HÜCRESEL HESAPLAMA

Shapiro daha önce yazdığı genom ve sistem mimarisi üzerine çalışmadan sonra (ismini tıklanırsa söz konusu çalışmaya ilgili diğer bir makaleye ulaşılabilinir) genomun hücrenin geri kalanıyla etkileşime girip hesaplamaları yerine getirmesi konusuna dikkatini vermiş gözüküyor. Bunu yaparken alışagelmiş lac operonun örneğini kullanarak birkaç genel kaideyi ortaya koymakta;

• Zayıf etkileşimler, kendine has bağlama (binding)  ve işbirliği hücredeki moleküler hesaplamaların temel birimleridir.

• DNA’daki ve proteinlerdeki tekrarlamalar, kendine has bölgesel işlemlerin temel devre elemanları vasıtasıyla ortaya çıkması anlamına gelir. (DNA’daki karmaşık düzenleyici bölgeler, protein etki alanları arasındaki iç ve moleküller arası etkileşimler ).

• Bir mesaj molekülünün farklı bir mesaj molekülü üzerine bağlanması, farklı moleküllerin iletişimlerini ve işlem kabiliyetlerini devralması, hücresel ağ düğümlerinin karmaşık mikro işlemciler gibi davranmasını sağlar. (allostery)

• Belirsiz ve zayıf etkileşimler bütünleşik hücresel tepkilerin genel keskinliğini sağlar. (hücreler belirsiz (fuzzy) mantık ilkeleri ile işlerler. Zadeh 1975) .

• Hücreler fiziksel bilginin temsil edilmesinde kimyasal semboller kullanır.

• Kontrol molekülleri ile sonlandırma molekülleri arasında herhangi bir tecrit yoktur. Bu bize E.coli ya da diğer herhangi bir hücreye Kartezyen ikilemciliği (düalizm) modeli uygulayama cağımızı söyler.

• Baskılama yani etkisini göstermekte yetersiz kalan bir genin regülasyon oyunu ile inhibe edilmesi ve protein çekirdeği kompleksinin kopyalamasının oluşumuna DNA’nın katılımı, belki de Turing’in ‘‘makine’’ ve  ‘‘bant’’  tasarımını hücresel hesaplamalara uygulamanın yararlı olmayabileceğini ortaya koymaktadır.

Shapiro daha sonra;

2009’UN EN ÖNEMLİ 10 TASARIM MAKALESİ

Mike GENE

2010 geldiğinden beri, bloğumda 2009’da boyunca yer alan önemli makaleleri bir arada sunmayı düşündüm.  Bu makaleler, 2009 boyunca önden yüklemeli evrim çerçevesindeki en önemli birkaç gelişmeyi içeren makalelerdir.

Her neyse, en önemli 10 makale kendi içersinde 3 kategoriye ayrılmakta. Bunlar…

” Turuncu yazılmış makale isimleri tıklanarak ilgili makaleye ulaşılınabilinir. ”

HAYATIN İÇERSİNDEKİ TASARIM OLGUSUNA YAKLAŞIMLAR

Merkezi Metafor -  Bloğumda savunduğum çerçeveyi anlamak için zorunlu olan kitabımdan küçük bir özeti içeren makale. (Türkçesi için tıklayın..)

Kanıt ve Şüphe -   Bir bilimsel araştırmada rol oynayan şüphelerin, anahtar rolünü tartışan kitabımdan  küçük bir alıntı.

Ökaryotik Hücrelerin En Basiti – Bilim tarihinin görece karanlıkta kalmış önemli bir mesaj içeren kısmını ortaya koyuyoruz. Oldukça fazla miktarda deneysel kanıtla desteklenen bilimsel bir hipotez yanlış olabilir.

Bir Tasarım Çıkarımı Yaklaşımına Doğru Yollar -  Bazı Biyolojik yapıların tasarlanıp tasarlanmadığına dair karar verme aşaması için önerdiğim 4 farklı metodu kapsayan bir çerçeve metin.

