesindedir. JME (Journal of Molecular Evolution). Bu gazetenin temel amacı, Darwinci evrimin moleküler düzeyde nasıl oluştuğunu araştırmaktır. Gazetenin yüksek bir bilim standardı ve bu alanda çok saygın bir yeri vardır. JME’nin bu yazı yazıldığında (1997) yayınladığı son 11 makalede, D.N.A ve protein diziliminin analizleriyle alakalıdır. Makalenin hiçbirinde biyo moleküler yapıların karmaşıklığın gelişimindeki ara formların detaylı modellerine rastlanmamıştır. (doğal olarak).Son on yıl içersinde JME 886 kez yayımlandı. Bunlardan 95’i hayatın oluşumu için zorunlu olduğu düşünülen moleküllerin kimyasal sentezleriyle, 44’ü dizilim analizlerini geliştirmek için ortaya konan matematiksel modellerle, 20’si var olan yapıların evrimsel gönderimleriyle, 719’u polinükloitid dizinlerin yâda protein analizleri ile ilgiliydi. Maalesef karmaşık biyo-moleküler yapıların gelişiminde ara formların detaylı analizleri için hiçbir makale yayımlanmadı. Bu JME’nin bir acayipliği değildir. Bu tür ara formların biyo moleküler yapılardaki durumunu inceleyen herhangi bir makale (makale yayınladığına değin) ne Ulusal Bilim Akademisi, (Natural Academy Of Science) ne Nature nede Science gibi bilim dergilerinde yâda benim bildiğim başka bir yayında yayımlandı.

Moleküler evrim literatüründe dizilim karşılaştırmaları yoğun şekilde yer alır. Fakat dizilim karşılaştırmaları karmaşık biyo kimyasal sistemlerin oluşumunda tıpkı Darwinin basit göz yapılarıyla karmaşık yapıları karşılaştırıp gözün nasıl çalıştığını anlaması gibi herhangi bir rol oynamaz. Bundan dolayı, bilim bu alanda dilsiz gibidir. Bunun anlamı bizim karmaşık biyo kimyasal sistemler tasarlanmış çıkarımını yaptığımızda, bizler ne bir deneysel sonucu yadsımakta nede başka bir teorik çalışmanın açıklamasıyla çelişmekteyiz. Hiçbir deneyin sorgulanmasına da gerek yoktur. Sadece tüm deneylerin tıpkı Newton’un evreninin, maddenin ikiliğinin parçacık boyutunda ortaya çıkarıldığında yeniden yorumlanması gibi tekrar gözden geçirilmeye ihtiyacı vardır.

Sonuç

Sıkça söylendiği üzere bilim fizikötesine gönderimde bulunmaktan kaçınmak zorundadır. Fakat bu hem kötü bir mantık hem de kötü bir bilim anlayışı gibi geliyor. Bilim keyfi kuralların, hangi açıklamanın yapılması gerektiğine karar vermede kullanılan bir oyun mekanizması değildir. Bunun yerine, fiziksel gerçeklikle ilgili olarak ilgili doğru tanımlamaları yapma çabasıdır. Sadece 60 yıl önce, evrenin genişlemesi gözlemlendi. Bu gerçek doğal olarak başka bir olayı da önermekteydi-uzak bir geçmişte evrenin oldukça küçük bir yapıdan genişlemeye başlamıştı.

Birçokları için bu çıkarım, fizikötesi olayı çağrıştıran yani yaratılısı, evrenin başlangıcı olduğunu gösteren tınılar içermekteydi. Fizikçi A.S Eddiggtton böyle bir betimlemeye karşı duyduğu tiksintiyi bir konuşmasında şöyle dile getirmiştir (8) :

Felsefi olarak, doğanın şu anki düzeninin bir patlamayla olduğu düşüncesi bana tiksindirici gelmektedir. Çok uzak bir zaman dilimindeki bu dolambaçlı oluşum yani Tanrı ve onun dünyası arasında gerçek bir ilişki olduğu kanısı, zihin için doyurucu bir kanıt değildir.

Nitekim, Büyük Patlama hipotezi bilimce kucaklanmış ve geçen yıllarda evrenin açıklanmasındaki en verimli paradigma olduğunu kanıtlamıştır. Buradaki esas nokta fiziğin, bazılarının düşündüğü modelin dini açılımlara yardım etmesine ve olanak tanımasına karşın, bilgiyi kendisini yönlendirdiği biçimde takip etmesidir. Günümüzde, moleküler biyolojinin müthiş derecede karmaşık moleküler sistemleri açığa çıkarmasıyla ki bu sistemler kendilerinin nasıl oluştuğu sorusunun açıklanması denemelerinin bile cesaretini kıracak kadar mükemmeldir. Öyleyse, bizde biyolog bilim adamları olarak fizik biliminden bir ders almalıyız. Tasarımın kendisi doğal olarak bilgiden kaynaklanır, bundan kaçınmamamız gereklidir. Aksine bu bilgiyle kucaklaşmalı ve onun üzerine yeni açılımlar koymalıyız.

