HÜCRENİN KARGO GÖREVLİSİ

TED konuşmasında bahsedilen motor proteinlerinin (Kinesin) nasıl yürüdüğünü bulan Sakarya doğumlu bilim insanı Arif Yıldız’dır. Bu çalışması sayesinde prestijli bilim dergisi Science tarafından ‘2005 Yılının Genç Bilim Adamı’ seçildi ve dergiye kapak oldu. Bu ödülü alan ilk Türk olarak tarihe geçmiştir.

ZİHİN VE KOZMOZ

       Mustafa Ajlan ABUDAK

    ATEİST BİR PROFESÖR DARWIN KARŞITI NASIL OLUR?

Thomas NAGEL‘ın son kitabı Zihin ve Kozmoz (Mind & Cosmos) ABD bilim çevresinde ses getirmeyi başardı. Kendisi indirgemeci görüşe olan karşıtlığı ile tanınan bir hukuk profesörü. Bu kitabıyla bilincin ortaya çıkması husunda bilim dünyasındaki hakim paradigma olan Neo-Darwinci görüşlere karşı bir argüman oluşturmakta. Tanınan bir ateist olması ise, kitabının mahiyeti ile ilgili ayrıca merak uyandırmakta.

Bir bilim insanının felsefi ya da dini tercihinin yaptığı çalışmaların değerlendirilmesinde önemli olmaması gerektiğini düşünüyorum. Fakat dünya birçok düşünsel ve fikirsel kamplara ayrılmış durumda ve sanki bir fikrin ve düşüncenin çekirdeğindeki önermenin savunulması, onu savunan kişiyi de facto olarak o düşünceyi taşıyan ister felsefi, ister siyasi, ister dini, ister ekonomik olsun, tüm alt grupların savunucusu ve destekçisi olarak kabul edilmesine yol açıyor.

Toptancılık eğilimi maalesef kendini eğitimli ve elit gören akademik dünyanın genelinde görülen bir metastaz. Bu, akademinin Plato’dan beri ilk kez tamamıyla elitlerin elinden alındığı bir bilgi devrimin içinde yaşadığımız halde, akademik olarak eğitim almayanlara düşünce hakkı bile vermek istemeyen bir tür otokratik refleks. Belki de bu sebeple doğal olarak bir düşüncenin sahibi olmasını beklediğimiz kişilerden ” ezber bozan yaklaşımlar ” duymak, hem şaşırtıcı hemde bu ezberi taşıyanlar için yapı sökücü bir nitelik içeriyor. Bu bakımdan da fikri destekleyen açıklamalardan daha fazla, bu fikri savunan veya eleştirenlerin ilgi alanına girebiliyor. Buda onu daha geniş bir perspektifte değerlendirilmesi için bir fırsat sunuyor.

İşte Thomas NAGEL’ın kitabı  Zihin ve Kozmoz yukarıda bahsettiğimiz niteliğe sahip bir yayın gibi durmakta. Bu sebeple kitabı okumuş ve incelemiş birinden (Casey LUSKIN-Discovery Institute) profesörün ID yani Akıllı Tasarım (Teleolojik Evrim) hakkındaki düşüncelerini kitaptan yapılan alıntılarla incelemek faydalı olabilir.

Okumaya devam et

EVRİM ÖNGÖRÜLEBİLİR Mİ? ŞAŞIRTICI BİR DERECEYE KADAR CEVAP EVET

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim elde edilen verilerin sürekli desteklediği üzere holistik bir öğrenme sürecidir. Bunu daha önceki birçok yazımızda neden bu şekilde algıladığımıza değinmiştik. Bir daha kısaca özetlemek gerekirse ;

Eğer bizler organizmaları tasarlamak ve uzak zamanda tasarım amaçlarını gerçekleştirmelerini sağlamak istiyorsak, hayatın kendisini içerisinde bulduğu çevrenin sürekli bir değişim ve düzensizlikler yaşadığını hatırlamak zorundayız. Gerçekten de eğer uzak zamanı hesaba katarsak, olası asteroit çarpışmaları gibi potansiyel yıkıcı değişiklikleri de hesaba katmalıyız. Bunun anlamı, gerçekleştireceğimiz tasarımlarımızın, geniş bir yelpazede var olan yaşamsal meydan okumalara karşı yeterince değişken ve uyumlu olarak yaşam formunun içeriğine yerleştirilmelidir. Ve böylesine bir uyumu sağlayan evrimsel mekanizmaların rastlantısal doğasının gereği, evrim önden yüklemeli durum tarafından yapılandırılan bu tip rastlantısal süreçlerce açıklanan bir süreç olacaktır. Gerçekten de daha önceden de önerdiğim gibi evrim bir öğrenme süreci olarak görülebilir.