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM

Titreşim -  İnsanların önden yüklemeli evrimi daha iyi kavrayabilmesi için hazırladığım güncel bir yardım denemesidir.

SRP, Alu elementleri ve Titreşim -  Ribozmal parçaları uzun ve kapsamlı bir şekilde akıl süzgecinden geçirerek bağlantılar oluşturarak keşfedilmesini içeren, çoğu insan tarafından göz ardı edilen ya da görülemeyen kısımlara dair makalem.

Önden Yüklemeli Evrim ve Sinir Sistemi – Birçok kanıtı ortaya koyarak sinir sisteminin konuyla olan ilişkisini belirten makalem.

Metyhlation – Sitozin Deaminasyonunun Etkilerine Odaklanmak – Kitabımdaki bir tartışmayı genişleterek, genetik koda gömülmüş gizli bir patikanın gösterilmesi.

MİKRO KOZMOZDAN MAKROYA YOLCULUK

GENOMUN ŞEKLİ

Mike GENE

Hücre hakkında ne kadar çok şey öğrenirsek, onun bir o kadar karmaşıklaştığına tanık oluyoruz. Biyokimya ve moleküler biyolojide, uzun zamandır bilindiği üzere, şekil, proteinler ve RNA gibi hücrenin fenotip çekirdeğini oluşturan kısımlar için çok önemli bir özelliktir. Herhangi bir proteinin ya da RNA’nın şeklinin değiştirilmesi aynı zamanda işlevinin değiştirilmesi demektir. Artık bu anlayışı yeni bir kavrayış düzeyine çıkarmanın zamanıdır.

Konu genom olduğunda, bizler uzun zaman boyunca genoma, onu basit bir nükleotid sırası olarak gören doğrusal koşullar çerçevesinde odaklandık. Fakat bazı olağanüstü araştırmalara müteşekkiriz ki, artık genomun şekli üzerinde de düşünmeye başlamaya ihtiyacımız olduğu açıkça ortaya çıktı.

İnsan genomunu milyonlarca parçaya bölüp, tersine mühendislik uygulayarak yeniden bir araya getirerek, araştırmacılar genomun üç boyutlu yapısının yüksek çözünürlükteki resmini ürettiler.

Resim, bilimin heyecan verici bir zafer örneklerinden biridir ve kullanılan teknik sadece genomun DNA içeriğinin değil, bizzat genomun kendi şeklinin, insan gelişimini ve hastalıkları nasıl etkilediğini araştırmada bilim insanlarına yardımcı olabilecek.

MERKEZİ METAFOR

Mike GENE

Kitabım Tasarım Matrisi ve sitem’deki gayesel / erekbilimsel (teleolojik) söylemlere en şüpheci biçimde yaklaşan tepkiler, pozisyonumun hakim evrim teorisine hakeza uymadığı ve herhangi bir veri yada kanıt taşımadığı şeklindeki şikayetle dile getiriliyor. Oysa bu şikâyet tüm manayı ıskalıyor.

Hedef . Ateş. Iskala.

Bunu görmek için, herkese Tasarım Matrisinde açıkladığım tüm yaklaşımımın dayandığı merkez  söylemi/benzetmeyi hatırlatmama izin verin:

DARWIN NEDEN HEP ZOR ANLAŞILMIŞTIR..?

Amerikalı paleontolog, jeolog, zoolog, evrimci ve bilim tarihçisi olan Stephen Jay Gould, kendi dilinin ve kendi kuşağının en çok okunan popüler bilim yazarlarından birisidir. Yaşamının önemli bir bölümünü Harvard Üniversitesi’nde ders vererek ve New York’taki Amerikan Doğa Tarihi Müzesi’nde çalışarak geçirmiştir. Bu makalede Stephen Jay Gould’un kitapları arasında Türkçeye çevrilenlerin en bilineni, Darwin ve Sonrası – Doğa Tarihi Üzerine Düşünceler (İngilizce: Ever Since Darwin: Reflections in Natural History, 1977) adlı kitabıdır. Ceyhan Temürcü’nün Türkçeleştirdiği kitap, Tübitak tarafından Popüler Bilim Kitapları serisinde bugüne dek 8 kez basılmıştır. TÜBİTAK Popüler Bilim Kitapları tarafından Türkçeye kazandırılan bu eser, evrimle ilgilenen herkesin  okuması gereken çok önemli bir kitaptır.