Sonuç olarak şunu fark etmek çok mühimdir. Bizler bilgimiz dâhilinde olanlardan tasarım çıkarımını yapmaktayız. Bizler tasarım çıkarımını kara kutuları açıklamak için değil, aksine açık kutuları izah etmede kullanıyoruz. Otomobili gören ilkel kültürden bir arabanın altında bir antilobun saklanarak ona bu hızı verdiğini düşünebilir, fakat otomobilin kaputunu açıp motoru gördüğünde birden bunun bir tasarım olduğunu kavrar. Aynı şekilde moleküler biyolojide hücreyi açmış ve içersinde neler meydana geldiğini görmüştür, hücre tasarlanmıştır. Doğal seçilim 19.yüzyıl insanları için bir soktu, bilimin yaptığı gözlemler, biyolojik dünyanın birçok konusunun doğal seçilimin düzenli ilkelerine dayandırmaktaydı. 20.yüzyılda bilimin yaptığı gözlemlerden elde edilen gerçekler bizim için soktur. Hayatın temel mekanizmaları doğal seçilime atfedilemez. Bu yüzden bu mekanizmalar tasarlanmıştır

Ama bizler bu şoktan kurtulmalı ve elimizden gelenin en iyisini yaparak katkıda bulunmaya devam etmeliyiz. Yönlendirilmemiş Evrim Teorisi çoktan ölmüştür, fakat bilimin çalışmaları sürmektedir.

Bu çalışma ilk olarak Cambridge Üniversitesi C.S Lewis Vâkıfının 1994 yılındaki toplantısında sunulmuştur.

Kaynakça

Michael J. BEHE

Orijinal metni: http://www.arn.org/docs/behe/mb_mm92496.htm bulabilirsiniz.

1.Darwin, Charles (1872)Türlerin Kökeni 6.Basım(1998)sayfa 151,New York Üniversitesi
Yayınları.
2.Farley, John(1979) Operinden Dekarta Kendilerinden Var Olan Nesiller Tartışması,2.Basım sayfa 73 Johns Hopkins Üniversitesi Yayınları, New York
3.Mayr. Ernst(1991)Bir Uzun Tartışma, Sayfa 146,Harward Üniversitesi Yayınları, Cambridge
4.Devlin, Thomas M.(1192)Biyokimyanın Kitabı.sayfa938954,WileyLiss, New York
5.Washington üniversitesi Retorikçisi John Angus Campell “Büyük ve gösterişli fikirler pozitivizm gibi asla gerçekten ölmez. Düşünen insanlar zaman içinde bunları terk eder ve hatta bunları kendi aralarında alay konusu yaparlar, fakat ikna edici yararlı kısımları bilgisizleri korkutmak için daima kullanırlar.”Bilim Retoriği ve Komik Bir Gösteri;
Darwinin Kökenindeki Ahlak ve Epistemoloji” Rhetoric Society Quaterly24,sayfa2750(1994).

Bu kitapta ki eleştiri bilimsel dünyanın hayatın oluşumu ile ilgili takındığı tavra göndermede bulunmakla kalmıyor, Ortodoks bilimin(Evrimi tartışılmayacak denli kesin bir doğru olarak gören skolâstik dogmacı bilim adamları)izlediği yöntemin ne olduğunu açıkça dile getiriyor.

6.Darwin, sayfa 154
7.Voet, D& Voet, J.G.(1990)Biyokimya,sayfa11332139,John Wiley&Sons, New York
8.Stanley L.(1990)Kozmos ve Yaratıcı, sayfa 56,Gateaway Yayınları, Chicago.

http://www.arn.org/behe/mb_articles.htm

diğer tüm makalelerini bulabilirsiniz. Michael J.BEHE-1974’te Kimya dalında Drexel Üniversitesinde bilim adamı unvanı aldı.1978’de Pennsylvania Üniversitesinde Biyokimya dalında Master yaparak, doktora sonrası çalışmalarını New York Üniversitesi Queens Collage’da Kimya dalında yardımcı Profesör olarak sürdürdü, 1985’de Lehigh Üniversitesine Biyolojik Bilimler Bölümü sorumlu Profesörü olarak çalışmalarına devam etti.

Reklamlar

2 thoughts on “MOLEKÜLER MAKİNELER

  1. Sayın Murat Bey tam metni blog içine ekledim..Uyarınız ve ilginiz için müteşekkirim.

Yorumlar kapatıldı.