Eğer bu evrimsel değişen mekanizmaları rastlantısal değil de bunun yerine yönlendirilmişse, demek ki oluşabilecek tüm potansiyel çözümler ve meydan okumalar, esas hücrenin içerisine kodlanarak daha sonra nihai bir kararlılıkla milyonlarca yıl kendisine ihtiyaç duyuluncaya kadar üretilmiştir. Tasarım Matrisi’nde Mike Genenin açıkladığı gibi:

Belki de bir tasarımcı daha iyi bir çözüm geliştirdi. Popülasyon hücrelerini bilgisayar olarak ele alalım. Bu popülasyon en azından “hayatta kal” adlı genetik bir program tarafından birbirine bağlanan bir sinirsel ağ yapısı olarak düşünülebilir. Artık her bir hücreye çevreyi denetleyen ve çevresel meydan okumalara karşı genomda özel değişiklikleri planlayan bir bilgisayar kurmaya gerek yoktur. Bu asli görev rastlantısal şekilde oluşan mutagenetik süreç yoluyla çevresel meydan okumalara karşı çözümleri masaya koyarak, bunlardan işe yarayanların popülasyonu değiştiren ve de popülasyon tarafından değiştirilmesiyle sonuçlanan bir süreçle gerçekleştirilir. Popülasyon içerisindeki değişimleri takip eden doğal seçilim tasarımcının olasılıklar denizindeki yıkımlara karşı uyum sağlama, öğrenme yetenekleri ile donanmış hücreleri çalıştırarak gerçekleştirmiş olabileceği bir strateji türüdür.

Buna ek olarak, yanal gen transferi ve gen duplikasyonu mekanizmalarını ele alın. Bunlar evrim ve uyum sağlamanın varlığından emin olunması adına oldukça akılcı yollardır. Her iki mekanizmada önden yüklemeli bir evrimi yankılamaktadırlar.

Kitabı Tasarım Matrisi’nde yine  Mike Gene:

Gen duplikasyonu yukarıda bahsedilen tasarım sorunlarını basit bir yolla çözer. Çünkü hücreler kendini çoğaltırken aynı zamanda mutasyona uğratıp yeni çözümler ararken, temel tasarlanmış yapıyı koruyabilir. Temel yapıda korunduğu müddetçe, yeni işlev için oluşan yol da korunup çoğaltılabilir. Bu önden yüklemeli tasarımcı için harikulade bir çözümdür. Tek bir süreçle bizler hem orijinal tasarımı üretip çoğaltabilir ve ilk tasarımı silmeden, ikincil tasarımlar için var olan şemayı düzenleyip yeni açılımlar ortaya koyabiliriz. İstikrar (stability) ve değişim. Hepsi tek bir paketin içerisinde mevcuttur. 1

Evrim, çoğunlukla bir dizi rastgele değişiklikler gibi algılanmıştır, fakat aslında yeni araştırma sonucuna göre, evrim oldukça geniş bir yelpazedeki türlerin paylaştığı çevresel bir baskıya karşı üretilen basit ve tekrar eden genetik çözüm tarafından yönlendirilmektedir.

Princeton Üniversitesi, Science dergisinde türlerin genlerinin bilgisinin – ve bu genler tarafından kodlanan proteinlerin dış koşullardan ne derecede etkilendiğini – dış faktörlerin yönlendirmesiyle öngörülebilir evrimsel patikaları belirlemede kullanılabildiğini gösteren bir araştırma sonucu yayınladı. Evrim öngörülebilir mi? Princeton Üniversitesi Evrimsel Biyoloji ve Ekoloji Fakültesi doçenti kıdemli araştırmacı Peter Andolfatto göre:  Şaşırtıcı bir dereceye kadar evet.