Gould, Darwinizmin merkez çekirdeğindeki temel kaidelerin genelde fanatik  Darwin yanlılarınca bile doğru düzgün bilinmediğini ısrarla belirtmiş ve bunların doğru anlaşılmasına çalışmıştır.  Gould’a göre evrim, en basit canlıların -sonu insana varacak olan - gelişimini anlatmaz. İnsan, evrimin kaçınılmaz bir sonucu değildir. Benzer şekilde karmaşıklığın artışı ve ilerleme de evrimin temel karakteristikleri olarak tanımlanamaz. Kısacası Gould, bu kitapta eleştiri oklarını doğa tarihinin insan merkezci anlayışına yöneltirken, doğal gerçekliğe dair görüşlerimizi kökten bir şekilde yeniden kavramlaştırmamızı da amaçlamıştır. 1 Bunu yaparken de Darwinizm yönetilen eleştirileri elden geldiğince bilimsel temelde cevaplamış ve oldukça açık yüreklilikle teorinin zaaflarını kabul etmiş, eldeki verilere göre yanlış çıkması olası yönlerini ve genel kabul görmüş dogmaları eleştirmiştir.

Bunları yapmanın Darwinizme  evrimi anlamak  adına bir teori olarak katkı sağlayacağını ve onun bir dogma olarak savunulmasından çok daha etkin bir şekilde karşı teorilere bilimsel bir yaklaşımla cevap verme  olanağı sağlayacağını düşünüyorum. Bunları yok saymanın teoriyi giderek bilimsel manada güçsüzleştirdiği ve teorinin bir dogma halini almasına neden olduğunu düşünmekteyim.  Bu şekilde eleştirileri kabul edip , bunlar üzerine düşünerek cevap vermenin herhangi bir teorinin bilime karşı sorumluluğu olduğu tartışılmaz bir gerçektir. Her felsefi,siyasi ,ilmi görüş ve doğaya ve topluma dair herşey evrimin kaçınılmaz değirmeninde kendini değişen ortama ve artan bilgiye göre adapte etmekle yükümlüdür. Bu şekilde değişime cevap verebilenler   ‘‘ilerleyebilenlerdir.” Bu ilerleme ister bir neslin devamı ister bir düşüncenin devamı olarak algılansın sonuçta gayesel bir içkin nedene sahiptir.. Hayatta kalmak.!

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM NEDİR…?

Önden yüklemeli evrim, evrimin gayesel bir içerik taşıdığını iddia eden evrimsel yaklaşımdır. Canlı genomlarındaki bilginin kökeninin ancak tasarımla açıklanabileceğini iddia eder.  İlk canlı organizmadaki temel tasarımın, tanık olduğumuz tüm canlılığı ortaya çıkaran kaynak kodu içerdiğine, evriminde bu kaynak kodu kullanarak genomun içersinden çevre koşullarına uymasını sağlayacak  verileri ürettiğini, seçtiğini, derlediğini iddia eden yaklaşıma önden yüklemeli evrim adı verilmektedir. Doğal seçilim, mutasyon ve diğer evrimsel mekanizmaların kendilerininde aslında temel tasarımı şekillendiren süreç mekanzimasındaki parçalar olduğunu savunur.