Okumaya devam et

TELEOLOJİK EVRİM E-KİTAP

PDF formatında indirmek > https://docs.google.com/file/d/0B3FJ-O1l2FLsdHdEVFhWSk5MN0k/edit?usp=docslist_api

EPUB formatında indirmek için:

 https://docs.google.com/open?id=0B3FJ-O1l2FLsQjd6aVNXYUlqZEk

 2. EPUB link https://t.co/3gWiKvG

Yanlışları olmayan bir teori ise gerçek dışıdır, çünkü dışımızdaki gerçek tamamlanmış bir bütün değildir, değişerek, dönüşerek kendini sürekli açmakta. Bu nedenle dünyayı açıklama iddiasındaki her teorinin, her bilimsel tezin eksikli olması ve yanlışları da barındırması kaçınılmazdır. Şaşmaz yanılmaz doğrular aramakla yanlış çıktı diye bir teorik yaklaşımı ve bir pratiği toptan kenara koymak da aynı anlama gelir. 1 Nabi Yağcı.

Akıllı Tasarım, çoğu Darwinci evriminin bir çeşit inanç refleksi halinde düşündüğü üzere evrime toptan bir itiraz değildir.  Aksine evrimi ve bugün kabul edilen mekanizmalarını  (Darwin-Wallace) ortak ata ve adaptasyon temelinde   (Akıllı Tasarım teorisi kurucularından Michael Behe ) en başından bilimsel bir gerçek olarak  kabul etmektedir.

Akıllı Tasarım / Teleolojik Evrim evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia edenevrimselbir yaklaşımdır.Canlı genomlarında ki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak ve onun çevresinde bir öğrenme süreci olarak belirli bir amaç doğrultusunda, genomun içerisinden, gene genomun çevre koşullarına uymasını sağlayacak  şekilde gerekli verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eder. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanizmasındaki parçalar olduğunu savunur.

William Paley , Darwin’ide oldukça etkilemiş olan akıl yürütmesinde son derece basit ve genel geçer bir sonuç çıkarımında bulunarak şunu söylemektedir;

Bir çalılıktan karşıya geçerken, ayağımı bir taşa doğru attığımı farz edelim. Bana, nasıl olup ta o taşın oraya geldiği ya da orada bulunduğu sorulsaydı, bildiğim her şeyin dışında, muhtemelen bir şekilde önceden beri orada olduğunu söylerdim…

Ancak, yerde bir saat bulduğumu farz etseydik bu durumda o saatin nasıl olup ta orada olduğunu sorgular ve neticede daha önceki cevabımı veremezdim. Aksine, saatin parçalarının birbirleriyle olan uyumu ve bir sistemi oluşturacak şekilde bir araya gelmiş olmaları bize belli bir zamanda, belli bir yerde ve belli bir amaç için bir ya da birden fazla sanatkârın saati tasarlayıp yapmış olduklarını düşündürürdü.

Bilimin görevi mutlak felsefi cevaplar vermek değildir.  Daima söylendiği gibi hayat içersinde herkes ve herşey değişiyor. Her fikir kendini yeni veriler ışığında geliştiriyor, dönüştürüyor…o zaman şimdi bizde şu soruların soralım ve cevaplarını bulmaya çalışalım; Neden evren ve evrimsel süreçler aklın onları nedenselleştirebileceği kadar akla hitap ediyor? Eğer, akıl denilen çıktı evrimsel bir kaza sonucu varsa, kendi varlığını anlama yolunda akıl evreni de bir kazalar bütünü olarak görerek kendi varlığı anlamsız kılmak için mi bilimle uğraşıyor?(Materyalist Paradigma) Yoksa bilim yoluyla evreni kendine daha anlamlı kılabilmek için mi? (Teleolojik Paradigma) Bu sorulardan hangisi akla hitap ediyor?

DARWIN’İN BİR FİKRİ DAHA DUMAN OLDU…

Mustafa Ajlan ABUDAK

Darwin’in ılık havuz teorisi test edilir…

Amerika Birleşik Devletlerinin önde gelen araştırmacılarının elde ettiği son bulgulara göre Yeryüzünde hayatın hidro termal göletlerden ya da volkanik kaynaklarından kaynaklanması oldukça olasılık dışı..

Yapılan araştırmalar volkanik havuzlarda hayatın ortaya çıkmasını sağlayacak doğru koşulları sağlanamadığını gösteriyor. Yeryüzünde hayatın nasıl başladığı ile ilgili bulgular Londra Kraliyet Akademisinde iki günlük uluslar arası bir toplantıda tartışıldı.

Darwin’in teorisi

Santa Cruz’daki Kaliforniya Üniversitesi’nden Ordinaryus Prof. David Deamer, sunumun başlarında şunu söyledi;

Darwin’in hayatın küçük ılık bir havuzda başlamış olabileceğini söylemesi üzerinden 140 yıl geçti. Şimdi bizler Darwin’in bu fikrini test ediyoruz. Bu küçük sıcak havuzlar Rusya’daki volkanik Kamçatka bölgesi ve Kaliforniya’daki Lassen dağındakilerle ilişkili. Sonuçlar hem şaşırtıcı hem de bazı açılardan rahatsız edici. Kil içeren sıcak asitli volkanik su öyle görülüyor ki,  kimyasalların birleşerek öncü organizmaları oluşturması için doğru koşulları sağlamıyor.

Hayatın yapı taşları olan DNA ve amino asitlerin ve diğer bir zorunlu içerik olan fosfatın volkanik havuzlardaki kil partiküllerinin yüzeyine yapıştılar. Bunun önemi, kilin daha önce hayatın başlangıcına dair ilginç kimyasal reaksiyonları kolaylaştırmasıydı. Fakat deneylerimizde, organik bileşikler kil parçacıklara oldukça güçlü bir şekilde tutarak başka herhangi bir kimyasal reaksiyona girmediler… 1

Okumaya devam et

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM BU DEĞİLSE NEDİR?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Bu kısa yazıda yeni bir araştırma (26 Kasım 2010) sonucunu sizlerle paylaşacağım. Başlıktaki sorum aslında artık bunu da inkar edecekseniz neyi kabul edebileceksiniz? şeklinde olmalıydı. Şimdi araştırmanın ne ile ilgili olduğuna bakalım. Bağlantısını aşağıda vereceğim bilimsel araştırmayı İngilizceye vakıf olanlar okuyup iyice belleyebilirler. Biz konuyla ilgilinen ortalama okuyucu için işin özünü açıklayalım.

Efendim bilim insanları oksijen atmosfer içeriğinde bulunmazken, en basit canlılardan biri olarak kabul edilen Trichoplax adhaerens‘in DNA’sında  HIF adı verilen bir gen setinin atmosferde oluşan oksijen seviyesindeki yükselmeler gibi hayvan yaşamındaki metabolik meydan okumaları yanıtlamasını sağlayacak  şekilde önceden orada olduğunu ortaya çıkarmış. Kısaca oksijen daha ortada yokken oksijen için bir sistem var. Hımmmmmmmmmm….teleolojik bir evrim düşüncesi git gide bilimsel delillerle doğru olma olasılığını arttırıyor.

Elbette bana inanmayın. Lütfen bilimsel verilere inanın;

NATURE-The hypoxia-inducible transcription factor pathway regulates oxygen sensing in the simplest animal,Trichoplax adhaerens

HOLİSTİK DÜŞÜNCE NEDİR?


Mustafa Ajlan ABUDAK

Derin karanlığın içinde irili ufaklı, uzaklı yakınlı yıldızlar, bulutsu alanlar…Sınırsızlığıyla büyüleyen bir evren. Evrenin o görkemli büyüklüğü karşısında küçücük hissetmişizdir kendimizi. Ama bununla çelişen başka bir duygumuz daha vardır: Bu muazzam bütünün bir parçası olduğumuz hissi. 1

Piaget, insanların doğuştan getirdikleri iki temel eğilim olduğu düşüncesindedir: Örgütleme ve uyum sağlama.