Önden Yüklemeli Evrim teorisini neden savunuyoruz ?  Sorusunun cevabını, bu teorinin dünyadaki en yetkin savunucarından olan Mike Gene‘den çevirdiğim makalelerden derlediğim bir üst çatı makale ile  ortaya koymanın yakında yayınlanacak olan diğer makalelerin anlaşılması ve anlamlandırılması için bir mihenk noktası oluşturacağını düşünüyorum.  Bu sebeple ”  önden yüklemeli evrim nedir ve ne değildir ? ”  sorularına en detaylı yanıtın bu şekilde verilebileceğini düşünüyorum. Bu çabanın bir diğer önemli amacıda akıllı tasarım ve önden yüklemeli evrim algısı hakkında internette yayın yapan ve medyada atıp tutan misyon sahibi şahısların  görevleri gereği yerine getirdikleri  dezenfermasyonun ve çarpık algıların önüne bir nebzede olsa  geçebilmektir.

Üç adımda kısaca evrimde tasarım çıkarımını açıklarsak;

1. Evrim büyük bir benzeşim (homoloji) sergileyecekti. Bunun nedeni homoloji bizlere tasarımı geçmişten bugüne bağlamaya izin verir. Bu eski tasarımlar oldukça uzun zamandır vardılar ve evrim bunların çevresinde şekillendi.

2. Evrim PREPA (the present explains the past) yani bugünün geçmişi açıklamasını ortaya koyacaktı. PREPA eski atalarımızın alışılmadık ya da tuhaf özelliklerinin bugünün içeriğinden bakıldığında daha anlamlı hale gelmesini sağlayan öngörü ipuçlarıdır. PREPA’yı potansiyel olarak somutlaştıran ve sonuç veren genel kavram. Gereksiz Karmaşıklıktır.

3. Evrim belirgin bir şekilde gerçek biyotik özelliklerce yürütülecekti. Mademki tasarımın kendisi biyotik olacaktı, öyleyse evrimde biyolojik bir sürece benzeyecekti, böylece tasarım bu tip bir evrimle daha çok ilişkilendirilebilecekti. Bir başka deyişle, eğer evrim tamamen çevredeki yıkıcı süreçlerin zeminine karşı daha büyük uyum sağlıyor diye oluşmakta olan rastlantısal olayların bir işlevi olsaydı, geleceği bugünden tasarlama kabiliyetini evrimsel kirlilik tarafından süratle önlenecekti. Fakat evrim için güçlü ve temel bir birleşen varsa, tasarımlar bu evrimsel kirliliğe (noise) karşı korunur.

DARWIN DOĞMASAYDI….?

Mustafa Ajlan ABUDAK

Evrim teorisinin bugün meydana getirdiği tartışmalar bizi bilim felsefesinden alıp tersine mühendislik uygulamalarına kadar uzanan bir entelektüel maceraya sürüklüyorsa, şüphesiz bunda en büyük pay Charles Darwin ve Alfred Russel Wallace’sındır.

Ortaya koydukları mekanizma, doğayı insan aklının anlayabileceği bir kategorik düzleme indirgeyerek bugünkü bilim dünyasının temel yapı taşlarından birini meydana getirmiştir. Fakat maalesef aynı zamanda Charles Darwin, isminin sonuna ‘’izm’’ eklenerek ”tarihe geçen ve etkileyen” tek bilim adamıdır. (Lamarkism az bir süre bu tekilliği bozmuş olsada.Bugün geniş kabul görmediği için hipotezden ideoloji macerası yaşayamamıştır.) Bu evrimle adı nerdeyse aynı anlama gelen bir bilim adamının söyleminin ya da söyleminden yola çıkarılarak oluşturulan modern sentez türevlerinin artık bir ideoloji olduğu anlamına da gelmektedir.

Elbette bunun olmasını garipsiyor değilim. Stephen Jay Gould dediği gibi;

Bilim, nesnel bilgilerin mekanik biçimde toplanması ve mantık yasalarıyla kaçınılmaz yorumlara ulaşılması değildir; gerçek bir insan etkinliği örneğidir. 1

Bu sebeple Darwin ve Wallace’nın söyleminin bilim dünyasında bir ortaçağ hesaplaşmasına dönüşmesi çokta yadırganmayabilir. Fakat tüm uçlar birbirinin varlığından varlık bulur. Siyah ve beyaz gibi birinin kavramsal yokluğu diğerinin varlığını kutsar ama diğerinin yokluğu ötekinin varlığının bir zorunluluğudur. Darwin yazdığı baş yapıtla, antik Yunandan ve Hint’den beri yapıla gelen canlılığın kökenine dair tartışmalara Aristo ile birlikte en büyük katkılardan birini yapmıştır. Darwin’in kitabı gerçektende bir milattır.