Örgütleme, süreçleri sistematik ve tutarlı sistemler haline getirme ve bu amaçla birleştirme, koordinasyon sağlama, fikirler ve eylemleri birleştirme eğilimidir. Başka bir ifadeyle karşı karşıya olduğumuz kavram ve olayları birbirleriyle tutarlı bütünler haline getirmeye çalışırız. 2

Biyolojik süreç nasıl homeostasis şeklinde denge kurmaya çalışıyorsa, aynı şekilde zihin de dengelenmeye ulaşmaya çalışmaktadır. Uyum sağlama ise, çevreye uyum sağlamayı ifade eder. İçinde bulunduğumuz çevreye uymaya çalışırız. Piaget, nasıl yiyecek yiyerek yiyeceği bedenimize katmaya çalışıyorsak, çocuğun da aynı şekilde bilgiyi zihnine katmaya çalıştığı düşüncesindedir. Niçin aklımız anlamak için bu şekilde dünyayı örgütler? Bu eğilimlere sahip olmamızın nedeni eğilimleri ve bizi ortaya çıkaran süreçler olmasın?

Soru sormak/sorabilmek insan aklının yegane ayrıcalığı. O zaman bizde holistik düşüncenin izini sürerken araştırmamıza sorularla başlayalım. Bu örgütleme biçimleri beynimizde nasıl oluştu? Neden bu yollarla algılıyoruz ? Başka algılama/anlamlandırma yolları olamaz mıydı? Evrim sürecimiz bu şekilde gelişerek hem fiziksel hemde zihinsel evrimimizi mi sağladı? Yani süreçler kendilerini anlamlandırabilecek zekayı nasıl ortaya çıkardı? Her şey aklın sınırlarını zorlayan milyonlarca kutlu tesadüfün bileşkesiyle beyni inşa edecek şekilde mi gerçekleşti? Madem dünya ve evren tamamen anlamsız tesadüflerin seçkisi ile beyni ortaya çıkardı, beyin neden anlam arayacak şekilde evrildi?

Holistik düşünce; Var olan her birimin, evrenin bütün bilgilerine sahip bulunduğu gerçeğini açıklar. Evrendeki her şeyin aynı bütünün parçaları olduklarını, birbirlerinden haberdar olarak tek bir sistem şeklinde hareket ettiklerini ve birbirleriyle ilişki, iletişim ve etkileşim içinde bulunduklarını ortaya koyar. Var olan her birim, diğerlerini etkileme, değiştirme ve yönlendirme özelliğine sahiptir. Bu nedenle de, en küçük bir birim bile gereklidir, önemlidir ve değerlidir. Aydın Arıtan

ağ

Okumaya devam et

2010’NUN EN ÖNEMLİ 10 MAKALESİ: EVRİMİ TASARLAMAK

Mike GENE

Çeviren : Mustafa Ajlan ABUDAK

2010 yılı içerisinde en önemli bulduğum 10 makaleyi listelemeye karar verdim. Geriye bakmak, önden yüklemeli evrim hipotezinin sadece akla uygun ve ikna edici (henüz bunun zıddını ispatlayabilen olmadı) olmakla kalmayıp aynı zaman da başarılı ve üretken bir hipotez olduğunu da göstererek, şüphelerimi gidermeme yardım ediyor. Bu 10 makale herhangi bir kritere göre sıralanmadı. Daha çok kronolojik bir sıra takip etmektedir.

Evet işte makaleler….

1.Metazoanlarda organ işlevini ve kas çekilme ve büzülmelerini kontrol eden iki ana sinir aktarıcı (neurotransmitter) tek hücrelilerde de benzer rol oynuyorlar. Yakında bu konuyu daha derinlemesine inceleyeceğim.

Sinir aktarıcı alet çantası

2. Birkaç makale önden yükleme ve uyum arasında giderek büyüyen ilişki örüntüsünün daha önceleri bunun benzer seçim baskıları sonucu oluştuğu yönündeki anlayışın tersine, uyumda bazı belirli parçaların hayatın içkin mimarisinden ödünç alındığını göstermekte.

a. Prestin: Önuyumun bir işlevi olarak  yakınsama -konverjans

b. VEGF reseptörleri: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

c. Oksijen taşıyan hemoglobinler: Önuyumun bir işlevi olarak yakınsama -konverjans

d. Hipotezim kabul gördü : Uyuma dönük yatırım

Okumaya devam et