ÖNDEN YÜKLEMELİ EVRİM BEKLENTİLERİ

Mike GENE
Önden yüklemeli evrim hipotezi, evrimin zihinde önceden tasarlandığını ima eder. Örneğin, tasarım hedefleri sadece evrimi hesaba katmakla kalmaz, bu tasarım hedeflerini gerçekleştirmek için evrimi tasarım amacını gerçekleştirmeye yönelik bir ortak olarak işletir ve kullanır. Bu geleceği bugün yoluyla tasarlama girişimi, evrimden en azından üç şey beklememizi gerektirir;
1. Evrim büyük bir benzeşim (homoloji) sergileyecekti. Bunun nedeni homoloji bizlere tasarımı geçmişten bugüne bağlamaya izin verir. Bu eski tasarımlar oldukça uzun zamandır vardılar ve evrim bunların çevresinde şekillendi.

2. Evrim PREPA (the present explains the past) yani bugünün geçmişi açıklamasını ortaya koyacaktı. PREPA eski atalarımızın alışılmadık ya da tuhaf özelliklerinin bugünün içeriğinden bakıldığında daha anlamlı hale gelmesini sağlayan öngörü ipuçlarıdır. PREPA’yı potansiyel olarak somutlaştıran ve sonuç veren genel kavram. Gereksiz Karmaşıklıktır.

BİR ORGANİZMA OLARAK KÜRESEL EKONOMİNİN EVRİMİ ve METAFİZİKSEL MUTASYONUMUZ OLARAK KRİZ

Mustafa Ajlan ABUDAK

Son zamanlarda küresel ekonomik kriz ile ilgili oldukça fazla şey okuyup, görsel medyada da birçok tartışmayı dinledim. Bu yazımla biraz farklı bir bakış acısı sunmak ve kendimce bir düşünce egzersizi yapmak istedim. Yorum kısmında burada sergilediğim düşüncelerin hatalı kısımlarını ya da daha iyi nasıl anlatabileceğini paylaşacağımızı umuyorum. Sitemi takip edenler bilirler ki, büyük resmi görmek için daima hayata bütüncül (holistik) bakmayı savuna gelirim. Yani gerçeği siyah-beyaz olarak değil grilerde saklı bir fenomen olarak araştırırım. Parçalardan yola çıkarak bütüne odaklanmak  hayata dair her şeyi anlamak ve birbiriyle ilişkilendirmek , tek tek ayrı yollardan bütüne bakmaktan çok daha sağlıklı ve akılcı gelir. Küresel ekonomik kriz ile ilgili şeyler zihnimde biriktikçe, resmin genelini daha iyi görmeye başladım. Özellikle kavramlar arasında bağlar kurduğumda her şey daha bir netleşti. Belki de sadece benim için netleşmişte olabilir… Neydi bu bağlar? Nasıl kurulmuşlardı? Resmin kendisine dair neler anlatıyorlardı?

Bunlar için ilk önce krizin çok öncelerine gitmek ve krizin neden oluştuğuyla ilgili farklı bir bakış acısını sunmak gerekli. Krizin esas sebebi yani ilk nedeni neydi? Söylendiği gibi yatırım bankalarının yalanı satması mı yoksa çok daha farklı bir nedeni mi bizleri buraya kadar bir etki-tepki süreci sonunda getirdi? Kaos teorisinden esinlendim sanmayın ama gerçektende söyleyeceklerim fazlasıyla kaos teorisinin içkin düşüncesini taşıyor sanırım. Bir kelebeğin kanat çırpışları mı deriz artık yoksa bir filin ölümümü bilemiyorum. Bildiğim tek şey iktisadi yaşam alanının bundan oldukça etkilendiği.